More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2334 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2334  phage integrase family protein  100 
 
 		 322 aa  630  1e-179  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00113164 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2477  integrase family protein  92.86 
 
 		 330 aa  521  1e-147  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.380932  normal  0.877994 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2194  integrase family protein  59.94 
 
 		 329 aa  329  4e-89  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00000240835  hitchhiker  0.000237132 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3447  integrase family protein  56.15 
 
 		 324 aa  323  3e-87  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.3866  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3189  integrase family protein  51.1 
 
 		 345 aa  280  3e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00000247196  hitchhiker  0.000000000920932 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4455  integrase family protein  49.21 
 
 		 339 aa  263  4e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000000349863  hitchhiker  0.00111504 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  30.26 
 
 		 298 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  32.57 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.27 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.27 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.27 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  32.58 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.27 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.27 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0928  integrase family protein  36.09 
 
 		 326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.27 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.81 
 
 		 330 aa  114  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.27 
 
 		 299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  33.67 
 
 		 295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.27 
 
 		 299 aa  113  5e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.27 
 
 		 299 aa  113  5e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.27 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  28.71 
 
 		 302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.26 
 
 		 299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2383  integrase family protein  32.42 
 
 		 338 aa  109  5e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000443336  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  28.53 
 
 		 302 aa  109  6e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4805  tyrosine recombinase XerC  35.81 
 
 		 367 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104736  normal  0.146847 
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  28.67 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.1 
 
 		 322 aa  108  1e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  31.89 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0426  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.89 
 
 		 321 aa  107  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  28.43 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3189  integrase family protein  35.35 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00303256 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  32.77 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4288  tyrosine recombinase XerC  36.49 
 
 		 365 aa  107  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.710874 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  33.67 
 
 		 326 aa  107  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  34.07 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0180  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.56 
 
 		 324 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4655  tyrosine recombinase XerC  36.49 
 
 		 365 aa  107  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.223284 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0247  integrase family protein  35.95 
 
 		 322 aa  106  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121071  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  30.92 
 
 		 294 aa  105  8e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  30.13 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0401  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.67 
 
 		 324 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.145415 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0177  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3960  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.22 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.011638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4114  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.76 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3661  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.79 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  31.96 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  32.09 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  31.36 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  27.24 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  26.06 
 
 		 295 aa  103  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  26.06 
 
 		 295 aa  103  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2064  phage integrase  35.27 
 
 		 297 aa  103  4e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0536  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.91 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.538013  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  29.89 
 
 		 303 aa  102  6e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0271  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.25 
 
 		 351 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28022  normal  0.462537 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0553  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.25 
 
 		 329 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.172687  normal  0.167276 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  25.49 
 
 		 295 aa  102  8e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  30.93 
 
 		 301 aa  102  8e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0447  phage integrase family site specific recombinase  29.9 
 
 		 307 aa  102  1e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  24.76 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2809  phage integrase family protein  33.11 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  25.9 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  24.61 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.33 
 
 		 294 aa  100  4e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  30.13 
 
 		 304 aa  100  4e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  27.12 
 
 		 308 aa  99.8  5e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0163  integrase family protein  34.09 
 
 		 342 aa  99.8  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  30.46 
 
 		 303 aa  100  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  26.42 
 
 		 296 aa  99.8  6e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  24.09 
 
 		 296 aa  99.4  7e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  28.77 
 
 		 291 aa  99.4  8e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  24.84 
 
 		 296 aa  99  9e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0194  tyrosine recombinase XerC subunit  30.53 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  29.39 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  26.23 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  27.63 
 
 		 314 aa  98.2  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1916  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.05 
 
 		 315 aa  98.2  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391518  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  31.56 
 
 		 317 aa  97.8  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  31.27 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1844  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.73 
 
 		 315 aa  97.8  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.104424  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  27.95 
 
 		 298 aa  97.8  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0942  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.23 
 
 		 315 aa  97.8  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  30.17 
 
 		 299 aa  97.4  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  26.18 
 
 		 299 aa  97.4  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  25.25 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0772  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.85 
 
 		 324 aa  97.1  4e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.86 
 
 		 300 aa  96.7  5e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  30.77 
 
 		 343 aa  96.7  5e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.19 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3697  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.96 
 
 		 328 aa  96.3  7e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.11 
 
 		 298 aa  96.3  7e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  28.44 
 
 		 297 aa  96.3  7e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  27.2 
 
 		 313 aa  96.3  7e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  30.82 
 
 		 335 aa  96.3  7e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1177  integrase family protein  34.02 
 
 		 329 aa  95.9  8e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.151473 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2501  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.59 
 
 		 312 aa  95.9  8e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.504706  normal  0.936606 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 296 aa  95.9  9e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  33.33 
 
 		 293 aa  95.9  9e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>