137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_R0002 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007575  Suden_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  176  6e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000425968  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0073  tRNA-Ser  91.84 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673451  normal  0.952088 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2352  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.488752  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2353  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.448422  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2705  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.296774  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3157t  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer03  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000286931  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1111t  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.797073  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1109t  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.060013  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1123t  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1106t  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3159t  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0007  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0043  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0965121  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0042  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1628  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100437  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2548  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.221952  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0059  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0067  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000783692  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0084  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0117481  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0069  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0003  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00023  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.115823  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000218477  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t070  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0130156  normal  0.270394 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t031  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t032  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t044  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.345279  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000159077  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna043  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1162  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.520358 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0080  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000427026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0081  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000367206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0091  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00307776  normal  0.28235 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0080  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000011536  normal  0.292608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0081  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000139666  normal  0.289592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0099  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.70942  hitchhiker  0.000224903 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1195  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1128  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.93394e-25 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0077  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  normal  0.199277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0078  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000673855  normal  0.197197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0088  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139579  hitchhiker  0.0000269185 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0059  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000119289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0060  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000594401  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64209  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0044  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00391672  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0060  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0407433  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0061  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00295875  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0062  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000500445  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna117  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0022  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000743808  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.985035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.760649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0040  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0094275  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0041  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00826938  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0060  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1045  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.395551  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0032  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000241794  hitchhiker  0.000000080319 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0033  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000323834  hitchhiker  0.00000000664377 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1150  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.14508  normal  0.321314 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0062  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00255663  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0070  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000322089  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0071  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000718864  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0072  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000100373  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00325  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03029  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05459  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06826  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4663  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000383735  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5026  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747875  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1206  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t061  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.011458  hitchhiker  0.000000339916 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t060  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00263589  hitchhiker  0.000000337052 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t059  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191448  hitchhiker  0.0000692537 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0072  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0080  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.247761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0081  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.147278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0082  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00228786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0065  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0269499  hitchhiker  0.0000672663 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2147  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.478396 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2775  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0559618  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>