184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_21980 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_21980  predicted transcriptional regulator  100 
 
 
327 aa  634    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.143715  normal  0.382871 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2249  putative transcriptional regulator protein  67.89 
 
 
327 aa  417  9.999999999999999e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2509  hypothetical protein  52.53 
 
 
326 aa  288  1e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.308334  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2472  hypothetical protein  52.53 
 
 
326 aa  286  4e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2517  hypothetical protein  52.53 
 
 
326 aa  286  4e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3444  hypothetical protein  49.55 
 
 
335 aa  284  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12131  hypothetical protein  50.31 
 
 
332 aa  282  6.000000000000001e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000529286  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3091  hypothetical protein  49.39 
 
 
359 aa  274  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.727496  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2367  hypothetical protein  51.23 
 
 
330 aa  270  2e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2686  hypothetical protein  53.62 
 
 
327 aa  265  5.999999999999999e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4456  transcriptional regulator,-like protein  49.22 
 
 
335 aa  263  3e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.427678  normal  0.167477 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2249  hypothetical protein  51.98 
 
 
330 aa  263  4e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00588148  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1879  transcriptional regulator-like  48.89 
 
 
352 aa  242  5e-63  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2610  transcriptional regulator-like  46.85 
 
 
361 aa  239  4e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000080301  normal  0.16283 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1826  transcriptional regulator protein-like protein  50.47 
 
 
313 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5862  transcriptional regulator protein-like protein  47.87 
 
 
318 aa  233  5e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.167693  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2316  DeoR family transcriptional regulator  46.79 
 
 
331 aa  228  1e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000471902  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2466  transcriptional regulator protein-like protein  46.52 
 
 
331 aa  225  6e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0245457  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2434  hypothetical protein  43.48 
 
 
361 aa  221  1.9999999999999999e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1200  transcriptional regulator-like  47.92 
 
 
315 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.386828  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1501  transcriptional regulator  45.51 
 
 
683 aa  210  3e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.634725  decreased coverage  0.0000677289 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2167  hypothetical protein  41.69 
 
 
325 aa  201  1.9999999999999998e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.175858  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4872  hypothetical protein  47.06 
 
 
401 aa  198  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.136813 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2959  transcriptional regulator protein-like protein  40.41 
 
 
364 aa  188  1e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000346913  hitchhiker  0.00472926 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1771  transcriptional regulator  42.5 
 
 
675 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.193993  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2650  transcriptional regulator-like  39.46 
 
 
323 aa  179  8e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.535773  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1783  transcriptional regulator protein-like protein  46.91 
 
 
337 aa  173  3.9999999999999995e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  unclonable  0.000000000261192  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18560  predicted transcriptional regulator  37.99 
 
 
361 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.0049611  normal  0.0116825 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1866  transcriptional regulator protein-like protein  46.05 
 
 
354 aa  171  2e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00621522  normal  0.291628 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2057  transcriptional regulator-like protein  40.82 
 
 
320 aa  167  2e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.090135  normal  0.188447 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13990  predicted transcriptional regulator  39.46 
 
 
348 aa  164  2.0000000000000002e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0412748  normal  0.158003 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1287  putative transcriptional regulator protein  37.65 
 
 
334 aa  161  2e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.271739  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1924  transcriptional regulator-like protein  36.59 
 
 
663 aa  142  7e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000155311 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2181  transcriptional regulator-like protein  37.12 
 
 
663 aa  133  3.9999999999999996e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117971  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16040  predicted transcriptional regulator  35.22 
 
 
664 aa  99  9e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11950  predicted transcriptional regulator  37.31 
 
 
699 aa  88.2  2e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.308253  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5753  putative DeoR-family transcriptional regulator  29.53 
 
 
369 aa  80.5  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  29.75 
 
 
687 aa  76.3  0.0000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.47 
 
 
315 aa  75.5  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.27 
 
 
329 aa  64.3  0.000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.29 
 
 
324 aa  62.8  0.000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  27.42 
 
 
350 aa  62.4  0.000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  25.22 
 
 
231 aa  61.2  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
318 aa  60.8  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  22.87 
 
 
313 aa  60.8  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  22.85 
 
 
313 aa  59.7  0.00000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4015  transcriptional regulator protein-like protein  30.51 
 
 
512 aa  59.7  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.26 
 
 
332 aa  59.7  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4033  transcriptional regulator protein-like protein  33.02 
 
 
511 aa  59.7  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.559835  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  22.58 
 
 
313 aa  58.9  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4065  transcriptional regulator protein-like protein  33.02 
 
 
511 aa  58.9  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.83 
 
 
321 aa  58.5  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  22.26 
 
 
313 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3925  transcriptional regulator-like  31.8 
 
 
345 aa  58.5  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.836948  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.58 
 
 
336 aa  57.4  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.24 
 
 
330 aa  57  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0623  DeoR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
335 aa  57  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.84 
 
 
325 aa  56.6  0.0000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.08 
 
 
316 aa  56.6  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.95 
 
 
228 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.95 
 
 
228 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.83 
 
 
327 aa  56.2  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.45 
 
 
316 aa  56.2  0.0000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.39 
 
 
319 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.35 
 
 
324 aa  55.5  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.03 
 
 
327 aa  54.7  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  31.02 
 
 
233 aa  55.1  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.17 
 
 
326 aa  55.1  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.49 
 
 
228 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
333 aa  54.3  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.3 
 
 
334 aa  54.3  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0580  DeoR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
334 aa  53.9  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2687  transcriptional regulator-like protein  31.27 
 
 
331 aa  54.3  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.04 
 
 
319 aa  54.3  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.02 
 
 
233 aa  53.9  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0615  putative DeoR-family transcriptional regulator  32.96 
 
 
334 aa  53.5  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0607  putative DeoR-family transcriptional regulator  32.96 
 
 
334 aa  53.5  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  27.59 
 
 
327 aa  52.8  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.69 
 
 
334 aa  52.4  0.000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.81 
 
 
324 aa  52.8  0.000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  29.49 
 
 
228 aa  52  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  23.41 
 
 
238 aa  52.4  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30 
 
 
337 aa  52  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  29.03 
 
 
228 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.03 
 
 
228 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.12 
 
 
317 aa  51.6  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.07 
 
 
320 aa  51.6  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  29.47 
 
 
318 aa  51.6  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  30.56 
 
 
233 aa  50.8  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  28.89 
 
 
320 aa  51.2  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  28.89 
 
 
320 aa  51.2  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.21 
 
 
321 aa  50.8  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.56 
 
 
327 aa  50.8  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.59 
 
 
312 aa  50.8  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.02 
 
 
327 aa  50.4  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.89 
 
 
324 aa  50.1  0.00005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
319 aa  50.1  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  28.89 
 
 
320 aa  50.1  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.57 
 
 
317 aa  50.1  0.00006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  31.64 
 
 
318 aa  49.7  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>