112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4205 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_4205  hypothetical protein  100 
 
 
188 aa  365  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0392  hypothetical protein  80.32 
 
 
187 aa  281  4.0000000000000003e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0256  hypothetical protein  71.35 
 
 
192 aa  245  2e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.140165  normal  0.0986563 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0283  hypothetical protein  75.53 
 
 
188 aa  244  4.9999999999999997e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0293  hypothetical protein  71.88 
 
 
193 aa  242  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3847  hypothetical protein  71.88 
 
 
193 aa  242  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3665  hypothetical protein  69.27 
 
 
194 aa  242  1.9999999999999999e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.821634  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3651  hypothetical protein  71.88 
 
 
193 aa  241  6e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.676739  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0322  hypothetical protein  70.31 
 
 
193 aa  240  7.999999999999999e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3967  hypothetical protein  68.75 
 
 
194 aa  238  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4069  hypothetical protein  68.75 
 
 
194 aa  238  5e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4044  hypothetical protein  68.75 
 
 
194 aa  238  5e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4162  hypothetical protein  68.75 
 
 
194 aa  238  5e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0279  hypothetical protein  61.46 
 
 
190 aa  236  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00138726  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0402  hypothetical protein  70.83 
 
 
193 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3329  hypothetical protein  74.12 
 
 
191 aa  204  8e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0010  hypothetical protein  61.21 
 
 
186 aa  196  1.0000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.019528  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3541  hypothetical protein  60 
 
 
181 aa  174  8e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.193134 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5219  hypothetical protein  50 
 
 
188 aa  168  5e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.307666 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1279  hypothetical protein  56.36 
 
 
188 aa  160  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1170  hypothetical protein  48.77 
 
 
201 aa  122  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.215934  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0249  hypothetical protein  35.94 
 
 
177 aa  120  9.999999999999999e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00691872  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15731  hypothetical protein  47.4 
 
 
203 aa  116  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.448321 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2313  hypothetical protein  36.98 
 
 
210 aa  116  1.9999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00418629  normal  0.190961 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1874  hypothetical protein  39.76 
 
 
188 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12081  hypothetical protein  46.05 
 
 
185 aa  110  9e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.525189  normal  0.755265 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2448  hypothetical protein  36.97 
 
 
178 aa  109  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2288  hypothetical protein  33.86 
 
 
197 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2081  hypothetical protein  32.42 
 
 
178 aa  108  4.0000000000000004e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3437  hypothetical protein  34.92 
 
 
182 aa  101  6e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0162  hypothetical protein  37.33 
 
 
234 aa  97.4  1e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0540  protein of unknown function DUF500  26.45 
 
 
233 aa  63.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3108  hypothetical protein  32.76 
 
 
230 aa  62  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1692  hypothetical protein  30.63 
 
 
195 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0481  putative lipoprotein  32.37 
 
 
194 aa  57.4  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5337  putative lipoprotein  30.95 
 
 
195 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.665264  normal  0.0273099 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1878  putative lipoprotein  32.77 
 
 
200 aa  55.8  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2847  hypothetical protein  28.19 
 
 
189 aa  55.8  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2347  hypothetical protein  33.04 
 
 
274 aa  56.2  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.356601 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1497  hypothetical protein  28.86 
 
 
185 aa  55.8  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.92763  normal  0.142068 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2464  hypothetical protein  34.29 
 
 
225 aa  55.8  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.96143  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1446  hypothetical protein  28.19 
 
 
185 aa  55.8  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.115639 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3102  putative lipoprotein  26.73 
 
 
198 aa  55.5  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0926165  normal  0.0477167 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3821  hypothetical protein  29.37 
 
 
196 aa  54.3  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.370045  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2882  putative lipoprotein  31.45 
 
 
192 aa  53.1  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4555  hypothetical protein  30.97 
 
 
194 aa  53.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.162066  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3808  hypothetical protein  30.97 
 
 
194 aa  53.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.471527 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3716  hypothetical protein  30.97 
 
 
194 aa  53.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.663624  normal  0.38808 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4453  putative lipoprotein  28.48 
 
 
196 aa  53.9  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00120805  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1389  hypothetical protein  27.54 
 
 
195 aa  52.8  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730417  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5185  hypothetical protein  30.16 
 
 
195 aa  51.6  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0733  hypothetical protein  32.46 
 
 
233 aa  51.6  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000336107  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0421  hypothetical protein  28.67 
 
 
194 aa  51.6  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.104048 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1705  hypothetical protein  28.75 
 
 
195 aa  51.2  0.000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.255734  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4930  hypothetical protein  27.49 
 
 
194 aa  51.2  0.000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.171389 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03841  hypothetical protein  28.57 
 
 
297 aa  51.2  0.000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0772  putative lipoprotein  27.85 
 
 
196 aa  50.8  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.661854  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1331  hypothetical protein  29.93 
 
 
188 aa  50.4  0.00001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2123  putative lipoprotein  31.48 
 
 
194 aa  50.8  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0746601 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1078  protein of unknown function DUF500  30.39 
 
 
231 aa  50.8  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.64686e-30 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2146  protein of unknown function DUF500  36.27 
 
 
222 aa  50.8  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0013338  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3182  protein of unknown function DUF500  24.34 
 
 
231 aa  50.4  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00271235  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0255  putative lipoprotein  27.27 
 
 
194 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0936  putative lipoprotein  27.27 
 
 
194 aa  50.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2073  protein of unknown function DUF500  36.27 
 
 
222 aa  50.1  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000191857 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3808  hypothetical protein  33.7 
 
 
190 aa  50.4  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.582275 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1437  putative lipoprotein  27.27 
 
 
194 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1634  putative lipoprotein  27.27 
 
 
188 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2640  putative lipoprotein  27.27 
 
 
194 aa  50.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00196399  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2501  putative lipoprotein  27.27 
 
 
194 aa  50.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.309797  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0290  putative lipoprotein  27.27 
 
 
188 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1416  putative lipoprotein  25.75 
 
 
195 aa  49.3  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.388983  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2432  putative lipoprotein  25.75 
 
 
195 aa  49.3  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2163  putative lipoprotein  25.75 
 
 
195 aa  49.7  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3083  hypothetical protein  32.2 
 
 
231 aa  49.7  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6194  hypothetical protein  26.88 
 
 
195 aa  49.3  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1822  hypothetical protein  26.35 
 
 
195 aa  49.7  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.134902  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1885  hypothetical protein  26.88 
 
 
195 aa  49.3  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1907  putative lipoprotein  25.75 
 
 
195 aa  49.3  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.96714  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3397  putative lipoprotein  25.75 
 
 
195 aa  49.3  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.692423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2270  putative lipoprotein  25.75 
 
 
195 aa  49.3  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.581117  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2310  putative lipoprotein  25.75 
 
 
195 aa  49.3  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.539087  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1180  putative lipoprotein  25.75 
 
 
195 aa  49.3  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.374226  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1908  hypothetical protein  26.88 
 
 
195 aa  49.3  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000419973 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1794  hypothetical protein  26.35 
 
 
195 aa  49.7  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3990  protein of unknown function DUF500  25.95 
 
 
299 aa  49.3  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.571133 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2325  twin-arginine translocation pathway signal  31.08 
 
 
191 aa  48.9  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00153358  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4764  hypothetical protein  27.87 
 
 
260 aa  48.9  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00104284  normal  0.0279942 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2253  putative lipoprotein  26.88 
 
 
195 aa  48.5  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.176921  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1635  hypothetical protein  32.04 
 
 
257 aa  48.5  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00848244  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1564  hypothetical protein  30.77 
 
 
189 aa  48.9  0.00005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00127888  normal  0.0974108 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1051  putative lipoprotein  28.06 
 
 
195 aa  48.5  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.670756  normal  0.850413 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2288  hypothetical protein  25.73 
 
 
194 aa  48.1  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.805561  normal  0.288664 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0530  putative lipoprotein  31.37 
 
 
194 aa  47.8  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1949  putative lipoprotein  27.56 
 
 
195 aa  47.4  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.234759 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01121  putative lipoprotein  25.98 
 
 
190 aa  47.4  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1737  hypothetical protein  29.13 
 
 
301 aa  46.6  0.0002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1665  hypothetical protein  29.13 
 
 
301 aa  46.6  0.0002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1757  putative lipoprotein  31.4 
 
 
205 aa  46.2  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0708212  normal  0.314425 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0591  twin-arginine translocation pathway signal  33.33 
 
 
185 aa  45.8  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.694846 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>