88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4268 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4268  pilus assembly protein, PilO  100 
 
 		 206 aa  418  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.449559 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0337  pilus assembly protein PilO  84.8 
 
 		 205 aa  365  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0210  pilus assembly protein, PilO  79.02 
 
 		 207 aa  333  1e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0216288  hitchhiker  0.0081665 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0258  pilus assembly protein, PilO  75.24 
 
 		 206 aa  329  2e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0235  pilus assembly protein PilO  75.37 
 
 		 206 aa  323  9e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.613869  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4087  pilus assembly protein PilO  72.82 
 
 		 207 aa  320  9.000000000000001e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4205  pilus assembly protein PilO  72.82 
 
 		 207 aa  320  9.000000000000001e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4006  Pilus assembly protein PilO  72.55 
 
 		 208 aa  318  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0372  pilus assembly protein, PilO  71.57 
 
 		 205 aa  315  2e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.116717  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4116  pilus assembly protein PilO  72.82 
 
 		 207 aa  316  2e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.106455  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3701  pilus assembly protein, PilO  71.84 
 
 		 208 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.318823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3897  pilus assembly protein, PilO  71.5 
 
 		 208 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000635484  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0244  pilus assembly protein, PilO  71.84 
 
 		 208 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.966911 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0283  type IV pilus biogenesis protein PilO  70.87 
 
 		 206 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3709  pilus assembly protein, PilO  71.98 
 
 		 208 aa  311  2.9999999999999996e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00761204  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3371  type IV pilus biogenesis protein PilO  72.95 
 
 		 210 aa  311  4.999999999999999e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0132147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00513  type IV pilus biogenesis protein PilO  45.45 
 
 		 203 aa  182  3e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0407  pilus assembly protein, PilO  45.74 
 
 		 207 aa  175  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0292492  normal  0.350599 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0469  type IV pilus biogenesis protein PilO  42.71 
 
 		 198 aa  172  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.429204  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0669  pilus assembly protein, PilO  43.01 
 
 		 203 aa  168  6e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.823764  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5130  type IV pilus biogenesis protein PilO  44.15 
 
 		 207 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.818389  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0405  pilus assembly protein, PilO  43.09 
 
 		 207 aa  160  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.909088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5779  type 4 fimbrial biogenesis protein PilO  42.02 
 
 		 207 aa  157  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66640  type 4 fimbrial biogenesis protein PilO  41.18 
 
 		 207 aa  154  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.362732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0544  pilus assembly protein, PilO  40.96 
 
 		 206 aa  152  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0828  pilus assembly protein, PilO  40.96 
 
 		 203 aa  153  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45280  Pilus assembly protein  42.7 
 
 		 206 aa  145  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0160  type IV pilus biogenesis protein PilO  37.43 
 
 		 190 aa  143  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.546604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3026  Pilus assembly protein PilO  40.21 
 
 		 195 aa  142  3e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0249  pilus assembly protein, PilO  40.53 
 
 		 202 aa  142  3e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02353  fimbrial assembly membrane protein  38.34 
 
 		 221 aa  142  4e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.658699  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0277  Pilus assembly protein PilO  40.84 
 
 		 193 aa  141  5e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.747419 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3238  Pilus assembly protein PilO  36.06 
 
 		 218 aa  140  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.674567  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0991  Tfp pilus assembly protein PilO  39.06 
 
 		 199 aa  138  4.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0960  Tfp pilus assembly protein PilO  39.06 
 
 		 199 aa  137  1e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1858  fimbrial assembly membrane protein  38.34 
 
 		 222 aa  135  4e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0178525  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2689  hypothetical protein  41.62 
 
 		 204 aa  135  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000030695  hitchhiker  0.00743225 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1787  pilus assembly protein PilO  37.82 
 
 		 222 aa  134  9.999999999999999e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.521607  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2459  pilus assembly protein, PilO  39.42 
 
 		 211 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2757  pilus assembly protein, PilO  35.57 
 
 		 194 aa  132  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3405  pilus assembly protein PilO  33.8 
 
 		 238 aa  132  3.9999999999999996e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.152027 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0610  pilus assembly protein, PilO  34 
 
 		 216 aa  130  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.12175  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2921  pilus assembly protein, PilO  34.34 
 
 		 223 aa  124  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0327  type 4 fimbrial biogenesis protein PilO  34.63 
 
 		 212 aa  121  7e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1142  Pilus assembly protein PilO  32.62 
 
 		 227 aa  116  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0783  pilus assembly protein, PilO  32.84 
 
 		 224 aa  116  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0497346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0204  type IV pilus assembly membrane transmembrane protein  33.5 
 
 		 205 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.273451 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0674  pilus assembly protein, PilO  32.97 
 
 		 224 aa  115  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.214156 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1939  Pilus assembly protein PilO  33.5 
 
 		 204 aa  115  3.9999999999999997e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0836  Pilus assembly protein PilO  35.52 
 
 		 224 aa  115  6e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3111  fimbrial assembly protein  32.65 
 
 		 240 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.125549 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1881  type IV pilus biogenesis  29.84 
 
 		 242 aa  112  5e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00049939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0732  pilus assembly protein, PilO  30.69 
 
 		 224 aa  111  8.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2171  pilus assembly protein, PilO  29.84 
 
 		 243 aa  110  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21566  normal  0.257999 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0212  pilus assembly protein, PilO  33.7 
 
 		 227 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0701  Pilus assembly protein PilO  30.69 
 
 		 224 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0020  pilus assembly protein, PilO  31.73 
 
 		 223 aa  108  7.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0885  Pilus assembly protein PilO  27.78 
 
 		 217 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0737  fimbrial assembly protein PilO, putative  27.78 
 
 		 217 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0931975  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3133  pilus assembly protein, PilO  28.96 
 
 		 222 aa  106  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5579  pilus assembly protein PilO  31.37 
 
 		 225 aa  106  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.697556 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0998  pilus assembly protein, PilO  32.61 
 
 		 226 aa  106  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2904  Pilus assembly protein PilO  27.57 
 
 		 219 aa  94.7  9e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.048804 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3251  Pilus assembly protein PilO  27.57 
 
 		 219 aa  94  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2973  fimbrial type-4 assembly membrane transmembrane protein  25.13 
 
 		 221 aa  90.1  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2718  fimbrial assembly protein PilO  25.81 
 
 		 193 aa  88.6  7e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3270  pilus assembly protein PilO  28.26 
 
 		 223 aa  88.2  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002324  type IV pilus biogenesis protein PilO  24.73 
 
 		 197 aa  85.9  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.10237  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0994  pilus assembly protein, PilO  28.99 
 
 		 201 aa  83.6  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.163062  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2209  putative fimbrial assembly protein PilO  24.35 
 
 		 199 aa  84  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00186051  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00031  fimbrial assembly protein PilO  24.26 
 
 		 197 aa  82.4  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0973  pilus assembly protein, PilO  29.85 
 
 		 198 aa  72  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.572943 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0643  type IV pilus biogenesis protein PilO  25.65 
 
 		 209 aa  70.5  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0331  pilus assembly protein PilO  28.49 
 
 		 211 aa  71.2  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0217389  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0688  type IV pilus biogenesis protein PilO  31.65 
 
 		 209 aa  70.1  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.507617  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2030  type IV pilus biogenesis protein PilO  29.63 
 
 		 198 aa  69.7  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.72092  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1548  Pilus assembly protein PilO  24.32 
 
 		 199 aa  68.9  0.00000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1642  Pilus assembly protein PilO  27.22 
 
 		 201 aa  68.2  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0677  Pilus assembly protein PilO  25.13 
 
 		 209 aa  66.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0677  type IV pilus biogenesis protein PilO  25.13 
 
 		 209 aa  67  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1812  pilus assembly protein, PilO  28.8 
 
 		 199 aa  65.9  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2667  Pilus assembly protein PilO  23.78 
 
 		 198 aa  65.1  0.0000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000121155 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2136  pilus assembly protein, PilO-like  29.33 
 
 		 203 aa  63.2  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000460184  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0539  pilus assembly protein, PilO  25.41 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.577988 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1516  hypothetical protein  24.37 
 
 		 226 aa  48.9  0.00005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3251  hypothetical protein  24.78 
 
 		 177 aa  47  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17840  hypothetical protein  24.3 
 
 		 264 aa  42.4  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.147294  normal  0.393457 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1471  hypothetical protein  25.58 
 
 		 207 aa  42  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.229275  normal  0.300377 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>