33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2018 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2018  hypothetical protein  100 
 
 
398 aa  820    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.135716  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0329  hypothetical protein  30.68 
 
 
360 aa  140  4.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0029643  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2228  aminoglycoside phosphotransferase  31.28 
 
 
380 aa  138  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.276157  normal  0.357405 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0625  hypothetical protein  32.39 
 
 
345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3819  hypothetical protein  30.46 
 
 
357 aa  133  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.323634 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3833  hypothetical protein  30.46 
 
 
357 aa  133  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.573808  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3907  hypothetical protein  30.46 
 
 
357 aa  133  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.414972  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0303  hypothetical protein  28.06 
 
 
360 aa  129  9.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.571715  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4117  hypothetical protein  28.11 
 
 
382 aa  127  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4223  hypothetical protein  27.67 
 
 
356 aa  122  8e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2057  aminoglycoside phosphotransferase  27.43 
 
 
378 aa  119  9e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2011  aminoglycoside phosphotransferase  27.43 
 
 
378 aa  119  9e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1992  hypothetical protein  27.43 
 
 
378 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal  0.589309 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2429  hypothetical protein  28.45 
 
 
338 aa  113  5e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0125007  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4018  hypothetical protein  27.66 
 
 
372 aa  109  1e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.41342  normal  0.763019 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1766  hypothetical protein  26.27 
 
 
384 aa  96.3  9e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00135853  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1598  hypothetical protein  35.21 
 
 
260 aa  80.1  0.00000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.651223  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3837  protein of unknown function DUF227  26.11 
 
 
349 aa  79  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2531  aminoglycoside phosphotransferase  25.13 
 
 
359 aa  70.1  0.00000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.582042  normal  0.606959 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2486  aminoglycoside phosphotransferase  25.13 
 
 
359 aa  70.1  0.00000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2585  protein of unknown function DUF227  26.02 
 
 
346 aa  68.6  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000429556  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2523  aminoglycoside phosphotransferase  25.95 
 
 
359 aa  68.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.238738  normal  0.0936723 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0367  aminoglycoside phosphotransferase  25.61 
 
 
362 aa  58.2  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0979  hypothetical protein  26.73 
 
 
358 aa  57.4  0.0000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2016  aminoglycoside phosphotransferase  22.43 
 
 
367 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2549  hypothetical protein  23.74 
 
 
667 aa  54.7  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.616235 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2557  aminoglycoside phosphotransferase  23.93 
 
 
667 aa  53.5  0.000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.898182  normal  0.739218 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2512  aminoglycoside phosphotransferase  23.93 
 
 
667 aa  53.5  0.000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3433  aminoglycoside phosphotransferase  24.06 
 
 
359 aa  53.1  0.000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0252368  normal  0.972006 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3102  aminoglycoside phosphotransferase  23.76 
 
 
365 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4330  hypothetical protein  21.56 
 
 
350 aa  48.1  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.752129 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3155  hypothetical protein  23.24 
 
 
678 aa  44.3  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.736727  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2246  hypothetical protein  23.51 
 
 
346 aa  44.3  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>