108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4120 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4120  hypothetical protein  100 
 
 		 489 aa  1028    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00634153  normal  0.015035 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1729  tetrachloroethene dehalogenase  46.51 
 
 		 472 aa  369  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000209595 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2100  tetrachloroethene dehalogenase  45.43 
 
 		 474 aa  369  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3769  hypothetical protein  39.52 
 
 		 468 aa  333  6e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2870  reductive dehalogenase  30.77 
 
 		 514 aa  205  2e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0453791  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2872  reductive dehalogenase  35.69 
 
 		 514 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.111424  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0696  reductive dehalogenase  36.72 
 
 		 550 aa  187  4e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000940573  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1968  reductive dehalogenase  31.02 
 
 		 399 aa  162  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.821094  normal  0.460125 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2103  hypothetical protein  30.41 
 
 		 507 aa  127  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.66471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0693  reductive dehalogenase  28.42 
 
 		 352 aa  123  8e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1559  reductive dehalogenase, putative  27.02 
 
 		 482 aa  114  5e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.206091  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2620  reductive dehalogenase  28.89 
 
 		 345 aa  109  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0104  reductive dehalogenase  29.22 
 
 		 515 aa  108  2e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0311  reductive dehalogenase, putative  28.57 
 
 		 515 aa  108  3e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0121  reductive dehalogenase  26.96 
 
 		 514 aa  103  1e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1353  reductive dehalogenase  27.27 
 
 		 514 aa  103  1e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0302  reductive dehalogenase, putative  27.73 
 
 		 514 aa  101  3e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0924005  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1402  reductive dehalogenase  26.44 
 
 		 499 aa  101  3e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00204674  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1430  reductive dehalogenase  30.25 
 
 		 492 aa  101  3e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0329  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  28.01 
 
 		 640 aa  99.4  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.48075  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0235  reductive dehalogenase, putative  28.24 
 
 		 490 aa  99  2e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0343  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  26.67 
 
 		 484 aa  98.6  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0341  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  30.59 
 
 		 640 aa  98.2  3e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0353  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  30.59 
 
 		 640 aa  98.2  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.200551  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0355  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  27.96 
 
 		 474 aa  98.2  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1538  reductive dehalogenase, putative  26.85 
 
 		 492 aa  97.4  4e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.308887  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0180  reductive dehalogenase, putative  29.93 
 
 		 455 aa  97.1  6e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_169  reductive dehalogenase  29.93 
 
 		 455 aa  97.1  6e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.764081  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0876  reductive dehalogenase, putative  23.24 
 
 		 510 aa  97.1  7e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177849  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0331  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  29.46 
 
 		 491 aa  95.9  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0173  reductive dehalogenase  30.28 
 
 		 455 aa  95.1  2e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0689  reductive dehalogenase  31.22 
 
 		 463 aa  94.7  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0713  reductive dehalogenase  28.79 
 
 		 458 aa  94.4  4e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0737  reductive dehalogenase  32.89 
 
 		 445 aa  94.4  4e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0132568  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0711  reductive dehalogenase  24.02 
 
 		 488 aa  92  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.189708  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_82  reductive dehalogenase  28.04 
 
 		 474 aa  91.7  3e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1263  reductive dehalogenase  30.97 
 
 		 497 aa  90.1  8e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1314  reductive dehalogenase  25.9 
 
 		 481 aa  89.4  1e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1360  reductive dehalogenase  26.09 
 
 		 532 aa  89  2e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0306  reductive dehalogenase, putative  30.43 
 
 		 505 aa  88.2  3e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00204473  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1545  reductive dehalogenase, putative  25.07 
 
 		 500 aa  88.6  3e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1436  reductive dehalogenase  24.67 
 
 		 523 aa  88.2  3e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1171  reductive dehalogenase, putative  25.94 
 
 		 532 aa  87.8  4e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0464828  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0079  trichloroethene reductive dehalogenase  25.94 
 
 		 554 aa  87.4  5e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00164109  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1421  reductive dehalogenase  27.27 
 
 		 475 aa  87.4  5e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.809751  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1342  reductive dehalogenase  30.15 
 
 		 473 aa  86.7  8e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0988  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.15 
 
 		 532 aa  85.1  0.000000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1349  reductive dehalogenase  34.95 
 
 		 461 aa  85.1  0.000000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1344  reductive dehalogenase  27.36 
 
 		 488 aa  84.3  0.000000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0173  reductive dehalogenase, putative  25.6 
 
 		 510 aa  83.6  0.000000000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1260  reductive dehalogenase  27.15 
 
 		 509 aa  80.9  0.00000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1387  reductive dehalogenase  34.55 
 
 		 491 aa  80.9  0.00000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.54917  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1427  reductive dehalogenase  27.15 
 
 		 496 aa  80.9  0.00000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1340  reductive dehalogenase  25.25 
 
 		 480 aa  80.9  0.00000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0296  reductive dehalogenase  29.86 
 
 		 512 aa  80.5  0.00000000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0794176  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_88  reductive dehalogenase  29.58 
 
 		 512 aa  80.1  0.00000000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3974  reductive dehalogenase  27.72 
 
 		 1069 aa  78.6  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1316  reductive dehalogenase  26.83 
 
 		 494 aa  77.8  0.0000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0318  reductive dehalogenase, putative  26.32 
 
 		 495 aa  77.4  0.0000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.82363  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1528  reductive dehalogenase, putative  24.6 
 
 		 469 aa  77  0.0000000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.636917  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1327  reductive dehalogenase  28.9 
 
 		 499 aa  77  0.0000000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1329  reductive dehalogenase  26.99 
 
 		 473 aa  76.6  0.0000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0112  reductive dehalogenase  26.79 
 
 		 506 aa  76.3  0.000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1393  reductive dehalogenase  26.32 
 
 		 495 aa  76.3  0.000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00328103  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1399  reductive dehalogenase  26.48 
 
 		 494 aa  76.3  0.000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0618677  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1522  reductive dehalogenase, putative  26.51 
 
 		 507 aa  74.3  0.000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.664066  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_96  reductive dehalogenase  25.88 
 
 		 496 aa  74.3  0.000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1336  reductive dehalogenase  25.88 
 
 		 496 aa  74.3  0.000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1535  reductive dehalogenase, putative  25.61 
 
 		 494 aa  73.6  0.000000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0185962  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3578  reductive dehalogenase  23.61 
 
 		 1070 aa  72.8  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.960062  normal  0.192167 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0119  reductive dehalogenase  26.15 
 
 		 480 aa  72  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0284  reductive dehalogenase  25.23 
 
 		 496 aa  72  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1347  reductive dehalogenase  25.71 
 
 		 429 aa  72  0.00000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1378  reductive dehalogenase  25.47 
 
 		 508 aa  72.4  0.00000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1324  reductive dehalogenase  25.42 
 
 		 493 aa  71.2  0.00000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0687887  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_99  reductive dehalogenase  26.34 
 
 		 470 aa  70.9  0.00000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0281  reductive dehalogenase  28.57 
 
 		 470 aa  70.5  0.00000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1320  reductive dehalogenase  31.65 
 
 		 509 aa  68.6  0.0000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1291  vinyl chloride reductive dehalogenase  31.68 
 
 		 519 aa  67.4  0.0000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0276  reductive dehalogenase  23.7 
 
 		 523 aa  67  0.0000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_104  reductive dehalogenase  23.38 
 
 		 523 aa  66.2  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1383  reductive dehalogenase  36.89 
 
 		 505 aa  66.6  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1371  reductive dehalogenase  33.53 
 
 		 505 aa  65.1  0.000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1364  reductive dehalogenase  28.77 
 
 		 518 aa  64.3  0.000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1519  reductive dehalogenase, putative  39.36 
 
 		 505 aa  61.6  0.00000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.639229  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1375  reductive dehalogenase  28.21 
 
 		 505 aa  60.5  0.00000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0847  reductive dehalogenase  23.27 
 
 		 516 aa  59.3  0.0000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0454  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.4 
 
 		 263 aa  57  0.0000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1046  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.67 
 
 		 263 aa  55.1  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0088  reductive dehalogenase domain-containing protein  30.34 
 
 		 153 aa  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0721794  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0010  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  38.27 
 
 		 226 aa  50.1  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1699  domain of unknown function DUF1730  27.74 
 
 		 318 aa  49.3  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3394  uncharacterized Fe-S protein  28.22 
 
 		 229 aa  48.9  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.145168  normal  0.150282 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0355  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  26.67 
 
 		 265 aa  48.9  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.101767  normal  0.187894 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0913  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  22.83 
 
 		 445 aa  48.9  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1890  iron-sulfur cluster binding protein  30.95 
 
 		 312 aa  48.5  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4033  iron-sulfur cluster binding protein  37.14 
 
 		 306 aa  47  0.0008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.941411 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2229  4Fe-4S cluster binding  37.14 
 
 		 324 aa  46.6  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.212465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2783  hypothetical protein  24.61 
 
 		 347 aa  46.6  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.314535  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0503  iron-sulfur cluster binding protein  28.49 
 
 		 389 aa  46.6  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>