More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4327 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_4327  50S ribosomal protein L1  100 
 
 
233 aa  461  1e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000769687  hitchhiker  0.00000000219942 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0148  ribosomal protein L1  93.48 
 
 
233 aa  431  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000518131  normal  0.0355944 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4700  50S ribosomal protein L1  96.55 
 
 
233 aa  419  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000139189  hitchhiker  0.00000553638 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0174  50S ribosomal protein L1  93.99 
 
 
233 aa  394  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000705855  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00228  50S ribosomal protein L1  84.78 
 
 
233 aa  396  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002170  LSU ribosomal protein L1p (L10Ae)  84.78 
 
 
233 aa  396  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000179792  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2869  50S ribosomal protein L1  84.35 
 
 
234 aa  392  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000234009  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0186  50S ribosomal protein L1  88.7 
 
 
233 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000837635  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3769  50S ribosomal protein L1  89.22 
 
 
233 aa  388  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000012914  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0190  50S ribosomal protein L1  88.7 
 
 
233 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000340035  hitchhiker  0.000583899 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0160  50S ribosomal protein L1  88.36 
 
 
233 aa  388  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000041056  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4066  50S ribosomal protein L1  88.7 
 
 
233 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000212774  normal  0.011135 
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4472  50S ribosomal protein L1  88.7 
 
 
233 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4772  50S ribosomal protein L1  82.33 
 
 
232 aa  385  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0687152  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3734  ribosomal protein L1  87.5 
 
 
234 aa  385  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0189  50S ribosomal protein L1  88.36 
 
 
233 aa  386  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000305059  hitchhiker  0.00355335 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0184  50S ribosomal protein L1  88.36 
 
 
233 aa  386  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000067503  normal  0.0112469 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0189  50S ribosomal protein L1  88.36 
 
 
233 aa  386  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324353  hitchhiker  0.00207422 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0221  50S ribosomal protein L1  87.93 
 
 
233 aa  383  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00693  ribosomal protein L1  80.79 
 
 
282 aa  381  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000527661  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0138  50S ribosomal protein L1  85.84 
 
 
233 aa  383  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000376196  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0203  50S ribosomal protein L1  87.39 
 
 
233 aa  381  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000988854  hitchhiker  0.00010102 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4482  50S ribosomal protein L1  85.59 
 
 
234 aa  378  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0567176  decreased coverage  0.0000000000000063048 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3888  ribosomal protein L1  86.96 
 
 
234 aa  379  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0890971  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4392  50S ribosomal protein L1  85.59 
 
 
234 aa  378  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000168999  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4479  50S ribosomal protein L1  85.59 
 
 
234 aa  378  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0614276  hitchhiker  0.00155442 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4556  50S ribosomal protein L1  85.59 
 
 
234 aa  378  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.103924  decreased coverage  0.00000000000032652 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0595  50S ribosomal protein L1  79.91 
 
 
233 aa  379  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00100936  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4360  50S ribosomal protein L1  85.59 
 
 
234 aa  378  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0197515  normal  0.388445 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03860  50S ribosomal protein L1  86.46 
 
 
234 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000865195  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4432  50S ribosomal protein L1  86.46 
 
 
234 aa  375  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000639921  hitchhiker  0.0000029085 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3863  50S ribosomal protein L1  85.15 
 
 
234 aa  376  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000298725  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2807  50S ribosomal protein L1  85.15 
 
 
234 aa  376  1e-103  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000532362  normal  0.121475 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5449  50S ribosomal protein L1  86.46 
 
 
234 aa  375  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000118396  hitchhiker  0.00123384 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2727  50S ribosomal protein L1  87.77 
 
 
233 aa  375  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000405483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4524  50S ribosomal protein L1  86.46 
 
 
234 aa  375  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000100001  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03813  hypothetical protein  86.46 
 
 
234 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000121828  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0336  50S ribosomal protein L1  85.15 
 
 
234 aa  376  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00681469  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0170  50S ribosomal protein L1  78.17 
 
 
229 aa  374  1e-103  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000255215  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4041  50S ribosomal protein L1  86.46 
 
 
234 aa  375  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000597884  hitchhiker  0.000939338 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4472  50S ribosomal protein L1  86.46 
 
 
234 aa  375  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000362466  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4217  50S ribosomal protein L1  86.46 
 
 
234 aa  375  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  6.26604e-21  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4011  ribosomal protein L1  86.03 
 
 
234 aa  373  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000271875  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0274  50S ribosomal protein L1  84.72 
 
 
234 aa  373  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655427  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0202  50S ribosomal protein L1  84.48 
 
 
234 aa  371  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0394822  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0207  50S ribosomal protein L1  83.91 
 
 
234 aa  369  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000293924  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0194  50S ribosomal protein L1  82.53 
 
 
234 aa  359  2e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000443465  normal  0.240176 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3449  ribosomal protein L1  78.17 
 
 
234 aa  357  9.999999999999999e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000354008  hitchhiker  0.00724733 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0709  50S ribosomal protein L1  73.91 
 
 
232 aa  341  5.999999999999999e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.146158  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4286  50S ribosomal protein L1  70.82 
 
 
233 aa  341  5.999999999999999e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000185505  hitchhiker  0.000000513776 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2179  ribosomal protein L1  72.49 
 
 
231 aa  338  5.9999999999999996e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.965533 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1063  50S ribosomal protein L1  75.11 
 
 
231 aa  335  1.9999999999999998e-91  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0602308  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5089  50S ribosomal protein L1  72.61 
 
 
231 aa  331  5e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000142036  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2334  50S ribosomal protein L1  75.55 
 
 
231 aa  330  2e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.505693  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0474  50S ribosomal protein L1  71.74 
 
 
231 aa  329  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0821941  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0616  ribosomal protein L1  71.3 
 
 
231 aa  328  4e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.710053  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4558  50S ribosomal protein L1  71.3 
 
 
231 aa  328  4e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.759483  normal  0.0544864 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4759  50S ribosomal protein L1  72.17 
 
 
231 aa  327  9e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00425214  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0444  50S ribosomal protein L1  71.3 
 
 
231 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.833491  unclonable  0.000000290351 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0477  50S ribosomal protein L1  71.3 
 
 
231 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000803824  normal  0.0129211 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08730  50S ribosomal protein L1  70.87 
 
 
231 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000385028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0827  50S ribosomal protein L1  70.87 
 
 
231 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0116287  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2970  50S ribosomal protein L1  69 
 
 
231 aa  318  3.9999999999999996e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.48267 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3919  50S ribosomal protein L1  70.87 
 
 
231 aa  318  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3317  50S ribosomal protein L1  69 
 
 
231 aa  318  3.9999999999999996e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809364  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0285  ribosomal protein L1  70.31 
 
 
231 aa  316  2e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000742644  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3037  50S ribosomal protein L1  67.69 
 
 
231 aa  315  4e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0489009 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0265  50S ribosomal protein L1  66.81 
 
 
232 aa  313  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.516489  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0256  50S ribosomal protein L1  66.81 
 
 
232 aa  313  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0257763  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0411  50S ribosomal protein L1  69.6 
 
 
230 aa  313  1.9999999999999998e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.11869  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0324  50S ribosomal protein L1  64.04 
 
 
232 aa  312  2.9999999999999996e-84  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0128196  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0238  50S ribosomal protein L1  66.38 
 
 
232 aa  311  3.9999999999999997e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.629603  normal  0.0137855 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1865  50S ribosomal protein L1  64.04 
 
 
232 aa  311  4.999999999999999e-84  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000283442  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2851  50S ribosomal protein L1  67.25 
 
 
232 aa  311  4.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.441128  normal  0.418553 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2334  ribosomal protein L1  68.56 
 
 
231 aa  311  5.999999999999999e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000592022  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0868  ribosomal protein L1  64.63 
 
 
231 aa  311  7.999999999999999e-84  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0395  50S ribosomal protein L1P  64.63 
 
 
231 aa  310  1e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.780238  hitchhiker  0.00704539 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3436  50S ribosomal protein L1  65.94 
 
 
232 aa  310  1e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14587  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0303  50S ribosomal protein L1  66.38 
 
 
232 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13038  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3655  50S ribosomal protein L1  65.94 
 
 
232 aa  308  5e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0381514  hitchhiker  0.000000879291 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2644  50S ribosomal protein L1  65.5 
 
 
232 aa  307  6.999999999999999e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0687921  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06130  50S ribosomal protein L1  70 
 
 
231 aa  307  6.999999999999999e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3789  50S ribosomal protein L1  65.5 
 
 
232 aa  307  6.999999999999999e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.042669  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1911  50S ribosomal protein L1  65.5 
 
 
232 aa  307  6.999999999999999e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299291  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3181  50S ribosomal protein L1  65.5 
 
 
232 aa  307  6.999999999999999e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000145836  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3466  50S ribosomal protein L1  65.5 
 
 
232 aa  307  6.999999999999999e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0147067  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3079  50S ribosomal protein L1  65.5 
 
 
232 aa  307  6.999999999999999e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.22613  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3819  50S ribosomal protein L1  65.5 
 
 
232 aa  307  6.999999999999999e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3870  ribosomal protein L1  66.81 
 
 
237 aa  308  6.999999999999999e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3757  50S ribosomal protein L1  65.5 
 
 
232 aa  307  6.999999999999999e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0092623  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0316  50S ribosomal protein L1  65.07 
 
 
232 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00176824  normal  0.225661 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2770  50S ribosomal protein L1  65.07 
 
 
232 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0337  50S ribosomal protein L1  65.07 
 
 
232 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29393  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0448  50S ribosomal protein L1P  69.13 
 
 
231 aa  305  5.0000000000000004e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0499  50S ribosomal protein L1  59.83 
 
 
234 aa  304  1.0000000000000001e-81  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0921  50S ribosomal protein L1  73.36 
 
 
231 aa  300  9e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000251506  hitchhiker  0.00000172539 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0269  50S ribosomal protein L1  68.56 
 
 
230 aa  296  3e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0927887  hitchhiker  0.00154879 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3348  50S ribosomal protein L1  65.95 
 
 
232 aa  294  6e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.728506  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0043  50S ribosomal protein L1  64.22 
 
 
233 aa  293  1e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000236116  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4445  50S ribosomal protein L1  66.38 
 
 
231 aa  293  2e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.369013  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>