More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3706 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3706  UspA domain-containing protein  100 
 
 		 143 aa  293  7e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0037155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0953  UspA domain-containing protein  65.03 
 
 		 143 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3714  universal stress protein  62.94 
 
 		 143 aa  191  4e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0938  UspA domain-containing protein  62.94 
 
 		 143 aa  183  8e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4060  UspA domain-containing protein  60.84 
 
 		 143 aa  182  9e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3355  UspA domain-containing protein  60.14 
 
 		 143 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.47946  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3101  UspA domain-containing protein  60.84 
 
 		 143 aa  181  3e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.792051 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1042  UspA domain-containing protein  59.44 
 
 		 143 aa  177  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.49662 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3330  UspA domain-containing protein  59.44 
 
 		 143 aa  177  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1030  UspA domain protein  59.44 
 
 		 143 aa  176  8e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.374464 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1009  UspA domain-containing protein  59.44 
 
 		 143 aa  176  8e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2980  UspA domain-containing protein  58.74 
 
 		 143 aa  174  4e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0874  UspA domain-containing protein  58.04 
 
 		 143 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3148  UspA domain-containing protein  58.04 
 
 		 143 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3681  universal stress protein  58.04 
 
 		 143 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3249  UspA domain-containing protein  58.04 
 
 		 143 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0976  hypothetical protein  55.24 
 
 		 143 aa  166  7e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21333  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2853  hypothetical protein  53.85 
 
 		 143 aa  163  9e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.036432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1569  UspA domain-containing protein  53.06 
 
 		 147 aa  162  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1469  hypothetical protein  54.55 
 
 		 143 aa  159  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3713  UspA domain-containing protein  54.42 
 
 		 147 aa  159  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4059  UspA domain-containing protein  51.02 
 
 		 147 aa  142  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3100  UspA domain-containing protein  49.66 
 
 		 147 aa  141  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.806996 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3354  UspA domain-containing protein  46.26 
 
 		 147 aa  136  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.346756  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0875  UspA domain-containing protein  46.62 
 
 		 149 aa  124  6e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2862  UspA domain-containing protein  45.58 
 
 		 147 aa  122  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3147  UspA domain-containing protein  47.3 
 
 		 149 aa  122  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3248  UspA domain-containing protein  47.3 
 
 		 149 aa  120  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1043  UspA domain-containing protein  44.59 
 
 		 150 aa  120  8e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.49282 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1010  UspA domain-containing protein  44.59 
 
 		 150 aa  120  8e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3329  UspA domain-containing protein  44.59 
 
 		 150 aa  120  8e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1031  UspA domain protein  44.59 
 
 		 145 aa  120  9e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.365908 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0489  hypothetical protein  38.16 
 
 		 152 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3680  universal stress protein  42.57 
 
 		 146 aa  108  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2678  hypothetical protein  33.09 
 
 		 149 aa  82.8  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.348095 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0866  UspA domain protein  35.17 
 
 		 153 aa  80.9  0.000000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.682094  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1118  universal stress protein  32.39 
 
 		 149 aa  80.1  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1171  UspA domain protein  32.41 
 
 		 153 aa  79.3  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00282044 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0873  UspA domain protein  33.56 
 
 		 150 aa  79.3  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00734386  normal  0.0430196 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1165  UspA domain protein  32.41 
 
 		 152 aa  77.4  0.00000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000867886  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0914  UspA domain protein  34.51 
 
 		 154 aa  76.6  0.0000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.446701 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1162  UspA domain-containing protein  32.64 
 
 		 153 aa  76.6  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0534961  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1661  UspA domain protein  32.62 
 
 		 147 aa  74.3  0.0000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0803  UspA domain protein  36.05 
 
 		 212 aa  73.9  0.0000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3602  UspA domain protein  28.67 
 
 		 151 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1234  universal stress protein  33.8 
 
 		 152 aa  72.8  0.000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2552  UspA domain protein  30.71 
 
 		 147 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.4459099999999997e-20 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1007  UspA domain protein  36.81 
 
 		 320 aa  72  0.000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1198  UspA domain protein  28.57 
 
 		 155 aa  71.6  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.473556  normal  0.580664 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2060  UspA domain protein  35.46 
 
 		 145 aa  71.2  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000482374  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1338  universal stress protein  36.11 
 
 		 145 aa  70.5  0.000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.431225  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1925  UspA domain-containing protein  34.27 
 
 		 144 aa  70.1  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1294  universal stress protein  31.97 
 
 		 152 aa  69.7  0.00000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.967689 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1570  UspA domain protein  32.39 
 
 		 154 aa  69.7  0.00000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0436  UspA domain-containing protein  28.57 
 
 		 151 aa  69.7  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0405998  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1022  UspA domain-containing protein  33.33 
 
 		 145 aa  69.3  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.335236  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4059  UspA domain protein  33.1 
 
 		 147 aa  68.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4021  UspA domain protein  33.1 
 
 		 147 aa  68.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1009  UspA domain protein  33.1 
 
 		 304 aa  68.2  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1270  universal stress protein  31.03 
 
 		 154 aa  67.8  0.00000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2547  UspA domain protein  31.72 
 
 		 306 aa  67.8  0.00000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2016  universal stress protein UspA-like protein  30.56 
 
 		 148 aa  67  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2355  UspA domain protein  34.01 
 
 		 159 aa  66.6  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1457  UspA domain-containing protein  31.94 
 
 		 145 aa  65.5  0.0000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3147  universal stress protein  31.21 
 
 		 150 aa  65.1  0.0000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00251172  normal  0.0145111 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1606  UspA domain-containing protein  32.64 
 
 		 145 aa  65.1  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.198066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0713  UspA domain-containing protein  32.62 
 
 		 145 aa  65.5  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00140239  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2933  UspA domain-containing protein  30.77 
 
 		 147 aa  65.5  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000835821  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3498  hypothetical protein  29.08 
 
 		 153 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0252  UspA domain-containing protein  30.56 
 
 		 148 aa  64.7  0.0000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4350  UspA domain protein  33.81 
 
 		 294 aa  64.7  0.0000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.252521  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2538  UspA domain protein  30.14 
 
 		 170 aa  64.3  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.205387  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2634  UspA domain protein  30.14 
 
 		 170 aa  64.3  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.765417  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2564  UspA domain protein  33.57 
 
 		 282 aa  64.3  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.143275  normal  0.0151057 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0308  UspA domain-containing protein  31.94 
 
 		 145 aa  64.3  0.0000000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1740  UspA domain protein  33.57 
 
 		 144 aa  63.9  0.0000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.253274 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1082  UspA domain protein  34.27 
 
 		 158 aa  63.5  0.0000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.731229  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01350  universal stress protein  29.25 
 
 		 276 aa  62.4  0.000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0487  universal stress protein  30.67 
 
 		 150 aa  62  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1321  universal stress protein UspA  30.82 
 
 		 169 aa  62.4  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.111503  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3459  hypothetical protein  33.79 
 
 		 145 aa  62  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.450632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0806  UspA domain-containing protein  29.53 
 
 		 151 aa  62.8  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0105953  normal  0.0334639 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1627  UspA domain-containing protein  29.79 
 
 		 274 aa  62  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0101  UspA domain protein  30.28 
 
 		 141 aa  62  0.000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1851  UspA domain-containing protein  29.08 
 
 		 142 aa  61.2  0.000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1496  UspA domain protein  30.71 
 
 		 144 aa  61.2  0.000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.828394 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3238  universal stress protein  31.69 
 
 		 297 aa  60.8  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1243  UspA domain protein  30.28 
 
 		 139 aa  60.5  0.000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.169034 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0913  UspA domain-containing protein  33.33 
 
 		 138 aa  60.5  0.000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0346302 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0825  universal stress protein  33.1 
 
 		 164 aa  60.1  0.000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0015  UspA domain-containing protein  30.07 
 
 		 143 aa  59.7  0.00000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.246066  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4087  UspA domain-containing protein  29.58 
 
 		 145 aa  60.1  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305818  normal  0.183761 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4069  UspA domain-containing protein  28.08 
 
 		 162 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0307561  normal  0.903316 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0761  universal stress protein UspA  28.38 
 
 		 153 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3773  UspA domain protein  28.08 
 
 		 152 aa  59.3  0.00000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3427  UspA domain protein  26.81 
 
 		 156 aa  58.9  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2198  hypothetical protein  29.58 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.76051  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0812  UspA domain protein  29.05 
 
 		 153 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.198754  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0808  UspA domain protein  29.05 
 
 		 153 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0102743  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2415  UspA domain protein  31.69 
 
 		 162 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>