80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3248 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3248  hypothetical protein  100 
 
 
473 aa  973    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00196068  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3382  hypothetical protein  58.72 
 
 
488 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0653251  normal  0.705051 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2937  hypothetical protein  56.74 
 
 
466 aa  425  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00304135  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2697  hypothetical protein  51.11 
 
 
458 aa  393  1e-108  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00350074  normal  0.0600961 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3854  hypothetical protein  46.87 
 
 
490 aa  373  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4142  hypothetical protein  45.86 
 
 
500 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3910  hypothetical protein  44.2 
 
 
501 aa  371  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.318661  normal  0.57421 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4214  hypothetical protein  45.86 
 
 
500 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4027  hypothetical protein  42.89 
 
 
501 aa  367  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4346  hypothetical protein  45.44 
 
 
500 aa  364  2e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.595421  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3819  hypothetical protein  44.15 
 
 
501 aa  363  3e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0173842 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4649  hypothetical protein  50.83 
 
 
486 aa  355  1e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1393  hypothetical protein  47.45 
 
 
476 aa  348  9e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.458413  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3311  hypothetical protein  45.24 
 
 
483 aa  340  4e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.694942 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1130  hypothetical protein  42.76 
 
 
511 aa  339  5e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1262  hypothetical protein  54.77 
 
 
486 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0234925  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1147  hypothetical protein  45.85 
 
 
541 aa  250  5e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3962  hypothetical protein  33.11 
 
 
442 aa  229  1e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.514264  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2323  hypothetical protein  35.83 
 
 
421 aa  203  5e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00191  hypothetical protein  37.89 
 
 
440 aa  202  8e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1199  hypothetical protein  38.79 
 
 
461 aa  187  3e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.756184 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1213  hypothetical protein  41.64 
 
 
438 aa  187  5e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00120298  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2667  hypothetical protein  34.42 
 
 
420 aa  180  4e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0885  hypothetical protein  38.7 
 
 
541 aa  176  9e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7194  hypothetical protein  37.06 
 
 
462 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.663693 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1695  hypothetical protein  38.87 
 
 
489 aa  173  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5354  hypothetical protein  33.73 
 
 
444 aa  172  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.16204  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4586  hypothetical protein  37.59 
 
 
498 aa  170  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3946  hypothetical protein  32.78 
 
 
470 aa  166  8e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.411999 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5884  hypothetical protein  34.77 
 
 
466 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1462  hypothetical protein  45.16 
 
 
434 aa  164  3e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0027345 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0417  hypothetical protein  36.7 
 
 
416 aa  163  6e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3518  hypothetical protein  30.91 
 
 
481 aa  163  7e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.574738  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1376  hypothetical protein  32.41 
 
 
466 aa  156  7e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3623  hypothetical protein  31.8 
 
 
463 aa  155  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.48231  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0119  hypothetical protein  30.36 
 
 
617 aa  153  5e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0121  hypothetical protein  30.36 
 
 
617 aa  153  5e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0226467  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2410  hypothetical protein  29.64 
 
 
489 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0859513  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0127  hypothetical protein  30.36 
 
 
585 aa  150  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.146537  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1484  hypothetical protein  42.39 
 
 
403 aa  151  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3542  hypothetical protein  29.73 
 
 
617 aa  150  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346994  normal  0.280347 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0110  hypothetical protein  29.73 
 
 
617 aa  150  6e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0222206  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3485  conserved hypothetical protein  29.73 
 
 
617 aa  149  9e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00116  hypothetical protein  29.73 
 
 
617 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.102405  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00115  hypothetical protein  29.73 
 
 
617 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0816115  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3041  hypothetical protein  35.79 
 
 
447 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0124  hypothetical protein  29.73 
 
 
617 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00449065  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0664  putative outer membrane protein  27.87 
 
 
516 aa  145  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2257  hypothetical protein  29.23 
 
 
488 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1538  lipoprotein  35.91 
 
 
441 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.344103 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0403  hypothetical protein  34.95 
 
 
478 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.149014 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0180  hypothetical protein  35.71 
 
 
540 aa  131  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0177  putative outer membrane protein  35.52 
 
 
531 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0171  hypothetical protein  35.52 
 
 
541 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0171  hypothetical protein  35.33 
 
 
541 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0172  hypothetical protein  35.52 
 
 
541 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2129  hypothetical protein  35.91 
 
 
428 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0542526  normal  0.106078 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1473  hypothetical protein  39.35 
 
 
436 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01519  hypothetical protein  38.46 
 
 
605 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3637  hypothetical protein  36.82 
 
 
582 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4476  hypothetical protein  36.82 
 
 
560 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3890  hypothetical protein  36.82 
 
 
560 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.969879  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2486  hypothetical protein  37.1 
 
 
755 aa  125  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.835018 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2112  hypothetical protein  38.71 
 
 
484 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4077  hypothetical protein  39.87 
 
 
477 aa  124  5e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.844566  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5201  hypothetical protein  38.1 
 
 
465 aa  123  7e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3170  hypothetical protein  28.3 
 
 
547 aa  123  9e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.257942 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4037  hypothetical protein  33.33 
 
 
463 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1201  hypothetical protein  36.6 
 
 
682 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00706806 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3702  hypothetical protein  33.06 
 
 
415 aa  121  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3789  hypothetical protein  34.34 
 
 
459 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2200  hypothetical protein  36.87 
 
 
553 aa  120  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.920316  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1561  hypothetical protein  32.26 
 
 
649 aa  118  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.727046  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2395  hypothetical protein  34.23 
 
 
455 aa  117  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.165403  hitchhiker  0.00469847 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4634  hypothetical protein  37.24 
 
 
544 aa  116  8.999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.149297  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0540  hypothetical protein  33.79 
 
 
428 aa  113  8.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000234519  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2000  hypothetical protein  30.47 
 
 
505 aa  107  5e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.94208e-35 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1648  hypothetical protein  39.47 
 
 
550 aa  107  6e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0755492  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2227  hypothetical protein  33.01 
 
 
508 aa  103  9e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000137583  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0409  hypothetical protein  36.71 
 
 
527 aa  97.8  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.282348  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>