114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1116 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_2744  putative outer membrane protein with a TonB box  48.74 
 
 		 1061 aa  991    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.111846 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1116  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 1116 aa  2262    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.880967  normal  0.249969 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0368  OmpA family Oar-like outer membrane protein protein  33.98 
 
 		 1066 aa  561  1e-158  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.73574  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1968  putative OmpA family protein  33.39 
 
 		 1051 aa  549  1e-154  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00733  putative Outer membrane protein with a TonB box  33.48 
 
 		 1057 aa  534  1e-150  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.250529  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0536  OmpA family Oar-like outer membrane protein protein  29.44 
 
 		 1008 aa  429  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01318  TonB-dependent outer membrane Receptor/Oar-like protein  31.03 
 
 		 1056 aa  425  1e-117  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.529934  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1376  TonB-dependent outer membrane receptor  29.47 
 
 		 1081 aa  399  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00784128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0143  Oar protein  28.97 
 
 		 1068 aa  341  5e-92  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0467162  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0330  TonB-dependent outer membrane receptor precursor  30.22 
 
 		 1041 aa  337  7e-91  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000673436  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3010  hypothetical protein  27.76 
 
 		 1129 aa  310  6.999999999999999e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1306  TonB-dependent receptor plug  28.7 
 
 		 1100 aa  297  7e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.634411 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5072  OmpA-related protein  27.17 
 
 		 1125 aa  295  3e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.813038  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5935  TonB-dependent receptor plug  26.37 
 
 		 1097 aa  281  7e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3841  hypothetical protein  26.63 
 
 		 1105 aa  276  2.0000000000000002e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0171  hypothetical protein  25.53 
 
 		 1077 aa  261  5.0000000000000005e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3920  hypothetical protein  24.16 
 
 		 1071 aa  241  8e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.818859  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2076  hypothetical protein  25.78 
 
 		 1074 aa  229  2e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2739  TonB-dependent receptor plug  27.69 
 
 		 1074 aa  212  3e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.84904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3262  hypothetical protein  29.82 
 
 		 1067 aa  135  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0784  hypothetical protein  26.21 
 
 		 1075 aa  128  6e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.410737  normal  0.275915 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0985  hypothetical protein  30.79 
 
 		 1052 aa  123  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5296  hypothetical protein  29.14 
 
 		 1071 aa  121  7e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.774342  normal  0.228264 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0315  hypothetical protein  24.19 
 
 		 1125 aa  120  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.269975  normal  0.693881 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0594  hypothetical protein  29.48 
 
 		 1053 aa  120  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3450  hypothetical protein  27.84 
 
 		 1068 aa  114  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0554556 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3218  hypothetical protein  24.32 
 
 		 1075 aa  112  5e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.158023  normal  0.188502 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0637  hypothetical protein  27.76 
 
 		 1066 aa  105  7e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0627569 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0783  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 		 1041 aa  101  7e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.149411  normal  0.179647 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0663  TonB-dependent receptor  28.71 
 
 		 1176 aa  100  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00550591  normal  0.789281 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3506  Cna B-type protein  27.2 
 
 		 1195 aa  100  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.378795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3895  TonB-dependent receptor  30.29 
 
 		 1149 aa  100  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0561409 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00878  TonB-dependent outer membrane receptor  23.47 
 
 		 992 aa  97.1  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.556038  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0918  Cna B-type protein  26.62 
 
 		 1203 aa  95.9  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.133902  normal  0.024731 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1538  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 1232 aa  95.5  5e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000318851  normal  0.580638 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3060  TonB-dependent receptor, plug  22.54 
 
 		 972 aa  90.5  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000347806  normal  0.043287 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0168  TonB-dependent receptor  29.39 
 
 		 1066 aa  88.2  9e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0532  hypothetical protein  26.67 
 
 		 1161 aa  87.4  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.909749  normal  0.440813 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1545  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 1105 aa  87.4  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.222059 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0933  Cna B-type protein  29.14 
 
 		 1194 aa  87  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000219871  decreased coverage  0.000250734 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0401  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 993 aa  86.3  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00163541  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0423  hypothetical protein  27.78 
 
 		 1162 aa  85.9  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000804756  normal  0.0470711 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0428  hypothetical protein  29.41 
 
 		 1196 aa  85.9  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.211152  normal  0.0171632 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0691  hypothetical protein  24.02 
 
 		 979 aa  83.6  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0348  hypothetical protein  23.94 
 
 		 1008 aa  84  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.300848  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3841  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 1123 aa  82.4  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0313  TonB-dependent receptor  23.51 
 
 		 1008 aa  82.8  0.00000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0417  TonB-dependent receptor  30.3 
 
 		 1167 aa  80.9  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0498154 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0445  hypothetical protein  25.27 
 
 		 1173 aa  80.9  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0367904 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3840  hypothetical protein  27.96 
 
 		 1122 aa  80.9  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0638  hypothetical protein  24.18 
 
 		 1069 aa  80.1  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000046909  normal  0.0437117 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2685  TonB-dependent receptor  22.3 
 
 		 1026 aa  80.1  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3213  putative oar protein  24.58 
 
 		 1001 aa  78.2  0.0000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000600939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2675  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 1188 aa  77  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.124411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4189  TonB-dependent receptor  22.55 
 
 		 1105 aa  76.6  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.316829  normal  0.196574 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1319  TonB-dependent receptor plug  26.6 
 
 		 1066 aa  75.5  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0274612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0625  Cna B-type protein  25.16 
 
 		 1298 aa  73.2  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.320234 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4107  putative oar protein  25.57 
 
 		 994 aa  73.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000254754  hitchhiker  0.000800061 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0970  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 		 991 aa  73.6  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0270  hypothetical protein  26.67 
 
 		 1126 aa  72.4  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03612  TonB-dependent outer membrane receptor  22.57 
 
 		 1010 aa  72.4  0.00000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03611  TonB-dependent outer membrane receptor  22.64 
 
 		 1012 aa  72  0.00000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1501  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 1123 aa  72  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.175276  normal  0.273267 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0281  hypothetical protein  27.45 
 
 		 1120 aa  72  0.00000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0292  hypothetical protein  27.45 
 
 		 1122 aa  72  0.00000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.740643  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1678  hypothetical protein  25.49 
 
 		 986 aa  71.6  0.00000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4154  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 1206 aa  72  0.00000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.592663 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1015  TonB-dependent receptor  26.75 
 
 		 1016 aa  69.7  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.501659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1148  TonB-dependent receptor, plug  25.29 
 
 		 1007 aa  69.7  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0292  hypothetical protein  27.3 
 
 		 1109 aa  68.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0342  TonB-dependent receptor plug  26.03 
 
 		 1007 aa  68.9  0.0000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.557003 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2388  Cna B-type protein  25.57 
 
 		 1162 aa  67  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.315243  normal  0.974277 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01883  TonB-dependent Receptor/Oar-like protein  25 
 
 		 1037 aa  64.7  0.000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.144968  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4190  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 1114 aa  64.3  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.351423 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0910  Cna B-type protein  25.69 
 
 		 1210 aa  63.5  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0761407  normal  0.0249052 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2674  hypothetical protein  25.34 
 
 		 1132 aa  62  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3909  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 1153 aa  62  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000652763  hitchhiker  0.00581227 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5509  TonB-dependent receptor plug  25.42 
 
 		 1054 aa  61.6  0.00000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.180232 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4791  putative oar protein  24.61 
 
 		 997 aa  61.2  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3831  hypothetical protein  22.98 
 
 		 1141 aa  60.8  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0885568  normal  0.451604 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0395  hypothetical protein  22.36 
 
 		 1257 aa  60.1  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2819  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 897 aa  59.3  0.0000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2573  Cna B-type protein  24.58 
 
 		 511 aa  57.8  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1549  TonB-dependent receptor  22.51 
 
 		 1065 aa  55.8  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.114571 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0281  TonB-dependent receptor  28.3 
 
 		 952 aa  55.1  0.000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2820  TonB-dependent receptor plug  27.11 
 
 		 1057 aa  54.3  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.195725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02276  TonB-dependent outer membrane Receptor  25.95 
 
 		 1050 aa  54.3  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2136  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 1124 aa  52.8  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0917219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2698  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 1010 aa  53.1  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.396614 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0355  TonB-dependent receptor  22.51 
 
 		 888 aa  51.2  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.66622  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0830  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 		 933 aa  51.2  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.926876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2919  outer membrane receptor FepA  23.81 
 
 		 724 aa  48.9  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.91274  normal  0.0854265 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2953  outer membrane receptor FepA  23.81 
 
 		 724 aa  48.9  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.246738  hitchhiker  0.000000000736095 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2889  outer membrane receptor FepA  23.81 
 
 		 724 aa  48.9  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3075  outer membrane receptor FepA  23.81 
 
 		 724 aa  48.9  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.203578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1826  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 661 aa  48.5  0.0007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0922924  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2972  outer membrane receptor FepA  24.24 
 
 		 724 aa  48.5  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0370731 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3525  Cna B-type protein  21.45 
 
 		 966 aa  47.4  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1260  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 866 aa  47  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2876  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 		 1007 aa  47.4  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>