More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0076 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0076  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 115 aa  232  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0952  GntR family transcriptional regulator  64.86 
 
 		 115 aa  145  2.0000000000000003e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.091739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0164  GntR family transcriptional regulator  63.96 
 
 		 129 aa  142  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0823  transcriptional regulator, GntR family  40.57 
 
 		 113 aa  102  1e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.609388  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1173  GntR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 113 aa  102  1e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.497772  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0449  GntR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 119 aa  99.4  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2982  GntR family transcriptional regulator  49.45 
 
 		 118 aa  97.4  5e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.583811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3525  GntR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 120 aa  95.5  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2620  transcriptional regulator, GntR family  44.23 
 
 		 119 aa  95.1  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0363096  normal  0.140863 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000965  transcriptional regulator GntR family  38.89 
 
 		 123 aa  86.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07005  hypothetical protein  37.96 
 
 		 166 aa  86.3  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01221  transcriptional regulator GntR family  46.15 
 
 		 97 aa  85.5  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.189033  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2945  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00315023  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2657  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000366094  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2908  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000437446 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2634  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00782758  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2324  putative transcriptional regulator  32.43 
 
 		 126 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.665788  hitchhiker  0.000002965 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3111  transcriptional regulator, GntR family  40.19 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000165856 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2609  transcriptional regulator, GntR family  30.63 
 
 		 122 aa  73.6  0.0000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2712  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.902974  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1206  GntR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 119 aa  70.9  0.000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0894307 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39240  transcriptional regulator, GntR family  39.42 
 
 		 123 aa  70.5  0.000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2889  transcriptional regulator, GntR family  34.55 
 
 		 123 aa  69.7  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04760  predicted transcriptional regulator  43.02 
 
 		 130 aa  69.7  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0506039  normal  0.467802 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0996  transcriptional regulator, GntR family  37.04 
 
 		 129 aa  70.1  0.00000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.467589 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1359  transcriptional regulator, GntR family  34.23 
 
 		 123 aa  68.9  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.131607  normal  0.428483 
 
 
-
 
NC_002950  PG1007  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 123 aa  68.6  0.00000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.771657 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3352  regulatory protein GntR HTH  30.56 
 
 		 124 aa  68.6  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.243152 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1122  transcriptional regulator, GntR family  31 
 
 		 125 aa  68.6  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.379756 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4731  transcriptional regulator, GntR family  28.7 
 
 		 122 aa  66.6  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4757  transcriptional regulator, GntR family  35.51 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02920  predicted transcriptional regulator  33.64 
 
 		 119 aa  65.9  0.0000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06980  transcriptional regulator, GntR family  38.89 
 
 		 117 aa  65.9  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3976  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000310644  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7289  transcriptional regulator, GntR family  31.37 
 
 		 123 aa  65.9  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4299  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 124 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000606617  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0676  transcriptional regulator, GntR family  38.39 
 
 		 119 aa  65.1  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4077  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 124 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000584944  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4242  transcriptional regulator, GntR family  30.09 
 
 		 124 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0631  transcriptional regulator, GntR family  32.14 
 
 		 121 aa  64.7  0.0000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2235  GntR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 117 aa  64.7  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5187  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.114348 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0073  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.138424  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4126  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 124 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000992152  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3966  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 124 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000936551  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4445  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 124 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000230512  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04510  regulatory protein GntR HTH  26.17 
 
 		 127 aa  63.5  0.0000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1337  transcriptional regulator, GntR family  36.78 
 
 		 131 aa  63.5  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4333  transcriptional regulator, GntR family  29.2 
 
 		 124 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000068149  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4353  transcriptional regulator, GntR family  29.2 
 
 		 124 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000250168  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0486  transcriptional regulator, GntR family  37.8 
 
 		 122 aa  62.8  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.78271 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0413  transcriptional regulator, GntR family  42.53 
 
 		 120 aa  62.8  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.126119  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0188  transcriptional regulator, GntR family  33.04 
 
 		 120 aa  61.2  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.428204  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1559  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 122 aa  60.8  0.000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1629  transcriptional regulator, GntR family  31.87 
 
 		 121 aa  60.5  0.000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.125166 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2645  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 125 aa  60.5  0.000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0429  regulatory protein GntR HTH  32 
 
 		 122 aa  60.5  0.000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0185  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 122 aa  60.5  0.000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1857  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.62 
 
 		 468 aa  60.5  0.000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1332  GntR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 127 aa  60.1  0.000000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0366  transcriptional regulator, GntR family  28.28 
 
 		 128 aa  60.1  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0389778  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3323  transcriptional regulator, GntR family  32.11 
 
 		 122 aa  59.7  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2569  transcriptional regulator, GntR family  30.84 
 
 		 122 aa  58.5  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.58934  normal  0.172814 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2708  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 90 aa  58.2  0.00000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.159908  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1803  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 123 aa  57.8  0.00000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  45.45 
 
 		 260 aa  57.4  0.00000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2969  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 124 aa  57  0.00000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.233568  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2910  regulatory protein GntR HTH  29.59 
 
 		 124 aa  56.2  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000302631  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1478  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 125 aa  55.8  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0392506  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1271  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 126 aa  55.5  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1243  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 126 aa  55.5  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.151316  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1245  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 126 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1373  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 126 aa  55.5  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03060  predicted transcriptional regulator  37.31 
 
 		 126 aa  55.8  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0118  transcriptional regulator, GntR family  24.35 
 
 		 129 aa  55.8  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000000000889333  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2352  transcriptional regulator, GntR family  36.36 
 
 		 121 aa  55.8  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1991  regulatory protein GntR, HTH  31.25 
 
 		 126 aa  55.8  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2747  transcriptional regulator, GntR family  41.1 
 
 		 165 aa  55.5  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1514  transcriptional regulator, GntR family  32.58 
 
 		 126 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1445  transcriptional regulator, GntR family  32.58 
 
 		 126 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000575051 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2024  regulatory protein GntR HTH  31.25 
 
 		 126 aa  55.8  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2319  GntR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 120 aa  55.1  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000162157  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1077  regulatory protein GntR HTH  34.09 
 
 		 126 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02090  predicted transcriptional regulator  42.03 
 
 		 156 aa  55.1  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1407  transcriptional regulator, GntR family  32.58 
 
 		 126 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.378384  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1472  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 126 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1515  regulatory protein GntR, HTH  25.23 
 
 		 120 aa  54.7  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3936  transcriptional regulator, GntR family  32.58 
 
 		 126 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.105249 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2116  transcriptional regulator, GntR family  36.71 
 
 		 466 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3907  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 139 aa  54.3  0.0000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1900  GntR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 466 aa  53.9  0.0000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000823779  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0732  transcriptional regulator, GntR family  30.84 
 
 		 138 aa  53.9  0.0000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0138087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0222  transcriptional regulator, GntR family  30.48 
 
 		 127 aa  53.9  0.0000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.672326  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2248  transcriptional regulator, GntR family  40.91 
 
 		 128 aa  53.9  0.0000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4146  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 139 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3817  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 139 aa  53.1  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1567  GntR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 473 aa  53.1  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1278  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 126 aa  53.1  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0107112  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2547  transcriptional regulator, GntR family  28.3 
 
 		 123 aa  53.1  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.136131  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1052  transcriptional regulator, GntR family  34.67 
 
 		 139 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00681455 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>