29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_23510 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_23510  hypothetical protein  100 
 
 
1465 aa  2915    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  unclonable  0.00000499426  normal  0.846477 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2580  hypothetical protein  61.07 
 
 
1291 aa  358  5e-97  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0761395  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  48.28 
 
 
1509 aa  228  6e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  50.43 
 
 
1488 aa  214  7.999999999999999e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4223  hypothetical protein  34.69 
 
 
298 aa  140  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5659  hypothetical protein  33.94 
 
 
237 aa  139  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.74039  normal  0.268584 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1045  hypothetical protein  31.72 
 
 
412 aa  139  4e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.654597  normal  0.285314 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32850  hypothetical protein  33.8 
 
 
233 aa  134  1.0000000000000001e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3198  hypothetical protein  33.33 
 
 
284 aa  131  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.164759  normal  0.337288 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5662  hypothetical protein  31.6 
 
 
238 aa  127  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.169553 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4526  hypothetical protein  44.51 
 
 
229 aa  125  8e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14020  hypothetical protein  33.7 
 
 
284 aa  121  7.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.333633 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0537  hypothetical protein  29.24 
 
 
594 aa  115  9e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0000179948  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  31.47 
 
 
2144 aa  112  7.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0877  rhs protein  27.23 
 
 
366 aa  107  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000054215  normal  0.085728 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8487  hypothetical protein  37.59 
 
 
5128 aa  79.3  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03850  hypothetical protein  27.8 
 
 
382 aa  79  0.0000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.756618 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3082  hypothetical protein  23.73 
 
 
376 aa  77.4  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6275  hypothetical protein  24.9 
 
 
414 aa  73.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.710186  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1440  hypothetical protein  30.83 
 
 
299 aa  73.6  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.386026  normal  0.040245 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6456  hypothetical protein  31.82 
 
 
557 aa  69.7  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2682  hypothetical protein  25.97 
 
 
310 aa  68.6  0.0000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.827753  normal  0.0518644 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4140  hypothetical protein  29.3 
 
 
287 aa  68.6  0.0000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03830  hypothetical protein  22.29 
 
 
374 aa  68.2  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03890  hypothetical protein  21.99 
 
 
370 aa  65.1  0.000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5166  hypothetical protein  23.53 
 
 
373 aa  62.8  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.809262  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2528  hypothetical protein  35.61 
 
 
309 aa  59.7  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4829  hypothetical protein  32.09 
 
 
5185 aa  58.2  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.27186 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2240  hypothetical protein  32.67 
 
 
3036 aa  52.8  0.00006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>