More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3281 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3281  sensor histidine kinase  100 
 
 		 483 aa  1003    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00282133  hitchhiker  0.000112665 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3066  sensor histidine kinase  37.29 
 
 		 461 aa  302  7.000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.144301  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000556  signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 440 aa  243  5e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05332  histidine kinase  33.26 
 
 		 440 aa  240  2.9999999999999997e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3149  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.92 
 
 		 546 aa  154  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.305074  normal  0.0948904 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1333  histidine kinase  27.79 
 
 		 461 aa  152  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.249082  normal  0.153676 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1351  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.79 
 
 		 461 aa  152  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4493  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.14 
 
 		 458 aa  150  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.130131  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000580  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with RstA  31.72 
 
 		 431 aa  148  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00239122  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0870  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.94 
 
 		 469 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2320  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.86 
 
 		 523 aa  147  4.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0670  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.57 
 
 		 550 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1235  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.22 
 
 		 456 aa  141  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.403806  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1194  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.61 
 
 		 535 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00846308  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1182  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.52 
 
 		 535 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.955625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1212  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.52 
 
 		 535 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.111449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.01 
 
 		 456 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4234  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.52 
 
 		 535 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.7582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3143  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 		 429 aa  138  3.0000000000000003e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.198477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05292  histidine kinase  31.45 
 
 		 428 aa  138  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1018  sensor histidine kinase  30.93 
 
 		 442 aa  137  5e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2258  sensor kinase protein  30.93 
 
 		 442 aa  137  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3390  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  28.85 
 
 		 428 aa  137  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0933  sensor histidine kinase  30.93 
 
 		 442 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.141795  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1145  sensor histidine kinase  30.93 
 
 		 442 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0095  sensor histidine kinase  30.93 
 
 		 442 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.18865  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1518  sensor histidine kinase  30.93 
 
 		 442 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.250734  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0937  sensor histidine kinase  31.15 
 
 		 440 aa  136  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3063  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  27.76 
 
 		 433 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9979  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3715  sensor histidine kinase  29.09 
 
 		 536 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0148032 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4244  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  29.49 
 
 		 536 aa  134  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.91746 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3499  sensor kinase RpeA  29.34 
 
 		 428 aa  133  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0366  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.61 
 
 		 449 aa  133  9e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00215301  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3678  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.43 
 
 		 376 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.227613 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0198  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.45 
 
 		 563 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0571647  normal  0.0293056 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41270  putative two-component sensor  28.34 
 
 		 428 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4409  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.39 
 
 		 427 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143276 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2891  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  32.67 
 
 		 433 aa  131  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.392127  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0310  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.55 
 
 		 466 aa  131  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.445983  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4221  two-component sensor  29.63 
 
 		 538 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1673  sensor histidine kinase  29.87 
 
 		 464 aa  130  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4478  sensor protein CpxA  31.19 
 
 		 449 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0255  histidine kinase  30.45 
 
 		 458 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126812  decreased coverage  0.0000137847 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0438  signal transduction histidine kinase-like protein  34.57 
 
 		 755 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.128515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4461  histidine kinase  28.03 
 
 		 452 aa  128  3e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2319  sensor protein RstB  28.94 
 
 		 433 aa  127  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0220654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1590  sensor protein RstB  28.62 
 
 		 433 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00520331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.1 
 
 		 458 aa  127  5e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00578995  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2207  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 760 aa  127  6e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166244 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.91 
 
 		 454 aa  127  6e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.018475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3770  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.35 
 
 		 449 aa  127  6e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00735278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0080  two-component sensor protein  31.39 
 
 		 458 aa  126  7e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0083  two-component sensor protein  31.39 
 
 		 458 aa  126  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4133  two-component sensor protein  31.39 
 
 		 458 aa  126  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000603711  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0252  ATPase domain-containing protein  31.11 
 
 		 449 aa  126  7e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00902295  hitchhiker  0.0000000026524 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06762  histidine kinase  29.57 
 
 		 457 aa  126  8.000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1817  sensor protein RstB  28.62 
 
 		 433 aa  126  9e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0672231  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0253  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.55 
 
 		 458 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0323249  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3147  sensor histidine kinase  30.84 
 
 		 478 aa  126  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0895878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49420  two-component sensor  28.38 
 
 		 452 aa  126  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0003153  normal  0.529806 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3977  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.28 
 
 		 433 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01578  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with RstA  28.3 
 
 		 433 aa  125  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0585044  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2034  histidine kinase  28.3 
 
 		 433 aa  125  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0105815  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1684  sensor protein RstB  28.3 
 
 		 433 aa  125  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.457824  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01568  hypothetical protein  28.3 
 
 		 433 aa  125  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0704541  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1740  sensor histidine kinase  27.38 
 
 		 442 aa  125  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.187783  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3433  sensor protein CpxA  31.44 
 
 		 453 aa  125  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0911326  normal  0.239328 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2021  sensor protein RstB  28.3 
 
 		 433 aa  125  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1840  sensor protein RstB  29.56 
 
 		 432 aa  124  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0557058 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4811  two-component sensor protein  29.97 
 
 		 457 aa  124  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0472  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29 
 
 		 448 aa  124  4e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0505996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0251  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.03 
 
 		 449 aa  124  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00216243  hitchhiker  0.000495811 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3170  sensor histidine kinase  27.06 
 
 		 428 aa  124  5e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1703  sensor protein RstB  27.86 
 
 		 436 aa  124  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0181104  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2119  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.92 
 
 		 358 aa  124  5e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.439065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1872  sensor protein RstB  27.86 
 
 		 433 aa  124  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00123019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1639  sensor protein RstB  27.55 
 
 		 433 aa  123  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.449501  normal  0.84146 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1580  sensor protein RstB  27.55 
 
 		 433 aa  123  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.118094  normal  0.442453 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3462  ATP-binding region, ATPase-like protein  30.64 
 
 		 471 aa  123  7e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0750  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.22 
 
 		 430 aa  123  8e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.542154  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5350  histidine kinase  28.08 
 
 		 376 aa  123  9e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.485302  normal  0.0898754 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4073  histidine kinase  29.21 
 
 		 457 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3568  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 432 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.283138  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4142  two-component sensor protein  29.21 
 
 		 457 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1570  sensor protein RstB  27.24 
 
 		 433 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165885  normal  0.0828626 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3571  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 		 455 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4304  two-component sensor protein  29.21 
 
 		 457 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.335985  hitchhiker  0.00831139 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4106  two-component sensor protein  29.21 
 
 		 457 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.860273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3689  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 430 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.142231  normal  0.016382 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3500  histidine kinase  28.57 
 
 		 430 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4445  two-component sensor protein  29.21 
 
 		 457 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3430  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.08 
 
 		 376 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.642947  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5366  two-component sensor protein  29.21 
 
 		 457 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.135229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.08 
 
 		 376 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000179203 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4275  two-component sensor protein  29.18 
 
 		 457 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4456  two-component sensor protein  29.18 
 
 		 457 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.874205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4304  two-component sensor protein  29.18 
 
 		 457 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0509  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.56 
 
 		 427 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.683551  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4391  two-component sensor protein  29.21 
 
 		 457 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4345  two-component sensor protein  29.18 
 
 		 457 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000360495 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>