47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4229 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_4229  membrane protein  100 
 
 
122 aa  238  2e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00139344 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0612  hypothetical protein  57.38 
 
 
157 aa  142  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0997  membrane protein  50.42 
 
 
160 aa  125  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000840756 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1487  membrane protein  50 
 
 
154 aa  120  5e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0187632  normal  0.771224 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1365  hypothetical protein  36.27 
 
 
138 aa  88.2  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4545  hypothetical protein  39.52 
 
 
152 aa  87.8  5e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1353  hypothetical protein  37.72 
 
 
137 aa  85.9  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4185  hypothetical protein  44.35 
 
 
156 aa  82  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.279428 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4723  hypothetical protein  39.67 
 
 
155 aa  81.3  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2707  hypothetical protein  37.1 
 
 
152 aa  80.5  0.000000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2327  hypothetical protein  38.14 
 
 
157 aa  80.1  0.000000000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4921  hypothetical protein  41.94 
 
 
165 aa  77.8  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.50723 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1398  hypothetical protein  37.93 
 
 
151 aa  77  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1432  hypothetical protein  37.93 
 
 
151 aa  77  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000937611  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2315  hypothetical protein  35.9 
 
 
149 aa  72  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0611704  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1719  hypothetical protein  36.27 
 
 
146 aa  71.6  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0405538  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0996  hypothetical protein  38.75 
 
 
164 aa  65.1  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.686278  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0690  hypothetical protein  32.77 
 
 
175 aa  65.1  0.0000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18211  hypothetical protein  34.95 
 
 
151 aa  63.5  0.0000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.126115 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1541  hypothetical protein  31.9 
 
 
153 aa  60.8  0.000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.226032  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1232  hypothetical protein  30.28 
 
 
155 aa  60.8  0.000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0711064  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3318  hypothetical protein  44.05 
 
 
158 aa  60.1  0.000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0901  hypothetical protein  30.08 
 
 
170 aa  59.7  0.00000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2971  hypothetical protein  40 
 
 
150 aa  58.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2922  hypothetical protein  34.21 
 
 
146 aa  58.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.389384 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3389  hypothetical protein  32.79 
 
 
163 aa  58.2  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.38579  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1751  hypothetical protein  41.25 
 
 
185 aa  57.4  0.00000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.134378  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1160  hypothetical protein  33.91 
 
 
156 aa  52.8  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.541838  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7799  hypothetical protein  39.24 
 
 
162 aa  52.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.446366  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2369  hypothetical protein  33.61 
 
 
156 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.570455  normal  0.0115566 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2306  hypothetical protein  32.23 
 
 
166 aa  49.7  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.470065  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1310  hypothetical protein  27.05 
 
 
163 aa  46.2  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3315  hypothetical protein  33.61 
 
 
156 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.280631 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1431  hypothetical protein  32.69 
 
 
156 aa  44.7  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3418  hypothetical protein  31.07 
 
 
124 aa  45.1  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6886  hypothetical protein  31.4 
 
 
188 aa  44.3  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5495  hypothetical protein  31.4 
 
 
188 aa  43.5  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.298573 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1411  hypothetical protein  32.5 
 
 
145 aa  43.5  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3686  hypothetical protein  38.75 
 
 
186 aa  42.7  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0141  hypothetical protein  42.17 
 
 
187 aa  42.4  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0414  hypothetical protein  31.11 
 
 
161 aa  42.4  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.697482  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0616  hypothetical protein  29.51 
 
 
165 aa  42.7  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.424695 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1995  hypothetical protein  24.1 
 
 
148 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5911  hypothetical protein  34.02 
 
 
163 aa  42  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1345  hypothetical protein  25.81 
 
 
155 aa  40.8  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.77021 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4460  hypothetical protein  27.73 
 
 
163 aa  40.8  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1644  hypothetical protein  25.81 
 
 
155 aa  40.8  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>