59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_12350 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_12350  Major Facilitator Superfamily transporter  100 
 
 
472 aa  907    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28500  Major Facilitator Superfamily transporter  54.92 
 
 
437 aa  380  1e-104  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2992  major facilitator superfamily MFS_1  59.89 
 
 
413 aa  371  1e-101  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3629  major facilitator superfamily MFS_1  52.19 
 
 
424 aa  318  2e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13000  arabinose efflux permease family protein  51.86 
 
 
453 aa  316  7e-85  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2572  major facilitator transporter  40.55 
 
 
482 aa  180  4.999999999999999e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2304  major facilitator superfamily MFS_1  41.91 
 
 
452 aa  160  3e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000298214 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0780  major facilitator superfamily MFS_1  34.13 
 
 
420 aa  156  1e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347678  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0745  major facilitator superfamily MFS_1  35.42 
 
 
400 aa  122  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2303  major facilitator superfamily protein  30.1 
 
 
409 aa  116  7.999999999999999e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.569789  normal  0.336237 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4875  major facilitator superfamily MFS_1  32.1 
 
 
404 aa  111  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.615718  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3466  major facilitator superfamily MFS_1  28.68 
 
 
409 aa  101  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.488315  normal  0.151148 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5100  major facilitator superfamily MFS_1  30.16 
 
 
417 aa  97.4  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.404001  normal  0.353068 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6779  hypothetical protein  29.1 
 
 
396 aa  96.7  8e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.474799  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7368  major facilitator superfamily MFS_1  28.34 
 
 
399 aa  94.7  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3782  major facilitator transporter  29.56 
 
 
405 aa  94.4  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.22509 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1689  major facilitator superfamily MFS_1  29.05 
 
 
402 aa  92.4  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00788722  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4653  major facilitator superfamily MFS_1  27.46 
 
 
408 aa  86.7  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.523264  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3195  major facilitator superfamily MFS_1  28.57 
 
 
446 aa  84.7  0.000000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000039587 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01430  arabinose efflux permease family protein  26.49 
 
 
420 aa  83.6  0.000000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0686  major facilitator superfamily MFS_1  26.9 
 
 
417 aa  81.6  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2914  major facilitator transporter  26.32 
 
 
396 aa  82  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00730605  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0371  major facilitator superfamily MFS_1  25.71 
 
 
414 aa  78.6  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2846  major facilitator transporter  26.68 
 
 
410 aa  78.6  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0835154  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0234  transmembrane efflux protein  24.32 
 
 
407 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0247796  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3030  major facilitator transporter  24.37 
 
 
408 aa  74.3  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.54277  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4039  major facilitator superfamily MFS_1  26.58 
 
 
409 aa  67.4  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0402571 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2483  major facilitator superfamily MFS_1  24.15 
 
 
402 aa  64.7  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3637  major facilitator transporter  26.1 
 
 
403 aa  63.9  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4978  putative ABC transporter, permease protein  28.88 
 
 
403 aa  60.8  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.80843 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35230  hypothetical protein  24.87 
 
 
401 aa  60.1  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.578304 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0953  hypothetical protein  24.29 
 
 
439 aa  59.7  0.0000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0256  major facilitator superfamily MFS_1  25.64 
 
 
448 aa  59.3  0.0000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.0048883  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2972  hypothetical protein  24.61 
 
 
401 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.355188  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36140  arabinose efflux permease family protein  27.18 
 
 
419 aa  57.8  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1671  major facilitator superfamily MFS_1  33.12 
 
 
414 aa  57  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1898  hypothetical protein  27.2 
 
 
405 aa  54.7  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.577785  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12160  arabinose efflux permease family protein  27.81 
 
 
395 aa  53.5  0.000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.541779  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0458  major facilitator transporter  28.57 
 
 
397 aa  52.4  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2789  major facilitator superfamily MFS_1  24.67 
 
 
402 aa  52.4  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0252  major facilitator superfamily MFS_1  33.15 
 
 
432 aa  52.4  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1151  transporter, major facilitator family protein  26.42 
 
 
464 aa  52.4  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.469234 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3577  major facilitator transporter  23.55 
 
 
406 aa  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.194075  normal  0.0346233 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0426  major facilitator superfamily MFS_1  25.48 
 
 
404 aa  52  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.258686  normal  0.0618447 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2605  major facilitator superfamily MFS_1  35.2 
 
 
413 aa  51.6  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1842  major facilitator transporter  22.94 
 
 
390 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.570111  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1267  putative permease  21.31 
 
 
481 aa  50.8  0.00005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3536  major facilitator superfamily MFS_1  25.72 
 
 
412 aa  50.1  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0163  major facilitator superfamily MFS_1  28.76 
 
 
454 aa  49.3  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0452  major facilitator superfamily MFS_1  29.37 
 
 
417 aa  49.7  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4461  H+ antiporter protein  25.15 
 
 
414 aa  47.8  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3035  MFS family transporter  27.84 
 
 
425 aa  47.4  0.0006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1865  major facilitator transporter  25.89 
 
 
402 aa  47  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4959  major facilitator superfamily MFS_1  29.92 
 
 
407 aa  47  0.0008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.6026  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3762  major facilitator transporter  27.84 
 
 
425 aa  46.6  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1175  major facilitator transporter  28.81 
 
 
469 aa  47  0.0008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.62148  normal  0.49542 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3961  major facilitator transporter  24.1 
 
 
402 aa  44.7  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.357684 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2206  putative transporter  31.21 
 
 
417 aa  44.3  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3286  major facilitator transporter  24.79 
 
 
430 aa  43.5  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.92018 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>