More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2069 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2069  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 206 aa  400  1e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.168032  normal  0.867534 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2212  TetR family transcriptional regulator  89.9 
 
 		 198 aa  294  6e-79  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.326547  normal  0.584634 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1836  transcriptional regulator, TetR family  66.16 
 
 		 207 aa  239  2e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0359893  normal  0.350648 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19310  hypothetical protein  40.25 
 
 		 215 aa  89.7  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0818404  normal  0.200215 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2774  transcriptional regulator, TetR family  36.04 
 
 		 208 aa  84.3  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5734  transcriptional regulator, TetR family  35.87 
 
 		 199 aa  84.3  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.801726 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2422  transcriptional regulator, TetR family  38.3 
 
 		 197 aa  80.1  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000265027  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3495  putative transcriptional regulator, TetR family  32.02 
 
 		 177 aa  77.8  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31350  hypothetical protein  33.73 
 
 		 203 aa  77.8  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112877  normal  0.357558 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0541  transcriptional regulator, TetR family  34.27 
 
 		 192 aa  76.3  0.0000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5790  hypothetical protein  34.5 
 
 		 207 aa  75.9  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209005  normal  0.0606988 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4915  transcriptional regulator, TetR family  34.68 
 
 		 206 aa  75.5  0.0000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.259096  normal  0.574827 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25560  transcriptional regulator  33.52 
 
 		 207 aa  75.1  0.0000000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2076  transcriptional regulator, TetR family  32.49 
 
 		 209 aa  73.6  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.954712 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1335  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 194 aa  72.8  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1664  transcriptional regulator, TetR family  31.84 
 
 		 197 aa  71.2  0.000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.294171  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6767  transcriptional regulator, TetR family  32.47 
 
 		 177 aa  70.5  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0254  transcriptional regulator, TetR family  36.93 
 
 		 198 aa  70.5  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.631026 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5235  transcriptional regulator  30.61 
 
 		 207 aa  68.2  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.16745 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5284  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 208 aa  67.8  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0597036  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1591  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 215 aa  67.4  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.194821 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2813  TetR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 215 aa  67  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7124  transcriptional regulator  33.89 
 
 		 203 aa  65.9  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0452  transcriptional regulator, TetR family  32.76 
 
 		 207 aa  65.5  0.0000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4367  transcriptional regulator, TetR family  31.07 
 
 		 201 aa  61.6  0.000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0280  TetR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5773  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 198 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6138  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 198 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.890581 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17710  transcriptional regulator  29.65 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0632938  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5992  transcriptional regulator, TetR family  30.33 
 
 		 199 aa  57  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.396143  normal  0.47391 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7672  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 198 aa  57  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.245363  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1921  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 197 aa  56.2  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0409606  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3314  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3377  transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.27921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2803  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.014286  normal  0.214284 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2881  transcriptional regulator, TetR family  34.55 
 
 		 367 aa  55.8  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5404  transcriptional regulator, TetR family  28.73 
 
 		 192 aa  55.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0587042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2281  regulatory protein, TetR  33.87 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.45314 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3781  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7448  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.58477 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 206 aa  55.1  0.0000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5300  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 208 aa  55.1  0.0000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.104655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4918  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 208 aa  55.1  0.0000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.141388  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4308  transcriptional regulator, TetR family  32.06 
 
 		 195 aa  54.7  0.0000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0100295  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5007  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 208 aa  55.1  0.0000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.324898  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0130  TetR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.943831  normal  0.482465 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25180  transcriptional regulator, tetR family  42.65 
 
 		 206 aa  54.7  0.0000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1270  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 208 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0484434 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000366  HTH-type transcriptional regulator BetI  26.76 
 
 		 194 aa  54.7  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 207 aa  54.3  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3319  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 		 214 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00311946  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1493  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 198 aa  53.9  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127102 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  27.49 
 
 		 215 aa  53.9  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3009  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 187 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2589  transcriptional regulator BetI  32.46 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7752  putative transcriptional regulator, TetR family  29.48 
 
 		 202 aa  53.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1349  transcriptional regulator BetI  30.99 
 
 		 201 aa  53.1  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.287074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2762  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 		 207 aa  52.8  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.598965  normal  0.857853 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31710  hypothetical protein  29.26 
 
 		 189 aa  53.1  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.547253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2399  TetR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 204 aa  52.8  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0482124  hitchhiker  0.0000585185 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2687  transcriptional regulator, TetR family  32.24 
 
 		 202 aa  52.8  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.782088  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2202  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 186 aa  52.8  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.243165 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1313  transcriptional regulator BetI  31.03 
 
 		 201 aa  52.4  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1323  transcriptional regulator BetI  31.03 
 
 		 201 aa  52.4  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2832  transcriptional regulator, TetR family  34.88 
 
 		 204 aa  52  0.000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3037  transcriptional regulator BetI  31.88 
 
 		 201 aa  52  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.116716  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3630  transcriptional regulator, TetR family  48.48 
 
 		 203 aa  51.6  0.000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0460373 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0483  transcriptional regulator BetI  30.28 
 
 		 196 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0555  transcriptional regulator BetI  30.18 
 
 		 194 aa  51.6  0.000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3308  transcriptional regulator BetI  40.54 
 
 		 196 aa  51.6  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1339  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 308 aa  51.2  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.752137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 206 aa  51.2  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0145  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 202 aa  51.2  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.437687  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1824  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 203 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0882089  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2855  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 199 aa  50.8  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00414349  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3260  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 187 aa  51.2  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1871  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 203 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.516108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1805  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 203 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.386636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3573  transcriptional regulator, TetR family  26.45 
 
 		 196 aa  50.4  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1461  TetR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 197 aa  50.4  0.00002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0279876 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4108  regulatory protein TetR  37.42 
 
 		 189 aa  50.4  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1088  transcriptional regulator, TetR family  25.44 
 
 		 193 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0716  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 223 aa  50.1  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3842  transcriptional regulator BetI  40.38 
 
 		 197 aa  50.4  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0403  transcriptional regulator BetI  33.33 
 
 		 218 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5060  transcriptional regulator BetI  41.89 
 
 		 195 aa  50.4  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0255482 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7104  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 206 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5184  transcriptional regulator BetI  29.93 
 
 		 194 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.14696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4463  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 		 198 aa  49.7  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1590  transcriptional regulator BetI  46.15 
 
 		 195 aa  50.1  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3270  transcriptional regulator BetI  29.93 
 
 		 194 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2723  regulatory protein TetR  30.24 
 
 		 198 aa  49.7  0.00003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.769324  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47610  putative transcriptional regulator  45 
 
 		 186 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1513  transcriptional regulator BetI  48 
 
 		 198 aa  49.7  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0564912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0270  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 192 aa  50.1  0.00003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.522665  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5098  transcriptional regulator BetI  29.93 
 
 		 194 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4107  transcriptional regulator  45 
 
 		 187 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.198218  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4012  transcriptional regulator BetI  27.82 
 
 		 201 aa  49.3  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.4529  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8695  transcriptional regulator, TetR family  27.11 
 
 		 203 aa  49.3  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.650286 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1991  transcriptional regulator, TetR family  46.15 
 
 		 188 aa  49.3  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>