More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1744 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013510  Tcur_1990  ATP-dependent helicase HrpB  60.7 
 
 		 843 aa  804    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00135733  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1727  ATP-dependent helicase HrpB  86.33 
 
 		 856 aa  1274    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.69515  normal  0.01898 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1244  ATP-dependent helicase HrpB  57.78 
 
 		 836 aa  740    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  unclonable  0.00036267  normal  0.131071 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6512  ATP-dependent helicase HrpB  56.95 
 
 		 862 aa  742    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.302151 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3972  ATP-dependent helicase HrpB  58.32 
 
 		 841 aa  793    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.120133  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0951  ATP-dependent helicase HrpB  52.73 
 
 		 772 aa  645    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1744  ATP-dependent helicase HrpB  100 
 
 		 855 aa  1597    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.564063  normal  0.839045 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07780  ATP-dependent helicase HrpB  57.58 
 
 		 830 aa  746    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0785  ATP-dependent helicase HrpB  54.98 
 
 		 880 aa  716    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0363712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18990  ATP-dependent helicase HrpB  56.82 
 
 		 839 aa  726    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.127417 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7166  ATP-dependent helicase HrpB  60.72 
 
 		 885 aa  855    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.236213  normal  0.291596 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1784  ATP-dependent helicase HrpB  49.43 
 
 		 871 aa  553  1e-156  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000613438 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2026  ATP-dependent helicase HrpB  47.96 
 
 		 897 aa  544  1e-153  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.79914  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0098  ATP-dependent helicase HrpB  44.96 
 
 		 826 aa  523  1e-147  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.310548 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09990  DEAH-box ATP-dependent helicase HrpB  46.14 
 
 		 838 aa  522  1e-146  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.371307  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1148  ATP-dependent helicase HrpB  45.39 
 
 		 838 aa  520  1e-146  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658712  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2232  ATP-dependent helicase HrpB  40.96 
 
 		 842 aa  521  1e-146  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0479151  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4808  ATP-dependent helicase HrpB  41.56 
 
 		 844 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4735  ATP-dependent helicase HrpB  41.54 
 
 		 840 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.784057  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0302  ATP-dependent helicase HrpB  41.84 
 
 		 825 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.204863 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0976  ATP-dependent helicase HrpB  47.57 
 
 		 848 aa  517  1.0000000000000001e-145  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0156609  normal  0.918373 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7352  ATP-dependent helicase  42.19 
 
 		 824 aa  514  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0359  ATP-dependent helicase HrpB  41.79 
 
 		 872 aa  515  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.508853 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4935  ATP-dependent helicase HrpB  43.43 
 
 		 839 aa  514  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557516 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4801  ATP-dependent helicase HrpB  44.98 
 
 		 826 aa  510  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.510158 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3739  ATP-dependent helicase HrpB  44.06 
 
 		 844 aa  511  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2470  ATP-dependent helicase HrpB  41.69 
 
 		 844 aa  511  1e-143  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.590615  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0648  ATP-dependent helicase HrpB  42.82 
 
 		 842 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.242487  normal  0.649022 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0073  ATP-dependent helicase HrpB  43.66 
 
 		 824 aa  508  9.999999999999999e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0455  ATP-dependent helicase HrpB  41.65 
 
 		 829 aa  504  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0536  ATP-dependent helicase HrpB  42.07 
 
 		 825 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1838  ATP-dependent helicase HrpB  42.18 
 
 		 846 aa  501  1e-140  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0458406  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4320  ATP-dependent helicase HrpB  42.78 
 
 		 844 aa  501  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.043486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4648  ATP-dependent helicase HrpB  42.97 
 
 		 842 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.052727  normal  0.20008 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0665  ATP-dependent helicase protein, putative  44.59 
 
 		 832 aa  500  1e-140  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4772  ATP-dependent helicase HrpB  43.4 
 
 		 842 aa  499  1e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0178797 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4651  ATP-dependent helicase HrpB  43.3 
 
 		 833 aa  498  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262977  normal  0.748056 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1349  ATP-dependent helicase HrpB  41.72 
 
 		 842 aa  498  1e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.228837  hitchhiker  0.00000000348515 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0505  ATP-dependent helicase HrpB  41.37 
 
 		 870 aa  499  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.967773 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3081  ATP-dependent helicase HrpB  41.43 
 
 		 827 aa  495  9.999999999999999e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.895104  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1261  ATP-dependent helicase HrpB  41.05 
 
 		 825 aa  494  9.999999999999999e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0343419 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0127  ATP-dependent helicase HrpB  41.52 
 
 		 832 aa  493  9.999999999999999e-139  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00299316  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2061  ATP-dependent helicase HrpB  43.14 
 
 		 837 aa  491  1e-137  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0816695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2013  DEAD/DEAH box helicase  44.95 
 
 		 808 aa  491  1e-137  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.211525  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1180  ATP-dependent helicase HrpB  41.13 
 
 		 828 aa  491  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.9477e-16 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0147  ATP-dependent helicase HrpB  41.12 
 
 		 818 aa  492  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.210088  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0723  ATP-dependent helicase HrpB  45.18 
 
 		 808 aa  491  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.336305  normal  0.341531 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2348  ATP-dependent helicase HrpB  41.6 
 
 		 842 aa  492  1e-137  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03444  ATP-dependent RNA helicase HrpB  35.48 
 
 		 833 aa  487  1e-136  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03650  ATP-dependent helicase HrpB  46.45 
 
 		 861 aa  488  1e-136  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3110  ATP-dependent helicase  37.69 
 
 		 826 aa  489  1e-136  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.924657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0640  ATP-dependent helicase HrpB  43.84 
 
 		 802 aa  486  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163213  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2844  ATP-dependent helicase HrpB  43.22 
 
 		 830 aa  488  1e-136  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.454612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0067  DEAD box-like helicase  40.78 
 
 		 820 aa  483  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0419076  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3982  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.86 
 
 		 812 aa  480  1e-134  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0579093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0159  ATP-dependent RNA helicase HrpB  38.82 
 
 		 824 aa  476  1e-133  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.805468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3449  ATP-dependent helicase HrpB  43.51 
 
 		 814 aa  478  1e-133  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.206852 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1172  ATP-dependent helicase HrpB  42.14 
 
 		 863 aa  477  1e-133  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0192  ATP-dependent helicase HrpB  43.28 
 
 		 917 aa  476  1e-133  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0135151 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3458  ATP-dependent helicase HrpB  42.49 
 
 		 798 aa  479  1e-133  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0669  ATP-dependent helicase HrpB  42.82 
 
 		 841 aa  477  1e-133  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.345787 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1588  ATP-dependent helicase HrpB  43.39 
 
 		 847 aa  478  1e-133  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.41464  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7107  ATP-dependent helicase HrpB  45.17 
 
 		 850 aa  473  1e-132  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0206  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.29 
 
 		 824 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3335  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.25 
 
 		 834 aa  474  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.825067  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4284  ATP-dependent helicase HrpB  44.14 
 
 		 854 aa  474  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1001  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.37 
 
 		 853 aa  475  1e-132  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2580  ATP-dependent RNA helicase  43.41 
 
 		 834 aa  474  1e-132  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262395  hitchhiker  0.0000513711 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1590  ATP-dependent helicase HrpB  43.56 
 
 		 825 aa  475  1e-132  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.357448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3464  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.13 
 
 		 829 aa  476  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0221  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.29 
 
 		 824 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12630  putative ATP-dependent helicase  43.54 
 
 		 830 aa  474  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3275  ATP-dependent helicase HrpB  38.97 
 
 		 821 aa  470  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1773  ATP-dependent helicase HrpB  41.5 
 
 		 798 aa  472  1.0000000000000001e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0295014  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4854  ATP-dependent helicase HrpB  38.95 
 
 		 877 aa  472  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.951101 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0205  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.06 
 
 		 824 aa  472  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.879127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2129  ATP-dependent helicase HrpB  43.84 
 
 		 837 aa  471  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0157  ATP-dependent RNA helicase HrpB  38.35 
 
 		 824 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0688  ATP-dependent RNA helicase HrpB  38.52 
 
 		 809 aa  470  1.0000000000000001e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0972793  normal  0.531464 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0217  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.06 
 
 		 824 aa  470  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.976044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0152  ATP-dependent RNA helicase HrpB  38.5 
 
 		 809 aa  469  9.999999999999999e-131  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00171749  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00147  predicted ATP-dependent helicase  38.12 
 
 		 809 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0534884  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00146  hypothetical protein  38.12 
 
 		 809 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0519083  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0223  ATP-dependent RNA helicase HrpB  38.94 
 
 		 824 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0559  ATP-dependent helicase HrpB  39.88 
 
 		 822 aa  468  9.999999999999999e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0151  ATP-dependent RNA helicase HrpB  38.12 
 
 		 809 aa  464  1e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000698462  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2816  ATP-dependent RNA helicase HrpB  40.16 
 
 		 812 aa  463  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3454  ATP-dependent helicase HrpB  38.38 
 
 		 824 aa  464  1e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.629145  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0139  ATP-dependent RNA helicase HrpB  38.12 
 
 		 809 aa  462  1e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3991  ATP-dependent helicase HrpB  40.05 
 
 		 821 aa  465  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1573  thiolase  37.3 
 
 		 864 aa  463  1e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4319  ATP-dependent helicase HrpB  40.63 
 
 		 821 aa  464  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0623  ATP-dependent helicase HrpB  34.49 
 
 		 835 aa  462  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3511  ATP-dependent RNA helicase HrpB  38.24 
 
 		 824 aa  466  1e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.661022  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04570  ATP-dependent helicase HrpB  46.63 
 
 		 893 aa  462  9.999999999999999e-129  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0937803  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2365  ATP-dependent helicase HrpB  43.49 
 
 		 860 aa  462  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.701913  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3111  ATP-dependent RNA helicase HrpB  38.43 
 
 		 820 aa  460  9.999999999999999e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0488  ATP-dependent helicase HrpB  35.04 
 
 		 823 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.531683  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3407  ATP-dependent helicase HrpB  34.38 
 
 		 835 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.982669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0622  ATP-dependent helicase HrpB  34.38 
 
 		 835 aa  457  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.53674 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>