228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1323 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1323  Pyrrolo-quinoline quinone  100 
 
 
639 aa  1292    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.207789 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2985  PQQ-dependent enzyme-like protein  38.88 
 
 
618 aa  406  1.0000000000000001e-112  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926915  normal  0.513639 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02746  polyvinylalcohol dehydrogenase  30.55 
 
 
561 aa  179  2e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0473  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  26.58 
 
 
580 aa  105  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0101481 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2451  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  25.69 
 
 
576 aa  104  5e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0341  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  27.03 
 
 
562 aa  95.9  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.409253  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7192  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  29.87 
 
 
575 aa  94.7  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.426546  normal  0.582027 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  27.37 
 
 
726 aa  94  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5895  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  29.8 
 
 
575 aa  93.6  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136104  normal  0.867214 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6162  Pyrrolo-quinoline quinone  29.8 
 
 
575 aa  93.2  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.114811  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5972  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  26.33 
 
 
575 aa  92.8  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0151209 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1384  Pyrrolo-quinoline quinone  22.66 
 
 
612 aa  92.8  2e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.868816  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2870  Pyrrolo-quinoline quinone  27.57 
 
 
705 aa  92  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.489222  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0306  putative alcohol dehydrogenase  29.77 
 
 
575 aa  91.7  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.100044  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0262  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  24.33 
 
 
737 aa  91.3  5e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0206165  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1306  Pyrrolo-quinoline quinone  24.77 
 
 
738 aa  91.3  5e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0575142 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1286  cytochrome c class I  26.19 
 
 
701 aa  90.1  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.277764 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0851  Pyrrolo-quinoline quinone  24.58 
 
 
558 aa  89  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1595  putative alcohol dehydrogenase  27.79 
 
 
561 aa  89  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1001  Pyrrolo-quinoline quinone  25.65 
 
 
698 aa  88.6  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.132908 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2415  putative quinoprotein alcohol dehydrogenase  24.54 
 
 
577 aa  88.6  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168343  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0905  alcohol dehydrogenase  24.24 
 
 
711 aa  87.4  7e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.879569  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1811  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  27.3 
 
 
582 aa  87  8e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000177841 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1591  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  24.79 
 
 
583 aa  86.7  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.890828  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5155  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  27.67 
 
 
573 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.843195 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4160  Pyrrolo-quinoline quinone:cytochrome c, class I  28.26 
 
 
718 aa  85.9  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.110436  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3242  Pyrrolo-quinoline quinone  27.67 
 
 
573 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00434002  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5126  Pyrrolo-quinoline quinone  27.67 
 
 
573 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0363  putative alcohol dehydrogenase precursor  25.51 
 
 
572 aa  85.9  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3352  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  27.39 
 
 
707 aa  85.1  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.32899  normal  0.291074 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3639  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  23.26 
 
 
566 aa  85.5  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.347084  normal  0.430241 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2878  Pyrrolo-quinoline quinone  27.4 
 
 
727 aa  85.1  0.000000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2355  Pyrrolo-quinoline quinone  27.56 
 
 
730 aa  84.3  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0680369  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5964  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  25.6 
 
 
554 aa  84.3  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.206262  normal  0.383589 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5136  Pyrrolo-quinoline quinone  26.8 
 
 
709 aa  84  0.000000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.388908  normal  0.506379 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1461  Pyrrolo-quinoline quinone  24.92 
 
 
718 aa  83.2  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153207  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1784  Pyrrolo-quinoline quinone  27.51 
 
 
580 aa  82  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3601  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  27.36 
 
 
724 aa  82  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0808  Pyrrolo-quinoline quinone  24.41 
 
 
585 aa  82  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.260733 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2100  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  28.57 
 
 
584 aa  82  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2494  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  28.57 
 
 
584 aa  82  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.295659  normal  0.19306 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3110  Pyrrolo-quinoline quinone  27.92 
 
 
726 aa  81.3  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.125237 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1741  Pyrrolo-quinoline quinone  24.33 
 
 
570 aa  81.3  0.00000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5018  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  23.33 
 
 
697 aa  80.9  0.00000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.729726  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0721  Pyrrolo-quinoline quinone  25.62 
 
 
702 aa  80.5  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760072 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5502  putative alcohol dehydrogenase  26.26 
 
 
712 aa  80.5  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210225  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0877  alcohol dehydrogenase large subunit  27.68 
 
 
720 aa  80.5  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0379  Pyrrolo-quinoline quinone  26.19 
 
 
727 aa  79.3  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0427  Pyrrolo-quinoline quinone  23.35 
 
 
706 aa  79.3  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.196079 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2797  Pyrrolo-quinoline quinone  22.55 
 
 
557 aa  79  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6242  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  25.81 
 
 
597 aa  77.4  0.0000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0969  Pyrrolo-quinoline quinone  26.19 
 
 
541 aa  77.4  0.0000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.870363  normal  0.326123 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5302  Pyrrolo-quinoline quinone  25.77 
 
 
721 aa  76.6  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.178096  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3124  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  24.23 
 
 
595 aa  75.5  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0497789  normal  0.831174 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2679  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  24.22 
 
 
595 aa  73.9  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5419  Pyrrolo-quinoline quinone  24.51 
 
 
576 aa  73.6  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3084  Pyrrolo-quinoline quinone  24.22 
 
 
595 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1441  Pyrrolo-quinoline quinone  30.51 
 
 
708 aa  73.2  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0121309 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3730  serine/threonine protein kinase  21.65 
 
 
687 aa  72.4  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00433941 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2817  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  27.68 
 
 
602 aa  72  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1570  Pyrrolo-quinoline quinone  23.51 
 
 
568 aa  72.4  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0635613  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4984  Pyrrolo-quinoline quinone  23.5 
 
 
612 aa  71.2  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.257884 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4160  Pyrrolo-quinoline quinone  24.6 
 
 
690 aa  70.9  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0349949 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2409  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  22.98 
 
 
589 aa  69.7  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13814  normal  0.848808 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0726  Pyrrolo-quinoline quinone  27.27 
 
 
549 aa  70.1  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0623502 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0476  quinoprotein alcohol dehydrogenase  27.86 
 
 
618 aa  70.1  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0260666 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4524  Pyrrolo-quinoline quinone  23.93 
 
 
612 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223128 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2673  quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  25.71 
 
 
588 aa  68.9  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0513715  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3937  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  26.67 
 
 
580 aa  69.7  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.79845 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1963  Pyrrolo-quinoline quinone  23.15 
 
 
591 aa  68.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0160229  normal  0.256272 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4873  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  26.76 
 
 
587 aa  68.9  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.518263  normal  0.0810929 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2227  Pyrrolo-quinoline quinone  27.39 
 
 
705 aa  68.2  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.580603 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2255  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  23.17 
 
 
588 aa  67.8  0.0000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.217629  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3624  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  23.24 
 
 
579 aa  67.4  0.0000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214303  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4951  Pyrrolo-quinoline quinone  25.61 
 
 
577 aa  67.4  0.0000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.97328 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5037  Pyrrolo-quinoline quinone  22.91 
 
 
613 aa  66.6  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1957  Pyrrolo-quinoline quinone  26.26 
 
 
620 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809644  normal  0.548455 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1339  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  26.74 
 
 
587 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38566  normal  0.435914 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1023  Pyrrolo-quinoline quinone  26.92 
 
 
593 aa  65.9  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1855  Pyrrolo-quinoline quinone  23.55 
 
 
587 aa  66.2  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.668201  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3898  Pyrrolo-quinoline quinone  26.3 
 
 
423 aa  65.9  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.122997  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2867  Pyrrolo-quinoline quinone  23.28 
 
 
614 aa  66.2  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0638606 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1540  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  26.74 
 
 
587 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2017  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  26.81 
 
 
592 aa  66.2  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.115973  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0700  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  25.93 
 
 
613 aa  65.9  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3290  serine/threonine protein kinase  27.87 
 
 
963 aa  65.1  0.000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.0556916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3129  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  26.73 
 
 
631 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957958  normal  0.28425 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3089  Pyrrolo-quinoline quinone  27.67 
 
 
631 aa  65.1  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326291  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2674  quinoprotein ethanol dehydrogenase  27.67 
 
 
631 aa  65.1  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1451  Pyrrolo-quinoline quinone  25.66 
 
 
616 aa  64.3  0.000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.924401  normal  0.0179554 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3007  Pyrrolo-quinoline quinone  20.28 
 
 
573 aa  64.3  0.000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1990  Pyrrolo-quinoline quinone  24.87 
 
 
463 aa  63.9  0.000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1729  Pyrrolo-quinoline quinone  31.3 
 
 
372 aa  63.2  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1887  quinoprotein alcohol dehydrogenase  24.66 
 
 
587 aa  62  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186722  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1587  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  25.5 
 
 
601 aa  62.4  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.174692 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1932  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  25.24 
 
 
592 aa  61.6  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0203998 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3733  Pyrrolo-quinoline quinone  21.5 
 
 
562 aa  61.6  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2890  Pyrrolo-quinoline quinone  23.74 
 
 
583 aa  61.2  0.00000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.612512  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3526  Pyrrolo-quinoline quinone  32.45 
 
 
514 aa  60.8  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.103878  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0311  Pyrrolo-quinoline quinone  25 
 
 
705 aa  60.8  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.394174 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>