More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4178 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3624  flavocytochrome c flavin subunit  84.44 
 
 
494 aa  842    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4178  flavocytochrome c flavin subunit  100 
 
 
500 aa  1034    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.630459 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2153  flavocytochrome c  55.42 
 
 
506 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0615938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2230  flavocytochrome c  55.62 
 
 
506 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.158762 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0256  flavocytochrome c  55.02 
 
 
506 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0275  flavocytochrome c  56.02 
 
 
506 aa  568  1e-161  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000326146 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3939  flavocytochrome c  55.82 
 
 
506 aa  570  1e-161  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3536  flavocytochrome c  55.24 
 
 
506 aa  570  1e-161  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0273  flavocytochrome c  54.62 
 
 
506 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188956 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3897  flavocytochrome c  54.97 
 
 
506 aa  546  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0254  flavocytochrome c  56.4 
 
 
367 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3368  flavocytochrome c  41.68 
 
 
519 aa  396  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3058  flavocytochrome c flavin subunit, putative  42.03 
 
 
517 aa  390  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1489  flavocytochrome c  40.84 
 
 
517 aa  381  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2432  flavocytochrome c  40.12 
 
 
517 aa  376  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.77876  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2281  flavocytochrome c  39.96 
 
 
519 aa  372  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0344  flavocytochrome c flavin subunit, putative  41.37 
 
 
519 aa  375  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.892888 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0325  flavocytochrome c  39.68 
 
 
507 aa  366  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1803  FAD binding domain-containing protein  40.58 
 
 
521 aa  360  3e-98  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000300511  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0276  flavocytochrome c  38.97 
 
 
505 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00106606 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0340  flavocytochrome c  41.01 
 
 
500 aa  352  8e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0511  flavocytochrome c  38.98 
 
 
510 aa  352  1e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1444  flavocytochrome c  38.67 
 
 
512 aa  350  2e-95  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0299  flavocytochrome c  38.1 
 
 
506 aa  347  3e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0588345 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1414  flavocytochrome c flavin subunit, putative  38.49 
 
 
506 aa  345  8.999999999999999e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2534  flavocytochrome c  37.3 
 
 
506 aa  345  2e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135835  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3301  flavocytochrome c flavin subunit  39.6 
 
 
499 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4184  flavocytochrome c  37.38 
 
 
503 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.159689 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0270  flavocytochrome c flavin subunit  38.51 
 
 
511 aa  338  1.9999999999999998e-91  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0943  flavocytochrome c  38.63 
 
 
517 aa  332  8e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0139  radical SAM domain-containing protein  37.92 
 
 
511 aa  320  3e-86  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0002  flavocytochrome c flavin subunit  37.35 
 
 
518 aa  316  6e-85  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00000401985  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3768  flavocytochrome c  35.94 
 
 
515 aa  314  2.9999999999999996e-84  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.226332  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2511  flavocytochrome c  37.9 
 
 
507 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.842513  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0913  flavocytochrome c  38.76 
 
 
483 aa  309  8e-83  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.387235  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0136  flavocytochrome c flavin subunit  38.03 
 
 
517 aa  308  1.0000000000000001e-82  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.584631  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2084  flavocytochrome c  38.64 
 
 
520 aa  307  2.0000000000000002e-82  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2089  flavocytochrome c  37.4 
 
 
519 aa  297  3e-79  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.455233  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2933  flavocytochrome c  35.98 
 
 
521 aa  295  2e-78  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0003  flavocytochrome c flavin subunit  34.12 
 
 
508 aa  277  3e-73  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000666036  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2401  flavocytochrome c flavin subunit  33.66 
 
 
505 aa  250  4e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1548  flavocytochrome c flavin subunit  31.08 
 
 
501 aa  219  7.999999999999999e-56  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00203617  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2466  flavocytochrome c  32.39 
 
 
599 aa  216  5.9999999999999996e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2096  flavocytochrome c  33.73 
 
 
515 aa  209  8e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148795  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1861  flavocytochrome c  33.53 
 
 
515 aa  207  5e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1643  FAD binding domain-containing protein  29.35 
 
 
491 aa  204  2e-51  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1782  flavocytochrome c  33.33 
 
 
515 aa  205  2e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.283775  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3885  flavocytochrome c  31.78 
 
 
609 aa  195  2e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000688641  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3318  flavocytochrome c  33.19 
 
 
596 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.5959  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3505  flavocytochrome c  34.89 
 
 
596 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3433  flavocytochrome c  34.89 
 
 
596 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3215  flavocytochrome c  32.52 
 
 
596 aa  189  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.57421 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0859  flavocytochrome c  34.89 
 
 
596 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3628  flavocytochrome c  34.89 
 
 
596 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0694  fumarate reductase, flavoprotein subunit precursor  29.76 
 
 
584 aa  189  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0808  flavocytochrome c  32.96 
 
 
596 aa  187  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.587828  normal  0.0624147 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0905  flavocytochrome c  31.85 
 
 
597 aa  186  7e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.604755  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0970  fumarate reductase flavoprotein subunit precursor  33.4 
 
 
596 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3912  flavocytochrome c  29.96 
 
 
586 aa  184  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3574  flavocytochrome c  29.67 
 
 
586 aa  183  6e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0848  fumarate reductase, flavoprotein subunit  31.29 
 
 
457 aa  179  8e-44  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000988882  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0098  fumarate reductase, flavoprotein subunit  31.16 
 
 
465 aa  175  9.999999999999999e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3795  flavocytochrome c  29.32 
 
 
582 aa  172  9e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.343394  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1530  flavocytochrome c  29.92 
 
 
464 aa  171  3e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000593943  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0107  flavocytochrome c  28.83 
 
 
605 aa  171  3e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4620  fumarate reductase, flavoprotein subunit precursor  29.32 
 
 
582 aa  170  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4309  flavocytochrome c  30.74 
 
 
598 aa  168  2e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000651715  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1226  fumarate reductase flavoprotein subunit  30.04 
 
 
502 aa  168  2e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00121043  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3877  succinate dehydrogenase  32.02 
 
 
596 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000270258  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2586  flavocytochrome c  29.03 
 
 
588 aa  164  3e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4193  flavocytochrome c  29.21 
 
 
582 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4325  flavocytochrome c  29.21 
 
 
582 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2741  flavocytochrome c  28.82 
 
 
637 aa  163  7e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3625  flavocytochrome c  29.41 
 
 
596 aa  162  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4004  flavocytochrome c  29.33 
 
 
582 aa  162  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0138  flavocytochrome c  28.54 
 
 
608 aa  161  2e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000254788  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0611  fumarate reductase flavoprotein subunit precursor  32.91 
 
 
593 aa  161  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.755689 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10160  flavocytochrome c  30.16 
 
 
603 aa  162  2e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.23612  normal  0.0211586 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0722  flavocytochrome c  32.33 
 
 
596 aa  161  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3112  flavocytochrome c  31.8 
 
 
596 aa  160  4e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000541974 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0378  flavocytochrome c  29.75 
 
 
591 aa  160  4e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000382997  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1545  putative flavocytochrome c flavin subunit  26.46 
 
 
447 aa  157  6e-37  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3299  flavocytochrome c  30.18 
 
 
597 aa  156  9e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13640  flavocytochrome c  28.57 
 
 
650 aa  155  1e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3776  flavocytochrome c  31.67 
 
 
596 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00235124 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1421  fumarate reductase flavoprotein subunit  30.19 
 
 
589 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3597  flavocytochrome c  32.34 
 
 
591 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0488  flavocytochrome c  28.08 
 
 
606 aa  154  2.9999999999999998e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.203471 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4127  flavocytochrome c  28.25 
 
 
598 aa  154  4e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.431024 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2653  flavocytochrome c  30.07 
 
 
631 aa  152  2e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.123058 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4036  flavocytochrome c  27.64 
 
 
598 aa  152  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13430  flavocytochrome c  28.19 
 
 
616 aa  150  8e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3541  flavocytochrome c  31.19 
 
 
589 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000144139  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3690  flavocytochrome c  31.26 
 
 
583 aa  148  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2625  flavocytochrome c  30.37 
 
 
957 aa  144  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.809387  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3126  flavocytochrome c  30 
 
 
925 aa  143  9e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0810  flavocytochrome c  28.6 
 
 
589 aa  140  6e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11650  flavocytochrome c  30.04 
 
 
504 aa  137  5e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2381  NADH:flavin oxidoreductase/fumarate reductase, flavoprotein subunit, putative  26.82 
 
 
1005 aa  133  7.999999999999999e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2558  flavocytochrome c  28.02 
 
 
926 aa  131  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0327685 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>