41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4152 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_4152  hypothetical protein  100 
 
 
279 aa  551  1e-156  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0355  hypothetical protein  61.51 
 
 
285 aa  325  5e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2310  hypothetical protein  39.24 
 
 
295 aa  149  6e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4907  hypothetical protein  40.51 
 
 
276 aa  123  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02777  hypothetical protein  35.68 
 
 
292 aa  102  7e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5423  protein of unknown function DUF417  44 
 
 
158 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5456  hypothetical protein  44 
 
 
158 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0783  hypothetical protein  44.17 
 
 
162 aa  92.8  6e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.906637  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3959  hypothetical protein  39.86 
 
 
200 aa  87.8  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0348068 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8434  protein of unknown function DUF417  42.52 
 
 
166 aa  82.8  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2126  protein of unknown function DUF417  41.18 
 
 
155 aa  81.6  0.00000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0120  hypothetical protein  38.76 
 
 
164 aa  80.1  0.00000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.602554  normal  0.831461 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3718  hypothetical protein  41.8 
 
 
186 aa  77.4  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00204077  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1875  putative inner membrane protein  39.23 
 
 
171 aa  75.1  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.843828  normal  0.555208 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4327  hypothetical protein  34.09 
 
 
171 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.705923  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1251  hypothetical protein  33.83 
 
 
145 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0118  hypothetical protein  37.29 
 
 
149 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4429  hypothetical protein  31.76 
 
 
158 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal  0.190357 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1271  hypothetical protein  31.79 
 
 
207 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.709898  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0618  hypothetical protein  29.71 
 
 
186 aa  67  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.525105 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0677  hypothetical protein  29.71 
 
 
186 aa  67  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.36318  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0733  hypothetical protein  29.71 
 
 
186 aa  67  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.361419  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0611  hypothetical protein  29.71 
 
 
186 aa  67  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0667  hypothetical protein  28.49 
 
 
186 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4446  hypothetical protein  31.95 
 
 
207 aa  66.2  0.0000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.128792  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0334  hypothetical protein  27.65 
 
 
197 aa  65.9  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00262  hypothetical protein  27.65 
 
 
197 aa  65.5  0.0000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3302  protein of unknown function DUF417  27.65 
 
 
197 aa  65.9  0.0000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0315  hypothetical protein  27.65 
 
 
197 aa  65.5  0.0000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0355  hypothetical protein  27.65 
 
 
197 aa  65.5  0.0000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00258  conserved inner membrane protein  27.65 
 
 
197 aa  65.5  0.0000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3319  hypothetical protein  27.65 
 
 
197 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0354  hypothetical protein  27.65 
 
 
197 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.735666 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4922  hypothetical protein  34.88 
 
 
143 aa  64.7  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2211  protein of unknown function DUF417  29.82 
 
 
200 aa  64.7  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.510036  normal  0.18844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5270  protein of unknown function DUF417  27.65 
 
 
190 aa  63.2  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.139387  normal  0.0500775 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1189  hypothetical protein  33.05 
 
 
146 aa  60.5  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.932269  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1526  membrane protein  37.5 
 
 
147 aa  59.7  0.00000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.667  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1294  hypothetical protein  28.48 
 
 
191 aa  58.2  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0133647  normal  0.499874 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3630  hypothetical protein  33.09 
 
 
170 aa  51.6  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.225578 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1609  protein of unknown function DUF417  25.54 
 
 
209 aa  49.3  0.00007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.22956  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>