67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0984 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0984  membrane-like protein  100 
 
 
212 aa  417  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.559705  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3116  hypothetical protein  73.95 
 
 
215 aa  292  2e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1168  DedA family protein  45.83 
 
 
192 aa  170  1e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0232351 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0958  hypothetical protein  47.59 
 
 
193 aa  165  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.361291  normal  0.790222 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2679  hypothetical protein  48.66 
 
 
198 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3739  hypothetical protein  48.42 
 
 
198 aa  158  6e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0861772  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2492  DedA family protein  44.27 
 
 
192 aa  154  1e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0302048  normal  0.107524 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0757  DedA family protein  41.94 
 
 
210 aa  152  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0699  DedA family  42.71 
 
 
193 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0738  DedA family protein  42.71 
 
 
193 aa  151  7e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0725  DedA family protein  42.71 
 
 
193 aa  151  7e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0479  DedA family protein  44.74 
 
 
193 aa  150  8.999999999999999e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5187  DedA  42.25 
 
 
193 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.936462  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0978  DedA family protein  41.71 
 
 
193 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00254572  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0868  DedA family  41.18 
 
 
193 aa  145  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0715  DedA family  41.18 
 
 
205 aa  145  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.628845  normal  0.325797 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0048  DedA family protein  43.32 
 
 
193 aa  145  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331366  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2964  DedA family  40.32 
 
 
193 aa  145  6e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5212  DedA family protein  44.62 
 
 
193 aa  142  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685047  normal  0.0291 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5957  DedA family protein  44.57 
 
 
193 aa  139  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597905  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3196  DedA family protein  43.37 
 
 
200 aa  137  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.556536  normal  0.711097 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1274  hypothetical protein  38.89 
 
 
196 aa  135  5e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72790  hypothetical protein  39.89 
 
 
194 aa  134  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3844  putative transmembrane-associated alkaline phosphatase protein  39.49 
 
 
196 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.662096  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3551  putative transmembrane-associated alkaline phosphatase protein  40.22 
 
 
198 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.846117  normal  0.490696 
 
 
-
 
NC_004310  BR1641  hypothetical protein  38.14 
 
 
196 aa  132  3.9999999999999996e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.87156  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0371  hypothetical protein  41.38 
 
 
192 aa  132  5e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1589  hypothetical protein  38.14 
 
 
222 aa  131  7.999999999999999e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.356457  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3998  hypothetical protein  38.46 
 
 
196 aa  131  7.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0203  SNARE associated Golgi protein  38.74 
 
 
214 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1280  SNARE associated Golgi protein  40.62 
 
 
192 aa  128  5.0000000000000004e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03725  membrane protein; member of the DedA of proteins  36.57 
 
 
183 aa  127  8.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.241313  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0791  hypothetical protein  40.64 
 
 
193 aa  123  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.864721  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1429  hypothetical protein  37.04 
 
 
191 aa  123  3e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1077  DedA family membrane protein  33.86 
 
 
192 aa  121  7e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1827  hypothetical protein  37.22 
 
 
193 aa  121  7e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2545  hypothetical protein  41.53 
 
 
195 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1428  hypothetical protein  33.85 
 
 
197 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000050345  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1822  SNARE associated Golgi protein  38.24 
 
 
193 aa  118  7.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  unclonable  0.00000000131488  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2076  hypothetical protein  36.98 
 
 
195 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00198239  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1255  hypothetical protein  35.64 
 
 
192 aa  114  8.999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0889015  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1501  lipoprotein B  38.51 
 
 
191 aa  113  2.0000000000000002e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0681914  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1434  SNARE associated Golgi protein  39.52 
 
 
194 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.141401  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0548  SNARE associated Golgi protein-related protein  37.36 
 
 
195 aa  105  7e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1314  hypothetical protein  31.25 
 
 
197 aa  99.4  3e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00346276  decreased coverage  0.000188073 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00163  lipoprotein  35.68 
 
 
204 aa  99.4  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.193393  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0411  SNARE associated Golgi protein  37.31 
 
 
195 aa  97.8  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.100204 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2300  hypothetical protein  36.2 
 
 
187 aa  97.1  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000215162  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1460  hypothetical protein  32.11 
 
 
204 aa  92.8  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0183  hypothetical protein  32.76 
 
 
206 aa  92.4  5e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1606  membrane protein-like protein  29.47 
 
 
416 aa  89.4  4e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1286  SNARE associated Golgi protein-related protein  38.83 
 
 
194 aa  84  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.453161  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1994  lipoprotein  34.41 
 
 
204 aa  73.2  0.000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04042  DedA family protein BAL199  24.68 
 
 
195 aa  70.9  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1920  hypothetical protein  33.87 
 
 
204 aa  70.1  0.00000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.817234  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4083  hypothetical protein  22.76 
 
 
190 aa  62.8  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3883  hypothetical protein  29.38 
 
 
192 aa  55.5  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.230327 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0653  hypothetical protein  25.6 
 
 
197 aa  53.9  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0012  SNARE associated Golgi protein  27.46 
 
 
159 aa  51.6  0.000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.566831  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1746  SNARE associated Golgi protein  29.92 
 
 
160 aa  51.2  0.00001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.535585  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0716  hypothetical protein  30 
 
 
160 aa  49.3  0.00004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0156  SNARE associated Golgi protein  29.13 
 
 
160 aa  48.9  0.00006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.461417  normal  0.0291058 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1342  SNARE associated Golgi protein  30.89 
 
 
157 aa  48.1  0.00008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0576  SNARE associated Golgi protein  29.51 
 
 
157 aa  48.5  0.00008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.27432  normal  0.183399 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0262  hypothetical protein  31.76 
 
 
157 aa  46.2  0.0003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0642  SNARE associated Golgi protein  26.98 
 
 
157 aa  45.4  0.0006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.7148  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2807  SNARE associated Golgi protein-related protein  24.81 
 
 
198 aa  43.1  0.003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.034805  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>