31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_R0124 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_R0059  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0124  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.305911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0025  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.797494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0099  tRNA-Arg  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.313433 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0033  tRNA-Arg  98.48 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.88902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0051  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0032  tRNA-Arg  98.41 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0147918 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0108  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0099  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0090  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t032  tRNA-Arg  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t078  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0053  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0055  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.782572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0084  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0054  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0024  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.002495  normal  0.173254 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0038  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6039  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.406085  normal  0.551037 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0021  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00687785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0030  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000202832  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0047  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.67913  normal  0.0842935 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0024  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0064  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0035  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0016  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>