More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_12300 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_12300  monosaccharide ABC transporter membrane protein  100 
 
 
309 aa  584  1e-166  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00275786  normal  0.739873 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4655  inner-membrane translocator  57.95 
 
 
337 aa  320  1.9999999999999998e-86  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00409858 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4056  inner-membrane translocator  61.38 
 
 
369 aa  310  1e-83  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0407655  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  38.93 
 
 
310 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  38.93 
 
 
310 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2278  inner-membrane translocator  40 
 
 
309 aa  166  4e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.568654  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1881  ribose ABC transporter, permease protein  36.52 
 
 
311 aa  166  5.9999999999999996e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0277317  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  40.93 
 
 
311 aa  162  6e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  41.28 
 
 
311 aa  162  7e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  40.93 
 
 
311 aa  161  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  40.93 
 
 
311 aa  161  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  40.93 
 
 
311 aa  160  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  40.93 
 
 
311 aa  161  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  40.93 
 
 
311 aa  161  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  40.99 
 
 
311 aa  160  4e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  40.64 
 
 
311 aa  159  8e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  40.64 
 
 
311 aa  159  8e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  39.41 
 
 
835 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1631  ribose ABC transporter, permease protein  34.71 
 
 
334 aa  157  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1575  ribose ABC transporter, permease protein  34.71 
 
 
334 aa  157  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4066  monosaccharide-transporting ATPase  34.71 
 
 
334 aa  156  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158179  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1398  inner-membrane translocator  36.11 
 
 
334 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00127371  normal  0.617276 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0563  monosaccharide-transporting ATPase  41.07 
 
 
311 aa  155  1e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000352632  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3593  monosaccharide-transporting ATPase  35.16 
 
 
329 aa  152  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225998  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0922  monosaccharide-transporting ATPase  32.16 
 
 
309 aa  152  1e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  32.36 
 
 
331 aa  150  2e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2981  inner-membrane translocator  38.79 
 
 
328 aa  150  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0921483  normal  0.0941351 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3449  inner-membrane translocator  33.22 
 
 
314 aa  150  3e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  36.17 
 
 
334 aa  150  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0165  monosaccharide-transporting ATPase  35.96 
 
 
318 aa  150  3e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2222  monosaccharide-transporting ATPase  38.6 
 
 
319 aa  149  5e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.294 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0965  monosaccharide-transporting ATPase  35.82 
 
 
342 aa  149  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  35.82 
 
 
342 aa  149  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  37.28 
 
 
322 aa  149  8e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1793  monosaccharide-transporting ATPase  32.35 
 
 
306 aa  148  9e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0275  inner-membrane translocator  34.78 
 
 
323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  36.92 
 
 
322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  36.43 
 
 
323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  33.55 
 
 
324 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2686  Monosaccharide-transporting ATPase  37.91 
 
 
325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2045  inner-membrane translocator  36.62 
 
 
342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.459231 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0148  Monosaccharide-transporting ATPase  36.54 
 
 
332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4899  ribose ABC transporter permease protein  38.13 
 
 
321 aa  146  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0818131  hitchhiker  0.000000774907 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  35.31 
 
 
327 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3204  inner-membrane translocator  36.08 
 
 
348 aa  146  5e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000146759  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4607  Monosaccharide-transporting ATPase  38.89 
 
 
348 aa  146  5e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09560  Monosaccharide-transporting ATPase  35.59 
 
 
322 aa  146  5e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.785729  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1458  Monosaccharide-transporting ATPase  35.03 
 
 
333 aa  146  5e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0717887 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2302  inner-membrane translocator  34.39 
 
 
327 aa  145  6e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0887388 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1642  Monosaccharide-transporting ATPase  36.96 
 
 
317 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000622557  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2782  inner-membrane translocator  37.63 
 
 
342 aa  145  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2826  inner-membrane translocator  37.63 
 
 
342 aa  145  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700859  normal  0.0291669 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2809  inner-membrane translocator  37.63 
 
 
342 aa  145  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0829098  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  35.93 
 
 
310 aa  145  9e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2523  inner-membrane translocator  35.88 
 
 
313 aa  145  9e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2283  monosaccharide-transporting ATPase  34.47 
 
 
345 aa  144  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.303171  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1826  inner-membrane translocator  37.55 
 
 
336 aa  144  1e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0911886  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  35.74 
 
 
322 aa  144  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  35.49 
 
 
330 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  35.49 
 
 
330 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4110  ribose ABC transporter permease protein  37.55 
 
 
321 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.401971  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4166  ribose ABC transporter permease protein  37.55 
 
 
321 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  35.49 
 
 
330 aa  144  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  0.000062023 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4580  Monosaccharide-transporting ATPase  35.26 
 
 
328 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000124272  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  35.25 
 
 
327 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4216  ribose ABC transporter permease protein  37.55 
 
 
321 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.064291  normal  0.774246 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4275  ribose ABC transporter permease protein  37.55 
 
 
321 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4095  ribose ABC transporter permease protein  37.55 
 
 
321 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3329  inner-membrane translocator  39.21 
 
 
314 aa  143  3e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0516  ribose ABC transporter permease protein  36.18 
 
 
324 aa  143  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7025  monosaccharide-transporting ATPase  36.36 
 
 
335 aa  144  3e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.560665  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1265  inner-membrane translocator  37.42 
 
 
342 aa  143  3e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.00281697  decreased coverage  0.000195243 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0184  inner-membrane translocator  36.84 
 
 
326 aa  143  3e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1400  D-ribose transport system permease protein  41.43 
 
 
327 aa  143  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.151364 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03636  ribose ABC transporter permease protein  39.07 
 
 
321 aa  143  5e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0321266  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4118  ribose ABC transporter permease protein  39.07 
 
 
321 aa  143  5e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.129793 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4217  Monosaccharide-transporting ATPase  39.07 
 
 
321 aa  143  5e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4266  ribose ABC transporter permease protein  39.07 
 
 
321 aa  143  5e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00636427  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03581  hypothetical protein  39.07 
 
 
321 aa  143  5e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0415585  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3966  ribose ABC transporter permease protein  39.07 
 
 
321 aa  143  5e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.878402  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5186  ribose ABC transporter permease protein  39.07 
 
 
321 aa  143  5e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0679383  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4244  ribose ABC transporter permease protein  39.07 
 
 
321 aa  143  5e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00281805 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3976  ribose ABC transporter permease protein  36.79 
 
 
322 aa  142  9e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.144441  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4121  inner-membrane translocator  34.8 
 
 
328 aa  142  9e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.49492  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4114  ribose ABC transporter permease protein  38.35 
 
 
321 aa  142  9e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.32727  normal  0.0391743 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0712  inner-membrane translocator  36.45 
 
 
310 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0709957  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  34.98 
 
 
312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6089  inner-membrane translocator  41.34 
 
 
334 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.761591  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3597  inner-membrane translocator  38.13 
 
 
319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.811202  normal  0.0646948 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3763  L-arabinose transporter permease protein  35.86 
 
 
316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139254  normal  0.990186 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0248  inner-membrane translocator  35.79 
 
 
338 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0690  Monosaccharide-transporting ATPase  36.39 
 
 
348 aa  140  3e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0715844 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0893  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  34.84 
 
 
328 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2513  inner-membrane translocator  34.53 
 
 
328 aa  140  3e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.587124  normal  0.279488 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4173  ribose ABC transporter permease protein  37.87 
 
 
322 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00211847  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1030  monosaccharide-transporting ATPase  35.06 
 
 
341 aa  139  4.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.608545 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3336  inner-membrane translocator  34.24 
 
 
346 aa  138  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4767  monosaccharide-transporting ATPase  31.11 
 
 
320 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.424997 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1902  inner-membrane translocator  36.52 
 
 
319 aa  137  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0227487  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2604  inner-membrane translocator  34.53 
 
 
317 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.104291  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>