More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1443 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1443  TonB-dependent receptor  100 
 
 
863 aa  1750    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0161464 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3048  TonB-dependent receptor  36.24 
 
 
790 aa  468  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000159663 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3243  TonB-dependent receptor  35.86 
 
 
785 aa  446  1.0000000000000001e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.738407 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0924  TonB-dependent receptor  37.51 
 
 
795 aa  449  1.0000000000000001e-124  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0838  TonB-dependent receptor  35.17 
 
 
784 aa  419  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.543074 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0516  TonB-dependent receptor  33.13 
 
 
773 aa  385  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756879  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3778  TonB-dependent receptor  29.89 
 
 
822 aa  339  9.999999999999999e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1169  TonB-dependent receptor  37.1 
 
 
809 aa  309  2.0000000000000002e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.149635  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4129  TonB-dependent receptor  38.64 
 
 
767 aa  304  5.000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.108935  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1360  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 
810 aa  302  2e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  34.59 
 
 
764 aa  268  4e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2248  TonB-dependent receptor  27.7 
 
 
777 aa  265  3e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.355949  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4332  TonB-dependent receptor  32.82 
 
 
779 aa  234  7.000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4348  TonB-dependent receptor  26.08 
 
 
755 aa  214  7e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 
730 aa  209  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4350  TonB-dependent receptor  27.05 
 
 
743 aa  206  2e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.425667 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 
758 aa  197  8.000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  27.3 
 
 
792 aa  196  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2601  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 
789 aa  194  8e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.889408  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4179  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 
782 aa  190  8e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.130492 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1868  TonB-dependent receptor  27.29 
 
 
867 aa  189  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.215038  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4358  TonB-dependent receptor  25.9 
 
 
756 aa  184  8.000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3344  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 
791 aa  184  8.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3453  TonB-dependent receptor  25.14 
 
 
856 aa  180  9e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0426513  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 
763 aa  179  3e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 
790 aa  178  5e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  26.3 
 
 
769 aa  175  3.9999999999999995e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 
761 aa  174  5.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 
783 aa  174  9e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1977  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 
741 aa  172  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4804  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 
773 aa  170  8e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.176822  normal  0.517997 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  26.23 
 
 
759 aa  169  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3758  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 
767 aa  168  4e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.626762  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  24.16 
 
 
803 aa  167  6.9999999999999995e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4173  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 
763 aa  167  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.000000000121747  normal  0.086797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  26.55 
 
 
751 aa  165  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0899  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 
764 aa  164  7e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00548484  normal  0.114309 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2870  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 
857 aa  161  4e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 
761 aa  160  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0765  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 
779 aa  159  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2576  TonB-dependent receptor  26.2 
 
 
783 aa  158  4e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333669  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 
785 aa  158  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3091  TonB-dependent receptor  26.55 
 
 
779 aa  155  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.308245  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 
780 aa  155  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3027  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 
851 aa  152  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3901  TonB-dependent receptor, plug  25.87 
 
 
797 aa  152  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3668  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 
757 aa  150  7e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.859497  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0429  TonB-dependent receptor  24.66 
 
 
738 aa  150  7e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0914  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 
802 aa  149  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 
731 aa  149  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5396  TonB-dependent receptor  25.05 
 
 
838 aa  148  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0981  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 
807 aa  145  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1489  TonB-dependent receptor  25.91 
 
 
859 aa  144  9.999999999999999e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0818  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 
789 aa  143  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0454  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 
807 aa  141  4.999999999999999e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  unclonable  0.00000000638696  n/a   
 
 
 
NC_008228  Patl_0414  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 
783 aa  140  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  23.89 
 
 
765 aa  136  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 
755 aa  134  5e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0155  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 
774 aa  134  6.999999999999999e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214646  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3713  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 
854 aa  134  1.0000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  unclonable  0.00000001326  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 
730 aa  134  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  32.71 
 
 
771 aa  132  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2509  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 
796 aa  132  4.0000000000000003e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.538781  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 
743 aa  131  5.0000000000000004e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 
746 aa  130  8.000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  24.52 
 
 
758 aa  129  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0027  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 
754 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.634145  normal  0.0299657 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  37.85 
 
 
777 aa  129  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 
764 aa  128  6e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  34.21 
 
 
734 aa  128  6e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 
780 aa  126  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  32.84 
 
 
780 aa  124  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 
737 aa  124  6e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  35 
 
 
790 aa  124  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 
741 aa  123  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4618  TonB-dependent receptor, plug  33.58 
 
 
733 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0845524  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3871  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 
832 aa  123  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.234106  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3635  TonB-dependent receptor, plug  21.98 
 
 
751 aa  122  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000221173  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1912  TonB-dependent receptor  29.12 
 
 
969 aa  121  3.9999999999999996e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 
704 aa  120  9e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3395  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 
713 aa  120  9e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000531057  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  30.51 
 
 
723 aa  119  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1913  TonB-dependent receptor  23.67 
 
 
862 aa  118  3.9999999999999997e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3029  TonB-dependent receptor  23.71 
 
 
919 aa  118  3.9999999999999997e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.709462  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  33.05 
 
 
720 aa  118  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3252  TonB-dependent receptor plug  25.49 
 
 
798 aa  118  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.970825 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1747  TonB-dependent receptor  42.86 
 
 
771 aa  117  6.9999999999999995e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3785  TonB-dependent receptor  35.62 
 
 
748 aa  117  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.440403  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3725  TonB-dependent receptor, plug  24.9 
 
 
763 aa  116  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4555  TonB-dependent receptor  34.68 
 
 
803 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00333953 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  31.99 
 
 
739 aa  116  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  34.51 
 
 
743 aa  115  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1977  TonB-dependent receptor  22.99 
 
 
769 aa  115  4.0000000000000004e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0680  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 
753 aa  114  7.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.915685  normal  0.983563 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3406  TonB-dependent receptor  28.15 
 
 
722 aa  114  9e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0595288 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0277  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 
775 aa  114  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  0.280389 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  32.79 
 
 
728 aa  114  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  32.29 
 
 
767 aa  112  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4338  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 
864 aa  112  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438628  normal  0.924042 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2215  TonB-dependent receptor  32.38 
 
 
971 aa  111  7.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.169336  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>