77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4386 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0103  sodium/glutamate symporter  90.17 
 
 		 407 aa  746    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.406513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4386  sodium/glutamate symporter  100 
 
 		 407 aa  810    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492063 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0118  sodium/glutamate symporter  82.27 
 
 		 407 aa  684    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3251  sodium/glutamate symporter  82.06 
 
 		 407 aa  696    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2781  sodium/glutamate symporter  78.57 
 
 		 407 aa  646    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.689609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2705  sodium/glutamate symporter  78.57 
 
 		 407 aa  646    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2389  sodium/glutamate symporter  80.79 
 
 		 407 aa  675    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.657227  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4777  sodium/glutamate symporter  87.96 
 
 		 407 aa  717    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000131093 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2684  sodium/glutamate symporter  78.57 
 
 		 407 aa  646    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4778  sodium/glutamate symporter  89.43 
 
 		 407 aa  723    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000014689 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2923  sodium/glutamate symporter  78.82 
 
 		 407 aa  667    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1682  sodium/glutamate symporter  78.57 
 
 		 407 aa  646    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00781316  normal  0.0287357 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1541  sodium/glutamate symporter  78.33 
 
 		 407 aa  631  1e-180  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.097367 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1547  sodium/glutamate symporter  77.83 
 
 		 407 aa  628  1e-179  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0830864 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1482  sodium/glutamate symporter  77.83 
 
 		 407 aa  628  1e-179  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.485218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0674  sodium/glutamate symport carrier protein (glutamate permease)  70.76 
 
 		 407 aa  601  1.0000000000000001e-171  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00660523  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0673  sodium/glutamate symport carrier protein (glutamate permease)  71.74 
 
 		 407 aa  603  1.0000000000000001e-171  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.141822  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07004  hypothetical protein  70.27 
 
 		 417 aa  578  1e-164  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000964  sodium/glutamate symporter  69.04 
 
 		 408 aa  576  1.0000000000000001e-163  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.187707  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07017  hypothetical protein  70.32 
 
 		 420 aa  574  1.0000000000000001e-162  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0092  sodium/glutamate symporter  66.67 
 
 		 408 aa  537  1e-151  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000111115  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000968  sodium/glutamate symporter  69.81 
 
 		 361 aa  504  9.999999999999999e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2697  sodium/glutamate symporter  51 
 
 		 407 aa  384  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0197  sodium/glutamate symporter (glutamate permease)  45.99 
 
 		 402 aa  339  5.9999999999999996e-92  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000567531  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0534  sodium/glutamate symporter  46.25 
 
 		 404 aa  334  2e-90  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2080  sodium/glutamate symporter  44.36 
 
 		 424 aa  324  2e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2020  sodium/glutamate symporter  46.93 
 
 		 412 aa  324  2e-87  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.733127  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0319  sodium/glutamate symporter  44.61 
 
 		 424 aa  318  2e-85  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.321863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4181  sodium/glutamate symporter  48.33 
 
 		 404 aa  317  3e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0040  sodium/glutamate symport carrier protein  48.07 
 
 		 404 aa  316  5e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0036  sodium/glutamate symporter  48.07 
 
 		 404 aa  316  5e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5033  sodium/glutamate symporter  44.17 
 
 		 409 aa  315  9e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4228  sodium/glutamate symporter  50.53 
 
 		 401 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0724268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1375  sodium/glutamate symporter  42.4 
 
 		 428 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0996  sodium/glutamate symporter  49.47 
 
 		 401 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3988  sodium/glutamate symporter  49.87 
 
 		 401 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5026  sodium/glutamate symporter  49.6 
 
 		 401 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4157  sodium/glutamate symporter  49.6 
 
 		 401 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3864  sodium/glutamate symporter  49.6 
 
 		 401 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03511  glutamate transporter  49.6 
 
 		 401 aa  302  6.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.891245  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4104  sodium/glutamate symporter  49.6 
 
 		 401 aa  302  6.000000000000001e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03463  hypothetical protein  49.6 
 
 		 401 aa  302  6.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0058  sodium/glutamate symporter  49.6 
 
 		 401 aa  302  6.000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00332333 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0052  sodium/glutamate symporter  49.6 
 
 		 401 aa  302  6.000000000000001e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1033  sodium/glutamate symporter  49.47 
 
 		 401 aa  299  5e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.777832 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4872  sodium/glutamate symporter  49.33 
 
 		 403 aa  297  2e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.854487  normal  0.0119787 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0995  sodium/glutamate symporter  48.38 
 
 		 401 aa  296  5e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3953  sodium/glutamate symporter  49.24 
 
 		 401 aa  296  5e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0524542 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4132  sodium/glutamate symporter  49.24 
 
 		 401 aa  296  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0214352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4026  sodium/glutamate symporter  49.24 
 
 		 401 aa  296  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2284  sodium/glutamate symporter  45.14 
 
 		 404 aa  295  7e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0465087  normal  0.066844 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1590  sodium/glutamate symporter  45.14 
 
 		 404 aa  295  7e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3963  sodium/glutamate symporter  48.98 
 
 		 401 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4072  sodium/glutamate symporter  48.98 
 
 		 401 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4718  sodium/glutamate symporter  41.67 
 
 		 401 aa  293  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.193762  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0916  sodium/glutamate symport carrier protein  47.57 
 
 		 402 aa  287  2.9999999999999996e-76  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.920005  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2643  sodium/glutamate symporter  40.67 
 
 		 402 aa  266  4e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1028  sodium/glutamate symporter  37.6 
 
 		 400 aa  265  1e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.697633  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1935  sodium:glutamate symporter  36.82 
 
 		 402 aa  257  3e-67  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0496  sodium/glutamate symporter  38.05 
 
 		 392 aa  255  1.0000000000000001e-66  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2948  sodium/glutamate symporter  35.92 
 
 		 409 aa  246  8e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0361  transporter, putative  32.75 
 
 		 457 aa  243  3.9999999999999997e-63  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000537763  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2369  sodium/glutamate symporter  36.39 
 
 		 402 aa  234  2.0000000000000002e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.77466  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2415  sodium/glutamate symporter  36.39 
 
 		 402 aa  234  2.0000000000000002e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1355  sodium-glutamate symporter  36.12 
 
 		 409 aa  231  1e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1451  sodium/glutamate symporter  34.94 
 
 		 414 aa  229  8e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2504  sodium/glutamate symporter  34.72 
 
 		 398 aa  222  9e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0831  sodium/glutamate symporter  37.1 
 
 		 402 aa  220  3e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.840711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4810  sodium/glutamate symporter  38.15 
 
 		 399 aa  219  7e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4118  hypothetical protein  33.83 
 
 		 401 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.601595  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0244  sodium/glutamate symporter  32.59 
 
 		 392 aa  214  2.9999999999999995e-54  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1050  sodium/glutamate symporter  36.2 
 
 		 398 aa  212  1e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0733546 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1261  sodium/glutamate symporter  34.75 
 
 		 402 aa  202  8e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17221  hypothetical protein  33.91 
 
 		 414 aa  202  9e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3454  sodium/glutamate symporter  33.83 
 
 		 401 aa  201  1.9999999999999998e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.890755  normal  0.830149 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1953  sodium/glutamate symporter  34.69 
 
 		 404 aa  179  9e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00992782  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23160  sodium/glutamate symporter  34.69 
 
 		 404 aa  159  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000099413 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>