42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3606 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3606  hypothetical protein  100 
 
 
288 aa  592  1e-168  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4656  putative lipoprotein  70.38 
 
 
287 aa  409  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0150127  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3274  putative lipoprotein  67.25 
 
 
287 aa  402  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.896395  normal  0.0865941 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2199  hypothetical protein  65.45 
 
 
288 aa  377  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.944581  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4898  hypothetical protein  64.71 
 
 
253 aa  334  1e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4311  hypothetical protein  66.67 
 
 
255 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.819022  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3038  hypothetical protein  47.24 
 
 
253 aa  241  9e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2852  hypothetical protein  45.75 
 
 
254 aa  227  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000042395 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2434  hypothetical protein  44.57 
 
 
276 aa  208  7e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.355928  normal  0.0191811 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1315  hypothetical protein  40.87 
 
 
254 aa  168  9e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000687545 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2361  hypothetical protein  38.63 
 
 
247 aa  150  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.643964 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3812  putative lipoprotein  35.55 
 
 
280 aa  149  5e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1495  protein of unknown function DUF1486  32.03 
 
 
255 aa  116  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.692441  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5599  hypothetical protein  34.06 
 
 
151 aa  68.2  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.465916  normal  0.0959248 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2420  hypothetical protein  26.19 
 
 
222 aa  63.2  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5094  hypothetical protein  33.87 
 
 
130 aa  60.5  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5449  hypothetical protein  43.82 
 
 
162 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.744205 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4899  hypothetical protein  43.82 
 
 
162 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.561738 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5622  hypothetical protein  42.7 
 
 
157 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0377786 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4608  hypothetical protein  42.7 
 
 
157 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.2163  hitchhiker  0.0000946441 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5237  hypothetical protein  42.7 
 
 
157 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0238  protein of unknown function DUF1486  40.91 
 
 
157 aa  57  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0708  hypothetical protein  27.19 
 
 
141 aa  56.6  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.877907  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0069  hypothetical protein  41.57 
 
 
157 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1397  protein of unknown function DUF1486  33.33 
 
 
155 aa  55.8  0.0000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.137743  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1476  hypothetical protein  33.88 
 
 
127 aa  53.9  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0353  putative pyruvate kinase  40.22 
 
 
160 aa  53.5  0.000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0282  pyruvate kinase  29.77 
 
 
174 aa  52  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.788036  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2880  hypothetical protein  35.87 
 
 
129 aa  52  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2881  hypothetical protein  28.79 
 
 
150 aa  51.2  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5482  hypothetical protein  28.57 
 
 
175 aa  51.6  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000608961 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0951  hypothetical protein  29.17 
 
 
174 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4378  hypothetical protein  28.93 
 
 
174 aa  50.1  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  6.032150000000001e-23 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001568  possible membrane protein  33.61 
 
 
125 aa  48.5  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1955  hypothetical protein  24.14 
 
 
164 aa  47  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.252213  hitchhiker  0.00353589 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1020  hypothetical protein  37.78 
 
 
158 aa  45.8  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3628  hypothetical protein  38.75 
 
 
158 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5544  hypothetical protein  38.75 
 
 
158 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.596432  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4739  hypothetical protein  38.75 
 
 
158 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.006335 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10133  hypothetical protein  31.78 
 
 
125 aa  45.1  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4731  protein of unknown function DUF1486  35.23 
 
 
155 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6507  protein of unknown function DUF1486  26.95 
 
 
133 aa  43.1  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.199296  normal  0.262757 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>