220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0066 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0066  CheW protein  100 
 
 
143 aa  277  4e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1739  CheW protein  43.88 
 
 
145 aa  95.1  3e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0396744 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3023  CheW protein  39.67 
 
 
164 aa  68.6  0.00000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0470  putative CheW protein  38.02 
 
 
165 aa  66.6  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.126414  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0992  CheW protein  37.19 
 
 
162 aa  65.1  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.0071906  normal  0.764949 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0581  CheW protein  29.51 
 
 
331 aa  65.1  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02863  chemotaxis protein CheW  38.02 
 
 
163 aa  64.7  0.0000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1386  CheW protein  36.36 
 
 
163 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2283  chemotaxis protein CheW  38.02 
 
 
164 aa  63.5  0.0000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2796  putative CheW protein  35.59 
 
 
159 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.153028  normal  0.193406 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1347  CheW protein  33.33 
 
 
159 aa  63.2  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.161172  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1528  chemotaxis protein CheW  36.36 
 
 
164 aa  62.8  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.908591  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1207  CheW protein  31.88 
 
 
164 aa  62.4  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.848506  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3202  purine-binding chemotaxis protein CheW  35.54 
 
 
164 aa  62  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1572  CheW protein  33.88 
 
 
161 aa  62  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.650684  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1773  CheW protein  29.58 
 
 
161 aa  62  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1307  CheW protein  35.54 
 
 
164 aa  62  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.897711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1374  CheW protein  35.54 
 
 
164 aa  62  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.158762 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1367  CheW protein  35.54 
 
 
164 aa  62  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2551  putative CheW protein  35.54 
 
 
164 aa  62  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03137  hypothetical protein  36.13 
 
 
164 aa  61.6  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3043  putative CheW protein  35.54 
 
 
164 aa  61.6  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.605856 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2911  putative CheW protein  35.54 
 
 
164 aa  61.6  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.810949  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45500  putative purine-binding chemotaxis protein  34.45 
 
 
159 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2901  putative CheW protein  35.54 
 
 
164 aa  61.6  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.3057  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1462  CheW protein  35.54 
 
 
164 aa  61.6  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1647  purine-binding chemotaxis protein CheW  35.54 
 
 
174 aa  61.2  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002839  positive regulator of CheA protein activity (CheW)  36.13 
 
 
164 aa  61.6  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.856149  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3862  putative purine-binding chemotaxis protein  34.45 
 
 
159 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71104  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4332  purine-binding chemotaxis protein CheW  34.71 
 
 
159 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.300318  normal  0.430196 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2155  flagellar FliF M-ring protein  30.43 
 
 
161 aa  60.8  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1643  CheW protein  35.54 
 
 
161 aa  60.8  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3658  CheW protein  34.71 
 
 
159 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3901  CheW protein  34.71 
 
 
159 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1535  putative CheW protein  34.71 
 
 
159 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.107211  normal  0.640168 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3428  CheW-like protein  34.75 
 
 
159 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.661205 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1692  CheW protein  33.09 
 
 
169 aa  60.8  0.000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.135374  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2272  purine-binding chemotaxis protein CheW  35.54 
 
 
164 aa  60.5  0.000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.124095  normal  0.11667 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1988  chemotaxis protein CheW  35.04 
 
 
159 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.381098  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3419  putative CheW protein  35.29 
 
 
163 aa  59.7  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.48741  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3041  CheW protein  35.54 
 
 
163 aa  60.1  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0219579 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1351  CheW-like protein  34.71 
 
 
164 aa  60.1  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1391  CheW protein  35.54 
 
 
164 aa  59.7  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.896559  normal  0.172651 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1184  CheW protein  32.59 
 
 
161 aa  58.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0668983 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1391  CheW protein  29.1 
 
 
141 aa  58.5  0.00000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1966  putative CheW protein  32.2 
 
 
162 aa  57.8  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2562  CheW protein  29.29 
 
 
167 aa  57.4  0.00000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.424252  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1198  chemotaxis signal transduction protein, purine binding protein, CheW-like  29.85 
 
 
158 aa  56.2  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.841781  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0525  CheW protein  31.78 
 
 
157 aa  56.6  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4837  CheW protein  31.62 
 
 
169 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.55891  hitchhiker  0.00785352 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1907  CheW domain protein  34.62 
 
 
170 aa  55.8  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.96206  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0213  CheW protein  38 
 
 
141 aa  55.5  0.0000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.178938  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1818  CheW protein  33.06 
 
 
166 aa  55.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1873  CheW protein  33.06 
 
 
166 aa  55.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.101354  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4246  CheW protein  33.1 
 
 
164 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3802  CheW protein  33.33 
 
 
164 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6558  CheW protein  31.78 
 
 
157 aa  53.9  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.675554 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0960  CheW protein  37.63 
 
 
779 aa  53.9  0.0000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0366627  normal  0.772368 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3677  CheW-like protein  32.26 
 
 
156 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.340799  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0521  CheW-like protein  31.01 
 
 
156 aa  53.5  0.0000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.77009 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1319  CheW protein  31.72 
 
 
179 aa  53.9  0.0000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.783186  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0995  chemotaxis signal transduction protein, purine binding protein, CheW-like  29.5 
 
 
157 aa  52.8  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000995513  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1768  CheW protein  26.45 
 
 
907 aa  53.1  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.52563  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2408  CheW protein  32.35 
 
 
152 aa  53.1  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.492759  normal  0.123205 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2050  putative CheW protein  32.48 
 
 
154 aa  53.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143061  normal  0.348957 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3375  CheW protein  31.78 
 
 
156 aa  53.1  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0270944  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2836  CheW protein  32.17 
 
 
156 aa  52.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0103385 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2708  CheW protein  31.71 
 
 
205 aa  52.8  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3919  CheW protein  32.03 
 
 
167 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.75307 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4092  chemotaxis protein  27.78 
 
 
159 aa  52.4  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.410589  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2575  CheW protein  32.17 
 
 
156 aa  52.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.256512  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3631  CheW protein  29.25 
 
 
158 aa  52  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.287941 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3920  CheW protein  29.25 
 
 
158 aa  52  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3205  CheW protein  28.06 
 
 
162 aa  51.6  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200572  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0465  putative CheW protein  34.27 
 
 
191 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0376548  normal  0.568555 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3955  CheW protein  52.08 
 
 
182 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2861  chemotaxis protein  32.17 
 
 
154 aa  50.8  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.952149  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0331  CheW protein  35.44 
 
 
200 aa  50.8  0.000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1492  chemotaxis protein CheW  27.48 
 
 
444 aa  50.4  0.000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2550  CheW protein  32.26 
 
 
169 aa  50.4  0.000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.234406 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2892  putative CheW protein  26.42 
 
 
159 aa  50.1  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.953703 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1589  purine-binding chemotaxis protein  27.73 
 
 
168 aa  49.7  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0585533  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2739  response regulator receiver (CheY-like) modulated CheW protein  25.86 
 
 
312 aa  50.1  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0236  putative CheW protein  32.41 
 
 
158 aa  49.7  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.270011 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1769  CheW protein  26.95 
 
 
160 aa  50.1  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2236  CheW protein  26.6 
 
 
478 aa  48.9  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0588  CheW protein  22.14 
 
 
155 aa  49.3  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0029274  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4203  CheW protein  30.37 
 
 
163 aa  48.9  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.017726  normal  0.169541 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0792  CheW protein  32.71 
 
 
164 aa  48.5  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.238147 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1525  CheW protein  33.05 
 
 
152 aa  48.9  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.361906  normal  0.649363 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2441  putative CheW protein  30.63 
 
 
163 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00205848  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2293  putative CheW protein  31.15 
 
 
150 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.164304  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0989  CheW protein  33.33 
 
 
149 aa  48.1  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4098  CheW protein  47.92 
 
 
188 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000019346  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1730  CheW protein  23.88 
 
 
146 aa  47.8  0.00005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.996579  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3304  CheW protein  29.71 
 
 
479 aa  47.8  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.948049 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1647  CheW protein  26.23 
 
 
189 aa  47.8  0.00006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00542103 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0732  putative CheW protein  23.13 
 
 
146 aa  47.4  0.00006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.189251  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0172  putative CheW protein  23.13 
 
 
146 aa  47.4  0.00007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0865787  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2693  putative CheW protein  35.44 
 
 
163 aa  47.4  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>