More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1501 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1501  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 315 aa  613  1e-175  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1809  anti-FecI sigma factor, FecR  45.18 
 
 		 318 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1107  putative FecR  44.16 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47390  putative transmembrane sensor  33.55 
 
 		 327 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2727  anti-FecI sigma factor, FecR  35.08 
 
 		 325 aa  115  6.9999999999999995e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4737  anti-FecI sigma factor, FecR  33.11 
 
 		 324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2427  anti-FecI sigma factor, FecR  32.47 
 
 		 324 aa  113  5e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.115573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  33.67 
 
 		 327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  32.68 
 
 		 327 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1119  putative FecR  35.91 
 
 		 357 aa  100  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1968  anti-FecI sigma factor, FecR  32.93 
 
 		 336 aa  100  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4312  anti-FecI sigma factor, FecR  31.42 
 
 		 320 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  30.59 
 
 		 328 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2564  putative FecR  28.92 
 
 		 333 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34255  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  30.67 
 
 		 320 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  32.65 
 
 		 320 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0724  FecR protein  35.98 
 
 		 330 aa  93.2  4e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.533854  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33780  putative transmembrane sensor  30.66 
 
 		 331 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00478537  hitchhiker  0.00622545 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2076  anti-FecI sigma factor, FecR  32.26 
 
 		 336 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  32.13 
 
 		 324 aa  92.8  7e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  34.86 
 
 		 315 aa  92.4  9e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1989  anti-FecI sigma factor, FecR  38.61 
 
 		 344 aa  89.7  5e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1078  anti-FecI sigma factor, FecR  32.16 
 
 		 339 aa  89.7  5e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.235288 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2244  anti-FecI sigma factor, FecR  31.56 
 
 		 333 aa  89.4  8e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.712365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1733  FecR protein  33.67 
 
 		 319 aa  88.6  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.204897 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  27.24 
 
 		 320 aa  88.6  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2219  anti-FecI sigma factor, FecR  32.29 
 
 		 335 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  31.49 
 
 		 328 aa  87.4  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  29.45 
 
 		 307 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5853  anti-FecI sigma factor, FecR  35.06 
 
 		 375 aa  85.9  8e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0922  anti-FecI sigma factor, FecR  29.68 
 
 		 318 aa  85.9  9e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3555  anti-FecI sigma factor, FecR  31.2 
 
 		 335 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.170441  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2358  hypothetical protein  30.19 
 
 		 342 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0172911  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2142  FecR protein  29.34 
 
 		 342 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0332173  normal  0.0487008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2367  anti-FecI sigma factor, FecR  33.06 
 
 		 335 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2388  anti-FecI sigma factor, FecR  30.45 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.464978  normal  0.514905 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  30.68 
 
 		 318 aa  84  0.000000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2125  anti-FecI sigma factor, FecR  32.7 
 
 		 333 aa  84  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.32848 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0445  regulatory protein, putative  32.37 
 
 		 330 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.563383  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2649  anti-FecI sigma factor, FecR  34.43 
 
 		 342 aa  83.6  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  29.68 
 
 		 338 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5188  putative FecR  28.77 
 
 		 323 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.639422  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  30.48 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  29.15 
 
 		 336 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6567  anti-FecI sigma factor, FecR  27.31 
 
 		 365 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0766801  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5329  anti-FecI sigma factor, FecR  30.31 
 
 		 322 aa  80.1  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155161  normal  0.240283 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3803  anti-FecI sigma factor, FecR  27.01 
 
 		 378 aa  80.1  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.818134  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0654  anti-FecI sigma factor, FecR  34.55 
 
 		 319 aa  80.1  0.00000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.787898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1225  FecR protein  24.4 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.615104  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4193  anti-FecI sigma factor, FecR  27.94 
 
 		 329 aa  79.3  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.980346  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  38.04 
 
 		 324 aa  79.3  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  33.84 
 
 		 317 aa  79  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03905  putative regulatory protein  26.7 
 
 		 368 aa  78.6  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.425706  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0379  anti-FecI sigma factor, FecR  27.89 
 
 		 318 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.45013  normal  0.45289 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2872  putative transmembrane sensor  29.89 
 
 		 331 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262603  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2017  anti-FecI sigma factor, FecR  26.92 
 
 		 345 aa  79  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.764723 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0377  anti-FecI sigma factor, FecR  27.65 
 
 		 318 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.435624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3834  anti-FecI sigma factor, FecR  29.86 
 
 		 354 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3389  anti-FecI sigma factor, FecR  30.89 
 
 		 355 aa  77.4  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.44956 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  30.39 
 
 		 319 aa  77.4  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1860  anti-FecI sigma factor, FecR  34.27 
 
 		 332 aa  76.6  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.3163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  26.3 
 
 		 313 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  27.65 
 
 		 320 aa  77  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  29.93 
 
 		 317 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1728  anti-FecI sigma factor, FecR  29.79 
 
 		 315 aa  76.6  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.59263 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55540  transmembrane sensor  28.26 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0301883 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02746  putative regulatory protein  25.76 
 
 		 351 aa  76.3  0.0000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4834  transmembrane sensor  29.39 
 
 		 322 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.895358  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0859  anti-FecI sigma factor, FecR  28.03 
 
 		 323 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4730  FecR protein  31.01 
 
 		 327 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0895  FecR protein  27.12 
 
 		 320 aa  76.3  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.281234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  29.31 
 
 		 320 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4367  anti-FecI sigma factor, FecR  28.18 
 
 		 329 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  32.26 
 
 		 327 aa  75.1  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4378  putative FecR  30.26 
 
 		 321 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.620498  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  34.05 
 
 		 309 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3721  anti-FecI sigma factor, FecR  29.61 
 
 		 342 aa  75.1  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.280211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2190  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 		 335 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0300153  hitchhiker  0.000017551 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5891  anti-FecI sigma factor, FecR  31.95 
 
 		 327 aa  75.1  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914486 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2066  anti-FecI sigma factor, FecR  28.03 
 
 		 324 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  29.47 
 
 		 337 aa  74.3  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25400  Anti-sigma factor, FecR family  31.49 
 
 		 277 aa  74.3  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1715  anti-FecI sigma factor, FecR  27.3 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40220  Anti-sigma factor protein, FecR family  35.84 
 
 		 264 aa  74.7  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0327  FecR protein  28.92 
 
 		 388 aa  74.7  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0351  anti-FecI sigma factor, FecR  28.42 
 
 		 318 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.547847  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2817  putative regulatory protein  26.71 
 
 		 373 aa  73.9  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00787345  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2389  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I  25.19 
 
 		 342 aa  73.9  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12376  hitchhiker  0.0000606712 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  25.07 
 
 		 350 aa  74.3  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  29.73 
 
 		 329 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4160  anti-FecI sigma factor, FecR  28.18 
 
 		 329 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47180  Anti-sigma factor, FecR family  31.54 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.735537  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0884  putative FecR  34.16 
 
 		 318 aa  73.6  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4851  anti-FecI sigma factor, FecR  28.77 
 
 		 318 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  28.46 
 
 		 314 aa  72.8  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4716  anti-FecI sigma factor, FecR  26.54 
 
 		 339 aa  72.4  0.000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.482399  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21540  Anti-sigma factor, FecR family  32.14 
 
 		 317 aa  72.4  0.000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2919  putative IRON transport-sensory transduction transmembrane protein  31.74 
 
 		 274 aa  72  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  34.78 
 
 		 320 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3252  anti-FecI sigma factor, FecR  29.21 
 
 		 308 aa  72.4  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.451984  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>