More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1161 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1161  response regulator receiver protein  100 
 
 		 126 aa  244  3e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.606485 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0840  response regulator receiver protein  46.22 
 
 		 132 aa  110  8.000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4105  response regulator receiver domain-containing protein  45 
 
 		 229 aa  99.8  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0374743 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4314  response regulator receiver protein  40.5 
 
 		 128 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.7882  normal  0.646224 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1748  response regulator receiver  47.11 
 
 		 123 aa  95.1  3e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.122601  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0213  response regulator receiver domain-containing protein  43.97 
 
 		 128 aa  93.2  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3504  response regulator receiver protein  43.75 
 
 		 127 aa  91.7  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2946  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 124 aa  88.6  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0856  response regulator receiver protein  44.17 
 
 		 126 aa  87.8  4e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0534273 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1722  response regulator receiver protein  38.79 
 
 		 123 aa  82  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000956357 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3967  response regulator receiver domain-containing protein  40.68 
 
 		 253 aa  82  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.365316 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2419  response regulator receiver domain-containing protein  38.14 
 
 		 124 aa  80.5  0.000000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.730066  hitchhiker  0.0000120546 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1436  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 129 aa  79.7  0.00000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.777113  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1519  response regulator receiver protein  42.61 
 
 		 125 aa  79.3  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.043846  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1429  response regulator receiver protein  38.71 
 
 		 122 aa  79.3  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.275463 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0467  response regulator receiver protein  38.02 
 
 		 122 aa  79  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2955  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 		 231 aa  78.6  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.800941 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1605  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 		 216 aa  78.6  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1580  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 		 216 aa  78.6  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2120  response regulator receiver protein  37.93 
 
 		 131 aa  78.6  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0257  response regulator receiver  39.52 
 
 		 241 aa  78.2  0.00000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.926332  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 443 aa  77.4  0.00000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0452  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 122 aa  77.4  0.00000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.17051  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3719  response regulator receiver protein  36.97 
 
 		 123 aa  77.4  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.173125  normal  0.315103 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3665  response regulator receiver protein  36.97 
 
 		 123 aa  77.4  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 443 aa  77  0.00000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1520  chemotaxis protein CheY  36.36 
 
 		 127 aa  76.3  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0239  response regulator receiver domain-containing protein  36.13 
 
 		 132 aa  76.6  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0912  metal-dependent phosphohydrolase HD sub domain protein  37.5 
 
 		 371 aa  76.6  0.0000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3020  response regulator receiver protein  37.82 
 
 		 121 aa  75.9  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.447611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2649  response regulator receiver protein  35.54 
 
 		 122 aa  75.5  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.857048  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2881  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.29 
 
 		 212 aa  75.1  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4465  adenylate/guanylate cyclase  38.74 
 
 		 561 aa  75.1  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.419976 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3993  response regulator receiver protein  34.48 
 
 		 124 aa  74.7  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0199898 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 300 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2900  response regulator receiver protein  36.97 
 
 		 121 aa  74.7  0.0000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.197839  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0599  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.59 
 
 		 313 aa  74.7  0.0000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.464892  normal  0.548622 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4431  response regulator receiver domain-containing protein  34.96 
 
 		 125 aa  74.7  0.0000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1672  response regulator receiver protein  44.44 
 
 		 128 aa  74.7  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3577  response regulator receiver protein  36.97 
 
 		 121 aa  74.7  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.400966  normal  0.141746 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5515  response regulator receiver protein  42.06 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4151  response regulator receiver protein  37.07 
 
 		 132 aa  74.7  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541325  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3628  two component LuxR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 225 aa  73.9  0.0000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.717242  normal  0.142765 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4445  two component transcriptional regulator  37.1 
 
 		 229 aa  74.3  0.0000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0734  response regulator receiver protein  38.52 
 
 		 127 aa  74.3  0.0000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2887  LuxR family two component transcriptional regulator  35.54 
 
 		 225 aa  73.9  0.0000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.526109  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2238  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 140 aa  73.9  0.0000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0218186  hitchhiker  0.00000354209 
 
 
-
 
NC_013737  Slin_7057  response regulator receiver protein  32.77 
 
 		 142 aa  73.9  0.0000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0584  response regulator receiver protein  42.06 
 
 		 216 aa  73.6  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0767221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  36.59 
 
 		 352 aa  73.9  0.0000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1744  response regulator receiver protein  37.27 
 
 		 229 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0761  two component transcriptional regulator  37.1 
 
 		 229 aa  73.6  0.0000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1632  response regulator receiver  37.5 
 
 		 123 aa  72.8  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2494  signal transduction histidine kinase-like protein  36.11 
 
 		 1317 aa  73.6  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.206751 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1901  response regulator receiver protein  39.17 
 
 		 125 aa  72.8  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0593  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.13 
 
 		 397 aa  72.4  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.177467  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1463  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  43.59 
 
 		 364 aa  72.8  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.404054 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1636  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 127 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.394594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1930  two component transcriptional regulator  36.89 
 
 		 233 aa  72.8  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.465475  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0902  response regulator receiver protein  36.13 
 
 		 121 aa  72.8  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844306 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3704  response regulator receiver domain-containing protein  36.36 
 
 		 129 aa  72.4  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.600519  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3042  two-component response regulator  35.2 
 
 		 228 aa  72  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.330896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0007  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  39.29 
 
 		 379 aa  71.6  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.829613  normal  0.0284762 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  43.1 
 
 		 1651 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0378  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 234 aa  71.6  0.000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 215 aa  72  0.000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.115662  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0789  response regulator receiver protein  40.91 
 
 		 278 aa  72  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5113  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 121 aa  72  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0092  response regulator receiver protein  35.54 
 
 		 120 aa  72  0.000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3048  response regulator receiver protein  35.54 
 
 		 127 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0702091 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4164  response regulator/phosphatase  39.32 
 
 		 352 aa  71.6  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1573  response regulator receiver protein  36.97 
 
 		 121 aa  71.2  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4657  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.16 
 
 		 240 aa  71.2  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5215  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.54 
 
 		 217 aa  71.2  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  34.71 
 
 		 312 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0237  response regulator receiver protein  35.83 
 
 		 124 aa  71.2  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000555979 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4550  response regulator receiver protein  35.77 
 
 		 127 aa  71.2  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1501  response regulator receiver protein  41.59 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.153095  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2064  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  39.81 
 
 		 395 aa  70.9  0.000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18463  normal  0.544249 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.97 
 
 		 239 aa  70.9  0.000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1812  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.04 
 
 		 231 aa  70.9  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1838  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.04 
 
 		 231 aa  70.9  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2279  response regulator receiver protein  35.54 
 
 		 127 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0135574  normal  0.58639 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5611  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 235 aa  70.9  0.000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.736991 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1626  response regulator receiver domain-containing protein  37.93 
 
 		 134 aa  70.5  0.000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002833  chemotaxis regulator CheY  35.54 
 
 		 126 aa  70.5  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000239201  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1384  response regulator receiver protein  35.54 
 
 		 127 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0134523  normal  0.274763 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4627  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.83 
 
 		 226 aa  70.5  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  40.83 
 
 		 1299 aa  70.5  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1472  response regulator receiver protein  32.5 
 
 		 122 aa  69.3  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.413604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1196  response regulator receiver protein  40.34 
 
 		 119 aa  69.7  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2662  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.82 
 
 		 231 aa  69.7  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5316  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.77 
 
 		 354 aa  69.7  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3778  response regulator receiver domain-containing protein  38.33 
 
 		 124 aa  69.7  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4150  response regulator receiver protein  35.54 
 
 		 125 aa  70.1  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.583085 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1379  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 135 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415787  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 236 aa  70.1  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3029  response regulator receiver protein  33.88 
 
 		 127 aa  69.3  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03143  hypothetical protein  34.71 
 
 		 130 aa  68.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4227  response regulator receiver protein  32.5 
 
 		 130 aa  68.9  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.482069  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>