184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0729 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_0729  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
345 aa  695    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.321296 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1725  radical SAM domain-containing protein  63.78 
 
 
349 aa  395  1e-109  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3183  Radical SAM domain protein  59.63 
 
 
370 aa  379  1e-104  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00177318 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6097  Radical SAM domain-containing protein  61.92 
 
 
338 aa  372  1e-102  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1963  radical SAM domain-containing protein  58.39 
 
 
389 aa  370  1e-101  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.003672  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1220  radical SAM domain-containing protein  62.79 
 
 
329 aa  361  1e-98  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0539702  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1488  Radical SAM domain protein  56.94 
 
 
368 aa  344  1e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000243834 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3344  Radical SAM domain protein  53.37 
 
 
362 aa  338  5.9999999999999996e-92  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000768449  normal  0.0781434 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1485  radical SAM domain-containing protein  52.2 
 
 
373 aa  323  2e-87  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14520  DNA repair photolyase  51.38 
 
 
357 aa  319  3.9999999999999996e-86  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28900  DNA repair photolyase  55.08 
 
 
350 aa  316  4e-85  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.614391  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2004  Radical SAM domain protein  50.58 
 
 
368 aa  305  5.0000000000000004e-82  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.121365  normal  0.180359 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2599  radical SAM domain-containing protein  53.82 
 
 
338 aa  303  3.0000000000000004e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2296  radical SAM family protein  54.21 
 
 
341 aa  293  2e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2343  radical SAM domain-containing protein  54.21 
 
 
341 aa  293  2e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.513503 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2335  radical SAM domain-containing protein  54.21 
 
 
358 aa  294  2e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.799816  hitchhiker  0.00678012 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1952  Radical SAM domain protein  47.21 
 
 
344 aa  290  2e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12598  hypothetical protein  49.52 
 
 
340 aa  288  1e-76  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3795  radical SAM domain-containing protein  52.43 
 
 
339 aa  286  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.18338  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1808  Radical SAM domain protein  48.3 
 
 
345 aa  283  3.0000000000000004e-75  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0645523  normal  0.369217 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1745  Radical SAM domain protein  49.69 
 
 
342 aa  281  8.000000000000001e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1761  radical SAM domain-containing protein  46.95 
 
 
360 aa  242  7.999999999999999e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4479  DNA repair photolyase-like protein  45.85 
 
 
320 aa  239  6.999999999999999e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.123605  normal  0.831003 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2697  Hedgehog/intein hint domain protein  52.3 
 
 
715 aa  238  1e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.585756  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3251  Radical SAM domain protein  51.27 
 
 
698 aa  221  1.9999999999999999e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.226433 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0707  radical SAM domain-containing protein  39.93 
 
 
421 aa  196  6e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0399019  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0620  radical SAM family Fe-S protein  38.79 
 
 
350 aa  194  2e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0398  radical SAM domain-containing protein  39.24 
 
 
372 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1658  radical SAM domain-containing protein  35.52 
 
 
376 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4818  Radical SAM domain protein  35.66 
 
 
350 aa  186  6e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.66643  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0923  radical SAM domain-containing protein  37.22 
 
 
385 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2862  radical SAM domain-containing protein  38.41 
 
 
383 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22952  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0224  radical SAM domain-containing protein  37.22 
 
 
385 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2972  radical SAM domain-containing protein  38.41 
 
 
385 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1433  Radical SAM domain protein  41.31 
 
 
395 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.908326 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2923  radical SAM domain-containing protein  38.41 
 
 
385 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1469  radical SAM family protein  38.67 
 
 
360 aa  183  3e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.637197 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2549  radical SAM domain-containing protein  38.06 
 
 
385 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.22398  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0406  radical SAM domain-containing protein  37.72 
 
 
374 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0704  radical SAM family protein  36.39 
 
 
384 aa  181  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.503182  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1419  radical SAM domain-containing protein  39.1 
 
 
359 aa  182  1e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0708  radical SAM domain-containing protein  41.04 
 
 
362 aa  182  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1698  transporter  32.81 
 
 
325 aa  181  2e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.458061 
 
 
-
 
NC_004310  BR0387  hypothetical protein  35.71 
 
 
390 aa  180  4e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.595283  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0399  hypothetical protein  35.71 
 
 
390 aa  180  4e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0870  Radical SAM domain protein  39.26 
 
 
374 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0400323  normal  0.723126 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4362  radical SAM family protein  37.89 
 
 
387 aa  179  8e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal  0.0230577 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0289  radical SAM family protein  38.25 
 
 
352 aa  178  9e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0508  radical SAM domain-containing protein  35.06 
 
 
390 aa  179  9e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.233922  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4180  radical SAM family protein  37.29 
 
 
391 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03695  radical SAM domain protein  37.08 
 
 
356 aa  178  1e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1225  Radical SAM domain protein  37.89 
 
 
386 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.931656  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1025  radical SAM domain-containing protein  37.21 
 
 
388 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0452  radical SAM domain-containing protein  35.93 
 
 
385 aa  178  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.290609 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0587  radical SAM family protein  37.21 
 
 
392 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1066  radical SAM domain-containing protein  37.21 
 
 
392 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0517  Radical SAM domain protein  37.34 
 
 
385 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.619466 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1080  radical SAM family protein  37.5 
 
 
386 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.981176  normal  0.301506 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0942  radical SAM domain-containing protein  37.29 
 
 
392 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.672209  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1480  hypothetical protein  33.33 
 
 
356 aa  177  3e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000411506  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2237  radical SAM domain-containing protein  38.06 
 
 
392 aa  177  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5254  radical SAM domain protein  37.12 
 
 
352 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2719  Radical SAM domain protein  42.27 
 
 
343 aa  176  7e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2814  Radical SAM domain protein  42.27 
 
 
343 aa  176  7e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0946  radical SAM domain-containing protein  37.46 
 
 
392 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2123  radical SAM domain-containing protein  40.98 
 
 
362 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3222  radical SAM family protein  38.78 
 
 
387 aa  175  9.999999999999999e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0798  radical SAM domain-containing protein  40.98 
 
 
362 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.442309 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1137  Radical SAM domain protein  34.58 
 
 
357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.712968  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2600  DNA repair photolyase  39.75 
 
 
386 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.64054  normal  0.361396 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1206  radical SAM family protein  37.5 
 
 
393 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.649327 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2980  Radical SAM domain protein  36.7 
 
 
381 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0187919 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1071  Radical SAM domain protein  37.13 
 
 
360 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0561  Radical SAM domain protein  37.07 
 
 
385 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2549  radical SAM family protein  38.02 
 
 
362 aa  173  3.9999999999999995e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1060  Radical SAM domain protein  40.59 
 
 
361 aa  172  5.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2341  hypothetical protein  36.72 
 
 
377 aa  172  5.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.2896 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1003  hypothetical protein  36.7 
 
 
381 aa  172  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.850299 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0799  Radical SAM domain protein  39.3 
 
 
374 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.737474  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0547  radical SAM domain-containing protein  38.28 
 
 
362 aa  172  1e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0928  hypothetical protein  39.3 
 
 
375 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.125101 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0937  hypothetical protein  34.01 
 
 
385 aa  171  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.388526  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4466  radical SAM domain-containing protein  37.02 
 
 
353 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0767  radical SAM domain-containing protein  35.8 
 
 
386 aa  170  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.338567 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1266  radical SAM family protein  36.67 
 
 
360 aa  170  3e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.249898 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0015  Radical SAM domain protein  35.09 
 
 
363 aa  170  4e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.811476  hitchhiker  0.00130653 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2161  radical SAM domain-containing protein  37.93 
 
 
373 aa  169  5e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0231722 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4284  Radical SAM domain protein  35.74 
 
 
352 aa  169  6e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.948479 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3138  radical SAM family protein  38.64 
 
 
355 aa  169  6e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05793  radical SAM domain protein  38.02 
 
 
375 aa  169  7e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1946  radical SAM domain-containing protein  38.68 
 
 
437 aa  169  7e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041965 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0099  radical SAM domain protein  38.82 
 
 
352 aa  169  9e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0290614 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0114  radical SAM domain-containing protein  38.82 
 
 
352 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0113  radical SAM domain-containing protein  37.31 
 
 
352 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000412834 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0117  radical SAM domain-containing protein  38.43 
 
 
352 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.190485 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2545  radical SAM family protein  38.43 
 
 
417 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0556  Radical SAM domain protein  41.84 
 
 
359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1768  radical SAM domain-containing protein  40.43 
 
 
374 aa  163  3e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.938086 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3951  radical SAM domain-containing protein  36.62 
 
 
360 aa  162  6e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.934636  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2104  Radical SAM domain protein  40.43 
 
 
380 aa  162  6e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.124136  normal  0.781731 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>