22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_10730 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_10730  predicted RNA-binding protein containing a PIN domain protein  100 
 
 
470 aa  896    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1379  protein of unknown function DUF901  60.66 
 
 
517 aa  392  1e-107  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6096  protein of unknown function DUF901  42.08 
 
 
441 aa  234  3e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0632781 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2684  hypothetical protein  39.47 
 
 
440 aa  229  7e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.196033  normal  0.294982 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3069  protein of unknown function DUF901  40.89 
 
 
484 aa  223  8e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0224982  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3242  protein of unknown function DUF901  42.13 
 
 
434 aa  212  1e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00265784  hitchhiker  0.000125626 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3143  protein of unknown function DUF901  38.18 
 
 
471 aa  211  2e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0279599  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1302  hypothetical protein  39.17 
 
 
437 aa  211  2e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.29142  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3517  hypothetical protein  39.59 
 
 
518 aa  211  2e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00267368 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4878  hypothetical protein  37.53 
 
 
507 aa  209  8e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.813391  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3285  hypothetical protein  40.81 
 
 
519 aa  209  8e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3100  hypothetical protein  39.87 
 
 
436 aa  196  7e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0288555  normal  0.686964 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1028  hypothetical protein  38.41 
 
 
449 aa  183  6e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.261028  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1817  hypothetical protein  36.82 
 
 
437 aa  169  8e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.114937  normal  0.122477 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3126  hypothetical protein  44.5 
 
 
425 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1633  hypothetical protein  36.72 
 
 
175 aa  60.1  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0638355  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0191  hypothetical protein  32.33 
 
 
168 aa  53.9  0.000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0177603  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2273  hypothetical protein  32.76 
 
 
175 aa  53.1  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03800  predicted RNA-binding protein containing a PIN domain protein  33.33 
 
 
179 aa  50.4  0.00006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.000000618341  normal  0.163612 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2171  hypothetical protein  37.19 
 
 
169 aa  50.4  0.00007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00990359  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2042  protein of unknown function DUF901  29.41 
 
 
168 aa  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000499907  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1923  peptidoglycan-binding LysM  27.43 
 
 
5189 aa  44.3  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>