104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4351 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_4351  general secretion pathway protein K  100 
 
 
332 aa  687    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.847648 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3612  general secretion pathway protein K  79.82 
 
 
332 aa  569  1e-161  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0173  general secretion pathway protein K  77.71 
 
 
332 aa  558  1e-158  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4199  general secretion pathway protein K  79.69 
 
 
332 aa  557  1e-158  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0160  general secretion pathway protein K  79.69 
 
 
332 aa  558  1e-158  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0623809 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0160  General secretion pathway protein K  79.69 
 
 
332 aa  557  1e-158  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0163  general secretion pathway protein K  77.71 
 
 
332 aa  556  1e-157  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0158  general secretion pathway protein K  77.71 
 
 
332 aa  556  1e-157  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.601674  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0158  general secretion pathway protein K  77.71 
 
 
332 aa  556  1e-157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0156  general secretion pathway protein K  79.08 
 
 
332 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4727  general secretion pathway protein K  79.52 
 
 
333 aa  537  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0151  general secretion pathway protein K  77.44 
 
 
326 aa  536  1e-151  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3560  general secretion pathway protein K  76.9 
 
 
334 aa  512  1e-144  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0128  general secretion pathway protein K  71.47 
 
 
362 aa  508  1e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0112  general secretion pathway protein K  70.46 
 
 
328 aa  503  1e-141  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0176  general secretion pathway protein K  70.15 
 
 
324 aa  498  1e-140  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.385  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03963  putative general secretion pathway protein  35.95 
 
 
358 aa  228  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0238  general secretion pathway protein K  36.7 
 
 
334 aa  224  1e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4584  general secretion pathway protein K  34.36 
 
 
371 aa  215  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0104  general secretion pathway protein K  35.98 
 
 
327 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001885  general secretion pathway protein K  35.89 
 
 
336 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00608  general secretion pathway protein K  34.74 
 
 
336 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1419  General secretion pathway protein K  37.2 
 
 
328 aa  194  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2853  General secretion pathway protein K  38.23 
 
 
328 aa  192  5e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1306  General secretion pathway protein K  32.77 
 
 
356 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1477  General secretion pathway protein K  32.37 
 
 
345 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.908273  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2299  general secretion pathway protein K  35.78 
 
 
336 aa  183  3e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0388  general secretion pathway protein K  30.46 
 
 
333 aa  179  4.999999999999999e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.6574 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02831  hypothetical type II secretion protein GspK  33.23 
 
 
311 aa  175  7e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000902301  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3131  general secretion pathway protein K  34.32 
 
 
325 aa  171  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3420  general secretion pathway protein K  34.32 
 
 
325 aa  171  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3240  general secretion pathway protein GspK  34.32 
 
 
325 aa  169  5e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.656676  normal  0.626096 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2917  general secretion pathway protein K  33.94 
 
 
339 aa  169  5e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02781  hypothetical protein  33.99 
 
 
325 aa  169  8e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000553793  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0010  general secretion pathway protein K  32.67 
 
 
325 aa  160  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.199585 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0381  General secretion pathway protein K  30.92 
 
 
327 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3526  general secretion pathway protein K  30.92 
 
 
327 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0381  general secretion pathway protein K  30.92 
 
 
327 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.61941 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03183  general secretory pathway component, cryptic  30.52 
 
 
327 aa  125  8.000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03134  hypothetical protein  30.52 
 
 
327 aa  125  8.000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2036  general secretion pathway protein K  33.74 
 
 
333 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24070  general secretion pathway protein K  33.84 
 
 
333 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.211212  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1386  general secretion pathway protein K  30.16 
 
 
328 aa  119  4.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.729175  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3573  general secretion pathway protein K  30.15 
 
 
354 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.672104 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0322  general secretion pathway protein K  33.22 
 
 
334 aa  117  3e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2919  general secretion pathway protein K  34.25 
 
 
324 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1355  general secretion pathway protein K  27.46 
 
 
332 aa  113  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0257  general secretion pathway protein K  28.13 
 
 
320 aa  107  3e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.632312  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1409  general secretion pathway protein K  26.79 
 
 
292 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.0046886  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1894  general secretion pathway protein K  29.1 
 
 
304 aa  87.8  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2386  general secretion pathway protein K  29.82 
 
 
272 aa  85.1  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000100427 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3944  General secretion pathway protein K  27.82 
 
 
431 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.357264 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4493  putative general secretory pathway protein K  26.2 
 
 
577 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.171775  normal  0.158557 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0055  general secretion pathway protein K  26.52 
 
 
374 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2777  general secretory pathway protein K  26.99 
 
 
372 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4244  general secretion pathway protein K  28.15 
 
 
318 aa  78.2  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.903399  normal  0.0684356 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0228  general secretion pathway protein K  27.61 
 
 
416 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.407929  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3510  general secretory pathway protein K  27.61 
 
 
416 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1882  general secretory pathway protein K  27.61 
 
 
416 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.291578  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0016  general secretion pathway protein K  27.61 
 
 
416 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0016  general secretion pathway protein K  27.61 
 
 
416 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.252749  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2670  general secretory pathway protein K  27.61 
 
 
416 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0612709  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0235  General secretion pathway protein K  27.7 
 
 
265 aa  77  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0148  General secretion pathway protein K  27.85 
 
 
315 aa  75.5  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1527  general secretion pathway protein K  27.04 
 
 
357 aa  75.1  0.000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.153485  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0016  general secretion pathway protein K  25 
 
 
369 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00504309  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0054  general secretion pathway protein K  25 
 
 
369 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.117159  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0015  general secretion pathway protein K  27.32 
 
 
417 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0044  general secretion pathway protein K  25.5 
 
 
373 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0073  general secretion pathway protein K  25.29 
 
 
369 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662453  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1042  general secretion pathway protein K  26.25 
 
 
321 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.535482  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0054  general secretion pathway protein K  25.5 
 
 
373 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.350854  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1039  general secretion pathway protein K  26.09 
 
 
321 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1083  general secretion pathway protein K  25.94 
 
 
321 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4184  general secretion pathway protein K  23.56 
 
 
321 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1309  type II secretory pathway protein  25.61 
 
 
322 aa  68.9  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55480  putative type II secretion system protein  25.31 
 
 
321 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.055058 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3236  general secretion pathway protein K  24.93 
 
 
375 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265565  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3395  General secretion pathway protein K  24.78 
 
 
362 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1312  type II secretory pathway protein  25.61 
 
 
322 aa  67.8  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0862  general secretory pathway protein K  39.76 
 
 
281 aa  66.6  0.0000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00384723  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1274  General secretion pathway protein K  25.46 
 
 
309 aa  66.2  0.0000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3048  General secretion pathway protein K  24.63 
 
 
362 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.369942  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3225  general secretion pathway protein K  24.54 
 
 
337 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0775  general secretion pathway protein K  39.76 
 
 
281 aa  63.9  0.000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.148294  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3078  general secretion pathway protein K  25 
 
 
367 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521903  hitchhiker  0.00000111178 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02682  general secretion pathway protein K  39.08 
 
 
283 aa  61.6  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0322  general secretion pathway protein K  27.41 
 
 
306 aa  59.7  0.00000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0552  General secretion pathway protein K  28.77 
 
 
287 aa  59.7  0.00000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0965369 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3388  general secretion pathway protein K  24.85 
 
 
336 aa  58.5  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2389  general secretion pathway protein K  28.38 
 
 
286 aa  57.8  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0757  general secretion pathway protein K  26.07 
 
 
294 aa  55.1  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.408442  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0676  general secretion pathway protein K  21.9 
 
 
301 aa  55.1  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4828  putative type II secretion system protein  23.77 
 
 
321 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0588  General secretion pathway protein K  23.33 
 
 
313 aa  52  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3371  general secretion pathway protein K  24.4 
 
 
299 aa  50.8  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.394857 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1036  Type II secretory pathway component PulK-like protein  24.15 
 
 
361 aa  49.7  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.588602  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3263  general secretion pathway protein K  20.97 
 
 
318 aa  48.9  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000006292  hitchhiker  0.00000000000000735036 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1120  general secretion pathway protein K  28.8 
 
 
312 aa  48.5  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3178  general secretion pathway protein K  25.53 
 
 
317 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.48271  normal  0.0234949 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>