More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3223 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3223  carnitine operon protein CaiE  100 
 
 		 196 aa  401  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.143313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4032  carnitine operon protein CaiE  80.1 
 
 		 222 aa  335  1.9999999999999998e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0073  carnitine operon protein CaiE  72.45 
 
 		 198 aa  298  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0073  carnitine operon protein CaiE  72.45 
 
 		 198 aa  298  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0077  carnitine operon protein CaiE  72.45 
 
 		 198 aa  298  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.81711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0076  carnitine operon protein CaiE  71.94 
 
 		 198 aa  297  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0075  carnitine operon protein CaiE  71.94 
 
 		 198 aa  296  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.903191 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00039  predicted acyl transferase  68.72 
 
 		 196 aa  285  2e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3620  carnitine operon protein CaiE  68.21 
 
 		 196 aa  285  2e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.29388 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0036  carnitine operon protein CaiE  68.21 
 
 		 196 aa  286  2e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.89509  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00038  hypothetical protein  68.72 
 
 		 196 aa  285  2e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0039  carnitine operon protein CaiE  68.72 
 
 		 196 aa  286  2e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0039  carnitine operon protein CaiE  68.72 
 
 		 196 aa  286  2e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0037  carnitine operon protein CaiE  68.72 
 
 		 196 aa  286  2e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3564  transferase hexapeptide repeat containing protein  68.21 
 
 		 196 aa  285  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3084  phenylacetic acid degradation protein PaaY  59.69 
 
 		 198 aa  248  3e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.264252 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1586  phenylacetic acid degradation protein PaaY  58.67 
 
 		 196 aa  247  7e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2474  phenylacetic acid degradation protein PaaY  61.03 
 
 		 199 aa  247  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.29781  normal  0.884241 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1515  phenylacetic acid degradation protein PaaY  63.93 
 
 		 205 aa  246  2e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.443467  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3285  phenylacetic acid degradation protein PaaY  60 
 
 		 199 aa  244  4e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0385  phenylacetic acid degradation protein PaaY  64.48 
 
 		 203 aa  245  4e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00144851  normal  0.0147726 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2245  phenylacetic acid degradation protein PaaY  57.65 
 
 		 196 aa  243  9.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.3221  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2255  phenylacetic acid degradation protein PaaY  58.16 
 
 		 196 aa  243  9.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.438675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1487  phenylacetic acid degradation protein PaaY  58.16 
 
 		 196 aa  243  9.999999999999999e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2406  phenylacetic acid degradation protein PaaY  60.75 
 
 		 208 aa  242  1.9999999999999999e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.572897 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2611  phenylacetic acid degradation protein PaaY  58.97 
 
 		 199 aa  241  7e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178031  normal  0.0643205 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2624  phenylacetic acid degradation protein PaaY  56.92 
 
 		 199 aa  239  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0766069 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0983  transferase  59.14 
 
 		 200 aa  237  6.999999999999999e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1239  phenylacetic acid degradation protein PaaY  58.03 
 
 		 200 aa  231  5e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.55157  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2998  phenylacetic acid degradation protein PaaY  57.53 
 
 		 202 aa  221  4e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0225  regulatory PhaM protein  51.02 
 
 		 199 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.436924 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3102  regulatory PhaM protein  51.79 
 
 		 195 aa  219  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0237996  decreased coverage  0.0000286211 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0662  hexapeptide repeat-containing acetyltransferase  50.82 
 
 		 196 aa  197  9e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05255  phenylacetic acid degradation protein  47.25 
 
 		 204 aa  190  1e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.524726  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1555  phenyl acetic acid degradation protein  46.45 
 
 		 205 aa  182  3e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1467  carbonic anhydrase  49.71 
 
 		 175 aa  176  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0618569  normal  0.711294 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3897  carbonic anhydrase  48.57 
 
 		 176 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.731828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4358  hexapaptide repeat-containing transferase  49.42 
 
 		 171 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0861  transferase hexapeptide repeat protein  45.62 
 
 		 173 aa  137  1e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3189  hexapaptide repeat-containing transferase  36.78 
 
 		 175 aa  127  8.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.876706  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0917  hexapaptide repeat-containing transferase  42.01 
 
 		 175 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000456928  normal  0.0606057 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2851  hypothetical protein  39.74 
 
 		 173 aa  125  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0478  anhydrase family 3 protein  36.84 
 
 		 170 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000849084  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1069  hypothetical protein  37.11 
 
 		 173 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35750  isoleucine patch superfamily enzyme, carbonic anhydrase/acetyltransferase  36.42 
 
 		 172 aa  119  3.9999999999999996e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.457573  normal  0.431311 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1133  hypothetical protein  35.63 
 
 		 175 aa  117  7.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1461  carbonic anhydrase  39.6 
 
 		 185 aa  117  9.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000178452  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0535  transferase hexapeptide repeat containing protein  40 
 
 		 166 aa  116  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000389901  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0598  hexapaptide repeat-containing transferase  39.26 
 
 		 171 aa  114  6.9999999999999995e-25  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.815519  hitchhiker  0.000000000000309138 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2268  hypothetical protein  37.43 
 
 		 174 aa  114  6.9999999999999995e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1618  carbonic anhydrase  35.85 
 
 		 172 aa  114  1.0000000000000001e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2058  transferase hexapeptide repeat  35.63 
 
 		 174 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.698807 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0880  isoleucine cluster protein  40.97 
 
 		 166 aa  113  2.0000000000000002e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.684257  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1541  hexapaptide repeat-containing transferase  38.27 
 
 		 189 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113499  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1064  carbonic anhydrase  38.31 
 
 		 162 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3452  hypothetical protein  40.54 
 
 		 174 aa  112  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1447  hexapaptide repeat-containing transferase  37.95 
 
 		 183 aa  112  4.0000000000000004e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00240912  normal  0.115132 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2096  hypothetical protein  37.06 
 
 		 173 aa  112  5e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0773  hexapaptide repeat-containing transferase  35.33 
 
 		 178 aa  112  5e-24  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0167469  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6251  hexapaptide repeat-containing transferase  34.1 
 
 		 194 aa  111  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1435  hexapaptide repeat-containing transferase  38.71 
 
 		 174 aa  111  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.893089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13558  siderophore-binding protein  35.03 
 
 		 174 aa  111  6e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000353278 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1164  hexapaptide repeat-containing transferase  40.49 
 
 		 171 aa  111  7.000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0976  transferase hexapeptide repeat containing protein  34.48 
 
 		 175 aa  111  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.11932  normal  0.0642131 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5409  carbonic anhydrase  37.11 
 
 		 174 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2561  hexapaptide repeat-containing transferase  38.36 
 
 		 174 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.298703  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1072  hypothetical protein  34.48 
 
 		 175 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0856829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1111  siderophore binding protein  35.8 
 
 		 173 aa  110  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.791842  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0435  hexapaptide repeat-containing transferase  38.93 
 
 		 174 aa  110  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0280  hexapaptide repeat-containing transferase  33.52 
 
 		 182 aa  110  2.0000000000000002e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.801626  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28200  isoleucine patch superfamily enzyme, carbonic anhydrase/acetyltransferase  38.79 
 
 		 172 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0254  hexapaptide repeat-containing transferase  33.52 
 
 		 182 aa  110  2.0000000000000002e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.836815  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3392  anhydrase family 3 protein  37.11 
 
 		 174 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0885475  normal  0.295245 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0993  transferase hexapeptide protein  36 
 
 		 174 aa  108  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6433  transferase hexapeptide repeat containing protein  33.33 
 
 		 174 aa  109  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0175522 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0621  carbonic anhydrase  37.84 
 
 		 163 aa  109  3e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.392057 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2121  hexapaptide repeat-containing transferase  36.48 
 
 		 174 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0105256 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5974  hexapaptide repeat-containing transferase  37.11 
 
 		 174 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1750  carbonic anhydrase  37.13 
 
 		 183 aa  109  3e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.293502  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2103  hexapaptide repeat-containing transferase  37.11 
 
 		 174 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0228  hexapaptide repeat-containing transferase  33.52 
 
 		 182 aa  108  4.0000000000000004e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4821  hexapaptide repeat-containing transferase  38.85 
 
 		 261 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.849886  normal  0.480457 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1187  siderophore binding protein  35.37 
 
 		 172 aa  108  5e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000944308 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0624  carbonic anhydrase  32.52 
 
 		 171 aa  108  5e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000010495  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0660  transferase hexapeptide repeat containing protein  32.35 
 
 		 182 aa  108  5e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1095  hexapaptide repeat-containing transferase  37.58 
 
 		 174 aa  108  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1838  carbonic anhydrase  39.86 
 
 		 162 aa  108  6e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.222248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0023  hypothetical protein  37.42 
 
 		 171 aa  107  8.000000000000001e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.727004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1318  hexapaptide repeat-containing transferase  38 
 
 		 174 aa  107  8.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2013  hexapaptide repeat-containing transferase  36.48 
 
 		 174 aa  107  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.858963  hitchhiker  0.00330641 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1242  hypothetical protein  36.05 
 
 		 174 aa  107  9.000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0900  carbonic anhydrase  36.57 
 
 		 157 aa  107  9.000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2140  hexapaptide repeat-containing transferase  36.48 
 
 		 174 aa  107  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3589  carbonic anhydrase/acetyltransferase isoleucine patch superfamily-like protein  35.63 
 
 		 177 aa  107  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4493  transferase; acetyltransferase/acyltransferase  34.12 
 
 		 170 aa  107  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0979  hypothetical protein  39.87 
 
 		 183 aa  107  1e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00195064 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0370  transferase family protein  34.71 
 
 		 170 aa  107  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3431  putative acetyltransferase/acyltransferase  34.12 
 
 		 170 aa  107  1e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1171  hexapaptide repeat-containing transferase  35.85 
 
 		 174 aa  107  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.940435  hitchhiker  0.000000671897 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2015  hypothetical protein  35.84 
 
 		 174 aa  107  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.755225  normal  0.649207 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>