290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1224 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_1224  hypothetical protein  100 
 
 
398 aa  798    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.303019  normal  0.552765 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1116  hypothetical protein  86.49 
 
 
369 aa  634  1e-180  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0131047 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4365  glucose sorbosone dehydrogenase  51.07 
 
 
381 aa  386  1e-106  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.34785  normal  0.0470149 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2824  glucose sorbosone dehydrogenase  55.14 
 
 
406 aa  338  8e-92  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3557  glucose sorbosone dehydrogenase  51.06 
 
 
374 aa  335  5.999999999999999e-91  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0194162  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8062  Quinoprotein glucose dehydrogenase  55.06 
 
 
360 aa  325  1e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4560  glucose sorbosone dehydrogenase  52.81 
 
 
381 aa  313  3.9999999999999997e-84  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.321101  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0624  putative oxidoreductase  54.15 
 
 
369 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.86627  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3428  glucose sorbosone dehydrogenase  48.8 
 
 
389 aa  307  2.0000000000000002e-82  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.143685  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5794  glucose sorbosone dehydrogenase  53.33 
 
 
388 aa  306  3e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.937217 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4646  glucose sorbosone dehydrogenase  50.81 
 
 
405 aa  299  7e-80  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0965  glucose sorbosone dehydrogenase  49.34 
 
 
404 aa  293  5e-78  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.654597  normal  0.211646 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1240  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  47.99 
 
 
809 aa  291  2e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00167459 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0845  glucose sorbosone dehydrogenase  50.46 
 
 
401 aa  289  8e-77  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4374  glucose sorbosone dehydrogenase  51.27 
 
 
343 aa  286  5.999999999999999e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.169886  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30370  glucose/sorbosone dehydrogenase  51.12 
 
 
407 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.218061 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2766  glucose sorbosone dehydrogenase  45.92 
 
 
357 aa  281  1e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1322  glucose sorbosone dehydrogenase  48.4 
 
 
399 aa  279  6e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0828348  normal  0.2304 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3697  glucose sorbosone dehydrogenase  49.85 
 
 
335 aa  278  2e-73  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0686118  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2732  glucose sorbosone dehydrogenase  48.36 
 
 
442 aa  277  3e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3368  glucose sorbosone dehydrogenase  49.57 
 
 
353 aa  276  6e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2543  glucose sorbosone dehydrogenase  51.27 
 
 
377 aa  274  2.0000000000000002e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0277395  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3278  glucose sorbosone dehydrogenase  43.42 
 
 
394 aa  272  8.000000000000001e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2231  putative oxidoreductase  47.37 
 
 
388 aa  256  5e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.13844  hitchhiker  0.00253224 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0474  glucose/sorbosone dehydrogenase  42.04 
 
 
369 aa  239  4e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1715  hypothetical protein  41.74 
 
 
394 aa  238  2e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.296099  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3465  coagulation factor 5/8 type domain protein  38.06 
 
 
729 aa  221  9.999999999999999e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.552807  hitchhiker  0.00639075 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0504  glucose sorbosone dehydrogenase  41.96 
 
 
367 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0552  glucose sorbosone dehydrogenase  38.22 
 
 
360 aa  220  3e-56  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.0000617979  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4080  putative oxidoreductase  37.82 
 
 
387 aa  201  3e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.161097  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1561  glucose sorbosone dehydrogenase  37.39 
 
 
363 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1463  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  40.45 
 
 
407 aa  192  6e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.843339  normal  0.476592 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0371  glucose sorbosone dehydrogenase  37.06 
 
 
410 aa  191  1e-47  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2870  hypothetical protein  37.21 
 
 
408 aa  188  1e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0509  glucose sorbosone dehydrogenase  37.24 
 
 
385 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.760601  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0542  glucose sorbosone dehydrogenase  38.3 
 
 
385 aa  176  8e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0538  glucose sorbosone dehydrogenase  37.83 
 
 
385 aa  176  9e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2919  Quinoprotein glucose dehydrogenase  33.33 
 
 
365 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000852444 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2304  glucose sorbosone dehydrogenase  33.26 
 
 
443 aa  170  4e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32310  glucose/sorbosone dehydrogenase  35.87 
 
 
400 aa  160  3e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.196723 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2193  glucose sorbosone dehydrogenase  33.43 
 
 
375 aa  158  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.104643  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1788  glucose sorbosone dehydrogenase  35.67 
 
 
391 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0330731 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3000  glucose sorbosone dehydrogenase  33.63 
 
 
380 aa  154  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0518762  normal  0.592053 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0825  glucose sorbosone dehydrogenase  34.68 
 
 
405 aa  153  5e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2329  glucose sorbosone dehydrogenase  33.59 
 
 
469 aa  152  1e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.485013 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0139  hypothetical protein  33.16 
 
 
382 aa  149  9e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2740  glucose sorbosone dehydrogenase  32.84 
 
 
379 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0846  glucose sorbosone dehydrogenase  34.04 
 
 
366 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0395822 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08770  hypothetical protein  34.18 
 
 
385 aa  147  4.0000000000000006e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4395  glucose sorbosone dehydrogenase  33.43 
 
 
377 aa  145  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.82365  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3928  glucose sorbosone dehydrogenase  31.7 
 
 
387 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1100  glucose sorbosone dehydrogenase  33.52 
 
 
383 aa  145  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4955  glucose sorbosone dehydrogenase  30.5 
 
 
432 aa  143  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.166983 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1030  glucose sorbosone dehydrogenase  32.79 
 
 
410 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.881804  normal  0.777838 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2236  glucose sorbosone dehydrogenase  29.43 
 
 
396 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.060795  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4905  glucose sorbosone dehydrogenase  29.92 
 
 
428 aa  140  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562045  normal  0.994161 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2710  glucose sorbosone dehydrogenase  32.6 
 
 
394 aa  140  3.9999999999999997e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3844  glucose sorbosone dehydrogenase  29.97 
 
 
407 aa  140  3.9999999999999997e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5339  glucose sorbosone dehydrogenase  31.56 
 
 
413 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.384177  normal  0.194322 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4441  glucose sorbosone dehydrogenase  29.67 
 
 
428 aa  139  6e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.672706 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6029  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  34.63 
 
 
385 aa  138  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2740  glucose sorbosone dehydrogenase  32.08 
 
 
399 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0465  glucose sorbosone dehydrogenase  33.53 
 
 
366 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4812  glucose sorbosone dehydrogenase  35.21 
 
 
387 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1294  glucose sorbosone dehydrogenase  32.15 
 
 
391 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.298447  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4727  glucose sorbosone dehydrogenase  30.77 
 
 
403 aa  136  8e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635813  normal  0.114158 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1271  glucose sorbosone dehydrogenase  31.6 
 
 
368 aa  135  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2521  glucose sorbosone dehydrogenase  31.19 
 
 
395 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.21854  normal  0.577738 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1958  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  35.79 
 
 
497 aa  134  1.9999999999999998e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.922706 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00578  Glucose dehydrogenase, putative  30.2 
 
 
389 aa  134  3e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4458  glucose sorbosone dehydrogenase  30.47 
 
 
430 aa  133  3.9999999999999996e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1823  glucose sorbosone dehydrogenase  31.74 
 
 
396 aa  133  6e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2198  glucose sorbosone dehydrogenase  33.8 
 
 
381 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4125  glucose sorbosone dehydrogenase  32.99 
 
 
388 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.285901  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1142  glucose sorbosone dehydrogenase  31.81 
 
 
382 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.320436  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1224  glucose sorbosone dehydrogenase  32.37 
 
 
465 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.414589 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2829  glucose sorbosone dehydrogenase  31.67 
 
 
397 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2262  glucose sorbosone dehydrogenase  31.67 
 
 
386 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561856  normal  0.0609661 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1440  glucose sorbosone dehydrogenase  32.4 
 
 
530 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00453751 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1511  glucose sorbosone dehydrogenase  33.72 
 
 
374 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1822  glucose sorbosone dehydrogenase  33.05 
 
 
383 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.221224  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4807  glucose sorbosone dehydrogenase  30.56 
 
 
392 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.916412  normal  0.104055 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3539  glucose sorbosone dehydrogenase  32.87 
 
 
381 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2014  glucose sorbosone dehydrogenase  32.37 
 
 
396 aa  130  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.315811 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3035  hypothetical protein  30.83 
 
 
413 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00444174  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1315  glucose sorbosone dehydrogenase  33.92 
 
 
374 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.986351 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1791  hypothetical protein  32.3 
 
 
411 aa  130  6e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00386684 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0946  glucose sorbosone dehydrogenase  31.43 
 
 
407 aa  130  6e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.415737  hitchhiker  0.000365484 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3593  glucose sorbosone dehydrogenase  31.19 
 
 
395 aa  130  6e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16890  hypothetical protein  31.44 
 
 
378 aa  129  7.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3189  glucose sorbosone dehydrogenase  33.9 
 
 
381 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0411882 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1796  glucose sorbosone dehydrogenase  35.17 
 
 
392 aa  129  9.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.10437  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2666  glucose sorbosone dehydrogenase  30.03 
 
 
395 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0349598  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4595  glucose sorbosone dehydrogenase  30.26 
 
 
390 aa  129  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0204461  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1327  glucose sorbosone dehydrogenase  31.27 
 
 
377 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000655101 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3426  glucose sorbosone dehydrogenase  32.2 
 
 
382 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0989  glucose sorbosone dehydrogenase  32.44 
 
 
382 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1186  glucose sorbosone dehydrogenase  32.84 
 
 
382 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0663  glucose sorbosone dehydrogenase  32.58 
 
 
367 aa  127  4.0000000000000003e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1774  glucose sorbosone dehydrogenase  33.25 
 
 
402 aa  126  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.490744  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>