More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0962 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0962  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  100 
 
 
409 aa  850    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.136632  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0966  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  49.39 
 
 
397 aa  375  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0374518  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3730  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.71 
 
 
425 aa  252  7e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3717  Rieske (2Fe-2S) region  36.71 
 
 
425 aa  252  7e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.126427  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3790  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.71 
 
 
425 aa  252  7e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.199454  normal  0.144005 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4190  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.22 
 
 
421 aa  252  9.000000000000001e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2464  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.32 
 
 
425 aa  248  1e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.31454  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2976  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.22 
 
 
419 aa  247  2e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4290  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.71 
 
 
423 aa  247  3e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.502996 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3306  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.74 
 
 
423 aa  246  4.9999999999999997e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478644  normal  0.259475 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3376  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.19 
 
 
429 aa  243  3.9999999999999997e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.151153  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2969  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.15 
 
 
429 aa  242  7e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.665588  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4357  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.35 
 
 
422 aa  242  7.999999999999999e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3683  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.14 
 
 
419 aa  239  5e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0804885  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1410  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.04 
 
 
423 aa  237  3e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.190649  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4213  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.56 
 
 
444 aa  226  7e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.144369  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2470  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.86 
 
 
430 aa  224  2e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3723  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.44 
 
 
425 aa  223  3e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4184  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.74 
 
 
423 aa  222  8e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3710  Rieske (2Fe-2S) region  34.52 
 
 
425 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3783  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.52 
 
 
425 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0573009  normal  0.423928 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6764  putative dioxygenase  34.26 
 
 
414 aa  219  6e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.963222 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3747  Rieske (2Fe-2S) region  33.74 
 
 
440 aa  216  4e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00627634  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3820  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.74 
 
 
440 aa  216  4e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.365881  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3759  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.5 
 
 
440 aa  213  5.999999999999999e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0223979  normal  0.594897 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0973  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.94 
 
 
396 aa  209  5e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0971663  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2439  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.58 
 
 
449 aa  205  1e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.931616 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6914  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.06 
 
 
431 aa  156  6e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3276  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.06 
 
 
436 aa  156  6e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2328  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.74 
 
 
456 aa  142  9.999999999999999e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.459675  normal  0.238108 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4319  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.97 
 
 
469 aa  139  7.999999999999999e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.250157 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4787  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.18 
 
 
471 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.819616  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4406  Rieske (2Fe-2S) region  35.18 
 
 
471 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3370  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.46 
 
 
268 aa  139  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0193  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.57 
 
 
449 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.242613  normal  0.0404177 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4493  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.18 
 
 
471 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.940392  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0198  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.21 
 
 
449 aa  136  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3715  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.59 
 
 
455 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3695  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.25 
 
 
460 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.036835  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3702  Rieske (2Fe-2S) region  27.36 
 
 
455 aa  133  6e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3775  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.36 
 
 
455 aa  133  6e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.37282 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1788  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.24 
 
 
470 aa  132  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.242227 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0407  putative Rieske-type ring dioxygenase  31.7 
 
 
387 aa  130  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523707  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4962  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.45 
 
 
457 aa  128  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0324  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.62 
 
 
442 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3901  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  40.2 
 
 
459 aa  125  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.682799  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3534  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.52 
 
 
473 aa  125  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0336  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.9 
 
 
447 aa  125  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102143  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3483  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.32 
 
 
394 aa  122  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3490  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.63 
 
 
392 aa  121  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1988  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.5 
 
 
470 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3484  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.51 
 
 
469 aa  119  7.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3791  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.38 
 
 
362 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.71996  normal  0.360216 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3246  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit:Rieske (2Fe-2S) region  36.12 
 
 
456 aa  117  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178778  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3319  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.64 
 
 
447 aa  117  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.65534 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4719  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.64 
 
 
447 aa  116  6e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.642788  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42190  aromatic ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  41.12 
 
 
448 aa  115  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0579776  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3539  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.4 
 
 
448 aa  114  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6872  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.98 
 
 
452 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.558153  normal  0.419879 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3465  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.88 
 
 
384 aa  113  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0538  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.46 
 
 
432 aa  112  9e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0332131  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3840  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  32.26 
 
 
450 aa  112  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3546  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.25 
 
 
476 aa  111  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0979  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.95 
 
 
362 aa  112  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2271  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.04 
 
 
443 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.516645  normal  0.774548 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4150  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.93 
 
 
384 aa  110  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18770  ring-hydroxylating dioxygenase, large terminal subunit  33.5 
 
 
380 aa  110  3e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.760818  normal  0.333095 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1560  Rieske (2Fe-2S) region  27.36 
 
 
434 aa  111  3e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1952  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.63 
 
 
376 aa  109  7.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1680  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  32.12 
 
 
355 aa  109  8.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.229115  hitchhiker  0.000101719 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1653  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.66 
 
 
438 aa  109  9.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7702  putative dioxygenase  32.18 
 
 
380 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0539  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.66 
 
 
438 aa  109  9.000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0984806  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0544  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.66 
 
 
438 aa  109  9.000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1680  Rieske (2Fe-2S) region  28.66 
 
 
438 aa  109  9.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4003  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  30.63 
 
 
383 aa  109  9.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5610  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.66 
 
 
438 aa  109  9.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1709  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.66 
 
 
438 aa  109  9.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.211814  normal  0.573213 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2485  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  32.46 
 
 
447 aa  109  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0626  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.66 
 
 
438 aa  109  1e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0435  Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit-like protein  36.14 
 
 
427 aa  109  1e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00493775 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4010  Rieske (2Fe-2S) protein  34.69 
 
 
376 aa  108  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1196  Rieske (2Fe-2S) protein  33.8 
 
 
401 aa  107  3e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5441  Rieske (2Fe-2S) region  28.66 
 
 
438 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0352555  normal  0.90702 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5838  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.66 
 
 
438 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.1481  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0586  Rieske-type ring hydroxylating dioxygenase alpha subunit  33.05 
 
 
468 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0659325  normal  0.154111 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2156  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.23 
 
 
427 aa  107  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2105  putative (poly)aromatic ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit (Rieske (2Fe-2S) region)  32.09 
 
 
427 aa  106  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2691  3-phenylpropionate dioxygenase alpha subunit  35.87 
 
 
453 aa  106  6e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.244955  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02430  3-phenylpropionate dioxygenase, large (alpha) subunit  35.87 
 
 
453 aa  106  7e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1130  Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit-like protein  35.87 
 
 
453 aa  106  7e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02394  hypothetical protein  35.87 
 
 
453 aa  106  7e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1139  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit-like protein  35.87 
 
 
453 aa  106  7e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0908  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.16 
 
 
441 aa  106  7e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3165  Rieske (2Fe-2S) region  25.74 
 
 
393 aa  106  7e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2253  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.48 
 
 
406 aa  106  8e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.664872  normal  0.256671 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2690  3-phenylpropionate dioxygenase alpha subunit  35.87 
 
 
453 aa  106  8e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.163483  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3895  ring hydroxylating dioxygenase, Rieske (2Fe-2S) protein  30.23 
 
 
423 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2348  putative aromatic dioxygenase, large subunit  33.48 
 
 
424 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4003  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.64 
 
 
419 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.11239  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>