203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1071 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_1071  regulatory protein, TetR  100 
 
 
202 aa  395  1e-109  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0689162  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0961  TetR family transcriptional regulator  94.55 
 
 
202 aa  342  2e-93  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0186381 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4321  regulatory protein TetR  58.06 
 
 
194 aa  205  3e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0684654  normal  0.242009 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0280  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 
196 aa  83.6  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31350  hypothetical protein  32.04 
 
 
203 aa  79  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112877  normal  0.357558 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5404  transcriptional regulator, TetR family  29.12 
 
 
192 aa  77.8  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0587042  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2803  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 
194 aa  74.7  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.014286  normal  0.214284 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3314  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 
194 aa  74.7  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2813  TetR family transcriptional regulator  36.13 
 
 
215 aa  73.9  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1647  transcriptional regulator, TetR family  34.16 
 
 
197 aa  72.4  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3308  transcriptional regulator BetI  35.03 
 
 
196 aa  64.7  0.0000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1087  transcriptional regulator, TetR family  34.41 
 
 
215 aa  64.3  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.9461  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7752  putative transcriptional regulator, TetR family  33.67 
 
 
202 aa  63.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8695  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 
203 aa  63.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.650286 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1834  transcriptional regulator, TetR family  34.81 
 
 
196 aa  63.9  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.353647 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3495  putative transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 
177 aa  63.5  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3573  transcriptional regulator, TetR family  29.21 
 
 
196 aa  63.2  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3377  transcriptional regulator, TetR family  29.5 
 
 
197 aa  62  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.27921  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1836  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 
207 aa  61.6  0.000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0359893  normal  0.350648 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3270  transcriptional regulator BetI  35.47 
 
 
194 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5098  transcriptional regulator BetI  35.47 
 
 
194 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4915  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 
206 aa  61.2  0.000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.259096  normal  0.574827 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5184  transcriptional regulator BetI  35.47 
 
 
194 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.14696  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4510  transcriptional regulator BetI  33.33 
 
 
194 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5035  transcriptional regulator BetI  33.33 
 
 
194 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.496722  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0555  transcriptional regulator BetI  33.14 
 
 
194 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06181  transcriptional regulator BetI  26.79 
 
 
199 aa  60.1  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5060  transcriptional regulator BetI  38.17 
 
 
195 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0255482 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1671  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 
201 aa  59.7  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.290262  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1664  transcriptional regulator, TetR family  29.15 
 
 
197 aa  58.5  0.00000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.294171  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3158  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
202 aa  58.2  0.00000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.303852  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2829  transcriptional regulator BetI  27.84 
 
 
198 aa  57.4  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1513  transcriptional regulator BetI  28.41 
 
 
198 aa  57  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0564912  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3936  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
197 aa  56.6  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0494347  normal  0.157135 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0378  TetR family transcriptional regulator  22.34 
 
 
199 aa  56.2  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.585496  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3503  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 
198 aa  56.2  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2855  transcriptional regulator, TetR family  22.34 
 
 
199 aa  56.2  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00414349  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2422  transcriptional regulator, TetR family  32.04 
 
 
197 aa  55.8  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000265027  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2175  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 
214 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.595394  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1590  transcriptional regulator BetI  37.4 
 
 
195 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2032  TetR family transcriptional regulator  26.87 
 
 
214 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.874631  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3538  transcriptional regulator BetI  32.56 
 
 
194 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5734  transcriptional regulator, TetR family  27.43 
 
 
199 aa  55.1  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.801726 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2881  transcriptional regulator, TetR family  25.95 
 
 
367 aa  55.1  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3037  transcriptional regulator BetI  25.74 
 
 
201 aa  54.7  0.0000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.116716  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1074  transcriptional regulator BetI  32.95 
 
 
195 aa  54.3  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000226822  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0772  transcriptional regulator, TetR family  42.35 
 
 
223 aa  53.9  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3731  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 
214 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0916  transcriptional regulator BetI  34.1 
 
 
202 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0327012  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0375  transcriptional regulator BetI  34.1 
 
 
202 aa  53.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00292447  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3212  TetR family transcriptional regulator  24.39 
 
 
213 aa  53.5  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.402928  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0541  transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 
192 aa  53.5  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000366  HTH-type transcriptional regulator BetI  24.42 
 
 
194 aa  53.5  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0466  transcriptional regulator BetI  34.1 
 
 
202 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0181  transcriptional regulator BetI  34.1 
 
 
195 aa  53.1  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1323  transcriptional regulator BetI  25.74 
 
 
201 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1923  transcriptional regulator BetI  34.1 
 
 
195 aa  53.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00275068  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1835  transcriptional regulator BetI  34.1 
 
 
195 aa  53.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1426  transcriptional regulator BetI  34.1 
 
 
195 aa  53.1  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.80296  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5718  putative transcriptional regulator  29.05 
 
 
215 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1313  transcriptional regulator BetI  25.74 
 
 
201 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1349  transcriptional regulator BetI  25.74 
 
 
201 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.287074  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5183  putative transcriptional regulator, TetR family  27.7 
 
 
212 aa  52.8  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0142854 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1198  transcriptional regulator BetI  24.31 
 
 
201 aa  53.1  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245724 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2809  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
206 aa  52.8  0.000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00640157  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1009  transcriptional regulator BetI  23.76 
 
 
201 aa  52.4  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2399  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
204 aa  52.4  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0482124  hitchhiker  0.0000585185 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6831  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
223 aa  52.4  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.1423  normal  0.362364 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1516  transcriptional regulator BetI  25.45 
 
 
197 aa  52  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.026336  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02851  putative transcriptional repressor for the cellular response to osmotic stress (TetR/AcrR family) protein  25.16 
 
 
186 aa  52  0.000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2774  transcriptional regulator, TetR family  31.5 
 
 
208 aa  51.6  0.000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 
260 aa  51.6  0.000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1866  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
212 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25560  transcriptional regulator  32.61 
 
 
207 aa  51.2  0.000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65900  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 
215 aa  51.2  0.000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0425501  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3227  transcriptional regulator, TetR family  34.16 
 
 
204 aa  51.6  0.000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0403  transcriptional regulator BetI  28.31 
 
 
218 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1591  TetR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
215 aa  50.8  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.194821 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2556  transcriptional regulator BetI  26.01 
 
 
195 aa  50.1  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.160785  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5896  transcriptional regulator  26.7 
 
 
199 aa  50.1  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.371414  normal  0.0197091 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0177  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 
208 aa  50.4  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.775643 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1121  transcriptional regulator BetI  23.76 
 
 
201 aa  50.4  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1921  transcriptional regulator, TetR family  27.52 
 
 
197 aa  49.7  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0409606  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3842  transcriptional regulator BetI  24.57 
 
 
197 aa  49.3  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6767  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 
177 aa  49.7  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1335  transcriptional regulator, TetR family  32.54 
 
 
194 aa  49.3  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4623  TetR family transcriptional regulator  28.06 
 
 
213 aa  49.3  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.317667  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2915  transcriptional regulator BetI  26.09 
 
 
180 aa  48.9  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0344  transcriptional regulator BetI  27.27 
 
 
195 aa  48.9  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1583  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
198 aa  48.5  0.00006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5242  transcriptional regulator BetI  25.86 
 
 
197 aa  48.1  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170653  normal  0.0512317 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3293  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 
195 aa  48.1  0.00009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3310  transcriptional regulator BetI  27.27 
 
 
195 aa  48.1  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 
201 aa  48.1  0.00009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8404  putative transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 
677 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0992  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
226 aa  47.4  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000245295 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2281  regulatory protein, TetR  30.56 
 
 
205 aa  47.8  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.45314 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2840  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 
216 aa  47.8  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.503286 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19310  hypothetical protein  27.54 
 
 
215 aa  47.4  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0818404  normal  0.200215 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1473  transcriptional regulator, TetR family  41.56 
 
 
207 aa  47.8  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.245471  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>