More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3051 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_1452  flagellar biosynthesis regulator FlhF  73.76 
 
 
460 aa  679    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2561  flagellar biosynthesis regulator FlhF  74.68 
 
 
460 aa  695    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.287894  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3212  flagellar biosynthesis regulator FlhF  72.26 
 
 
458 aa  676    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1633  flagellar biosynthesis regulator FlhF  85.65 
 
 
467 aa  808    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0994643  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1381  flagellar biosynthesis regulator FlhF  78.75 
 
 
474 aa  748    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.286129 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1341  flagellar biosynthesis regulator FlhF  68.17 
 
 
462 aa  649    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.672672  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2911  flagellar biosynthesis regulator FlhF  73.55 
 
 
460 aa  678    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3053  flagellar biosynthesis regulator FlhF  73.76 
 
 
460 aa  679    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.432908  normal  0.138544 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2282  flagellar biosynthesis regulator FlhF  72.59 
 
 
463 aa  674    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.451131  normal  0.682206 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1297  flagellar biosynthesis regulator FlhF  71.4 
 
 
458 aa  663    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.113598  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1364  flagellar biosynthesis regulator FlhF  71.18 
 
 
458 aa  660    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.789112  normal  0.915737 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1197  flagellar biosynthesis regulator FlhF  71 
 
 
461 aa  675    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.137335  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2921  flagellar biosynthesis regulator FlhF  73.55 
 
 
460 aa  679    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1376  flagellar biosynthesis regulator FlhF  76.89 
 
 
470 aa  714    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0597735  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1357  flagellar biosynthesis regulator FlhF  76.16 
 
 
458 aa  671    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.592498  normal  0.109972 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3051  flagellar biosynthesis regulator FlhF  100 
 
 
464 aa  946    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.03242 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1656  flagellar biosynthesis regulator FlhF  45.11 
 
 
495 aa  358  9.999999999999999e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000227361  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2292  flagellar biosynthesis regulator FlhF  44.07 
 
 
484 aa  355  1e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03146  flagellar biosynthesis regulator FlhF  43.4 
 
 
503 aa  353  4e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1517  flagellar biosynthesis regulator FlhF  42.25 
 
 
513 aa  351  1e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002830  flagellar biosynthesis protein FlhF  43.15 
 
 
505 aa  350  4e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00231681  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02872  flagellar biosynthesis protein  40.12 
 
 
477 aa  285  2.0000000000000002e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3032  GTP-binding signal recognition particle  40.82 
 
 
443 aa  277  3e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2807  flagellar biosynthesis regulator FlhF  37.28 
 
 
437 aa  241  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.16054 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3912  flagellar biosynthesis regulator FlhF  37.05 
 
 
435 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0983  GTP-binding signal recognition particle  37.5 
 
 
466 aa  239  6.999999999999999e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.10552 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3669  flagellar biosynthesis regulator FlhF  35.89 
 
 
435 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.421511  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0741  flagellar biosynthesis regulator FlhF  36.15 
 
 
487 aa  238  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1524  flagellar biosynthesis regulator FlhF  36.83 
 
 
435 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.142564  normal  0.531754 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4343  flagellar biosynthesis regulator FlhF  36.83 
 
 
435 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1977  GTP-binding signal recognition particle  34.76 
 
 
437 aa  233  8.000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3439  flagellar biosynthesis regulator FlhF  36.3 
 
 
442 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.707769 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2157  flagellar biosynthesis regulator FlhF  46.24 
 
 
393 aa  230  3e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1946  flagellar biosynthesis regulator FlhF  33.33 
 
 
536 aa  231  3e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0715  flagellar biosynthetic protein FlhF  34.73 
 
 
485 aa  230  4e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.858547  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1977  flagellar biosynthesis protein FlhF  34.47 
 
 
442 aa  226  7e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.218828  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3429  GTP-binding signal recognition particle  35.04 
 
 
427 aa  226  9e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.911214  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1561  flagellar biosynthesis regulator FlhF  35.75 
 
 
446 aa  224  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.37144  normal  0.111794 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45660  flagellar biosynthesis regulator FlhF  34.29 
 
 
429 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.311812 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0479  GTP-binding signal recognition particle  41.25 
 
 
585 aa  218  1e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.530078  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1336  GTP-binding signal recognition particle SRP54 G- domain protein  41.92 
 
 
424 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.550768  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0745  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.64 
 
 
388 aa  205  1e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2936  flagellar biosynthesis regulator FlhF  39.56 
 
 
489 aa  202  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0148742  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3094  AAA ATPase  31.47 
 
 
530 aa  198  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1311  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.97 
 
 
570 aa  193  5e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3700  flagellar biosynthesis regulator FlhF  32.89 
 
 
825 aa  192  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.528557  normal  0.0206253 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4414  GTP-binding signal recognition particle  32.65 
 
 
524 aa  191  2e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0564624  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0183  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.26 
 
 
588 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0196  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.26 
 
 
588 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.625172  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3802  flagellar biosynthesis regulator FlhF  39.43 
 
 
624 aa  189  8e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1620  GTP-binding signal recognition particle  39.64 
 
 
592 aa  189  9e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00835044 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0132  flagellar biosynthesis regulator FlhF  39.07 
 
 
657 aa  188  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3079  flagellar GTP-binding protein  41.34 
 
 
521 aa  187  3e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.783936 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2014  GTP-binding signal recognition particle SRP54, G-protein  39.52 
 
 
729 aa  186  5e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0061  flagellar biosynthesis regulator FlhF  40.21 
 
 
583 aa  186  8e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2962  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.05 
 
 
644 aa  186  9e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168283  normal  0.0622523 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2845  flagellar biosynthesis regulator FlhF  40.21 
 
 
374 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3842  flagellar biosynthesis regulator FlhF  40.21 
 
 
583 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3168  flagellar biosynthesis regulator FlhF  40.21 
 
 
577 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1697  flagellar biosynthesis regulator FlhF  40.21 
 
 
374 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3923  flagellar biosynthesis regulator FlhF  40.21 
 
 
583 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2838  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.56 
 
 
592 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0177  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.67 
 
 
583 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.167387 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3421  flagellar biosynthesis regulator FlhF  40.21 
 
 
374 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0269  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.56 
 
 
592 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.147151  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0251  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.56 
 
 
582 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4142  flagellar biosynthesis regulator FlhF  37.29 
 
 
784 aa  184  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1748  flagellar biosynthesis regulator FlhF  39.29 
 
 
379 aa  183  7e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1748  flagellar biosynthesis regulator FlhF  39.29 
 
 
379 aa  182  8.000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3372  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.24 
 
 
587 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0303605  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4068  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.36 
 
 
632 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4180  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.36 
 
 
632 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4110  GTP-binding signal recognition particle  32.91 
 
 
447 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.963643  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1392  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.2 
 
 
615 aa  180  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.70556  normal  0.873856 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27900  flagellar biosynthesis protein  40.34 
 
 
758 aa  180  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0457594  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3821  GTP-binding signal recognition particle  37.9 
 
 
530 aa  180  5.999999999999999e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.236698 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0598  GTP-binding signal recognition particle  39.93 
 
 
548 aa  177  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06207  flagellar biosynthesis regulator FlhF  39.22 
 
 
551 aa  177  4e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.106259  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00959  flagellar biosynthesis regulator FlhF  39.22 
 
 
551 aa  177  4e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.136085  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5617  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.64 
 
 
804 aa  176  9e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.51958  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1747  flagellar biosynthesis regulator FlhF  31.04 
 
 
413 aa  170  4e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1864  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.13 
 
 
542 aa  169  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.625266  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1173  flagellar biosynthetic protein FlhF  35.65 
 
 
424 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.141847  normal  0.243928 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0427  GTP-binding signal recognition particle  30.88 
 
 
452 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2166  flagellar biosynthetic protein FlhF  36.52 
 
 
527 aa  164  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1247  flagellar biosynthesis regulator FlhF  39.43 
 
 
414 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1178  flagellar biosynthetic protein FlhF  37.76 
 
 
375 aa  162  1e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3445  GTP-binding signal recognition particle  31.57 
 
 
446 aa  162  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3285  GTP-binding signal recognition particle SRP54 G- domain  32.33 
 
 
441 aa  162  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3708  GTP-binding signal recognition particle  37.99 
 
 
479 aa  159  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0589  flagellar biosynthetic protein FlhF  29.48 
 
 
437 aa  158  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3766  GTP-binding signal recognition particle SRP54 G- domain  39.91 
 
 
468 aa  155  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3850  GTP-binding signal recognition particle SRP54 G- domain protein  39.91 
 
 
481 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000866601 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0930  GTP-binding signal recognition particle  36.59 
 
 
479 aa  153  8e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1161  flagellar GTP-binding protein  45.95 
 
 
419 aa  151  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1414  GTP-binding signal recognition particle SRP54 G- domain  28 
 
 
466 aa  150  6e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.37115 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3055  flagellar biosynthetic protein FlhF, putative  40.91 
 
 
441 aa  149  8e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0705  flagellar biosynthesis regulator FlhF  40.33 
 
 
438 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2152  GTP-binding signal recognition particle SRP54 G- domain protein  28.04 
 
 
372 aa  141  3e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0791  flagellar biosynthesis regulator FlhF  35.66 
 
 
392 aa  140  4.999999999999999e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0874551  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>