More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2613 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2613  ABC transporter-related protein  100 
 
 
299 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0139514 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2053  ABC transporter related  80.94 
 
 
299 aa  501  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0394425  normal  0.0287688 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2484  ABC transporter related  66.56 
 
 
301 aa  422  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.013646  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1615  ABC transporter-related protein  63.55 
 
 
301 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.183501  hitchhiker  0.00912591 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1800  ABC transporter related  61.39 
 
 
303 aa  391  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.503709  normal  0.72569 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2522  ABC transporter related  62.05 
 
 
303 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.575143  normal  0.64922 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1756  ABC transporter related  61.39 
 
 
303 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.55189  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1763  ABC transporter related  61.06 
 
 
303 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1642  ABC transporter related  61.36 
 
 
308 aa  390  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00844741  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1627  ABC transporter related  61.59 
 
 
302 aa  384  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0889533 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1620  ABC transporter related  62.25 
 
 
302 aa  387  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.479618  normal  0.235921 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1865  ABC transporter, ATP-binding protein  61.59 
 
 
302 aa  382  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1552  ABC transporter related  60.93 
 
 
302 aa  379  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1694  ABC transporter related  60.54 
 
 
299 aa  379  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2284  ABC transporter related  57.86 
 
 
298 aa  358  7e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.564058  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1969  ABC transporter, ATP-binding protein  56.62 
 
 
301 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0565682  normal  0.106232 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1770  ABC transporter related protein  29.37 
 
 
308 aa  154  1e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.471072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3372  bacitracin ABC transporter, ATP-binding protein  32.56 
 
 
331 aa  155  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000344616  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3707  bacitracin transport ATP-binding protein  32.45 
 
 
303 aa  154  1e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.713768  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3700  antibiotic ABC transporter, ATP-binding protein, putative  32.45 
 
 
331 aa  154  2e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3421  bacitracin transport ATP-binding protein  32.45 
 
 
331 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000149175  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3683  bacitracin transport ATP-binding protein  32.45 
 
 
303 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3773  bacitracin transport ATP-binding protein BcrA  32.45 
 
 
303 aa  152  8e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.379604  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3352  ABC transporter related  31.46 
 
 
303 aa  150  3e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0414725  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2142  ABC transporter, ATPase subunit  29.79 
 
 
311 aa  149  4e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.560639  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1542  bacitracin transport ATP-binding protein BcrA  32.12 
 
 
303 aa  149  4e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0283688 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0981  ABC transporter related  30.1 
 
 
325 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3073  ABC transporter related  29.1 
 
 
307 aa  146  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0461  ABC transporter related protein  34.08 
 
 
305 aa  147  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16870  putative ABC transporter ATP-binding protein  30.1 
 
 
307 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0781  ABC transporter, ATP-binding protein  31.17 
 
 
309 aa  145  8.000000000000001e-34  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13010  ABC transporter related  35.55 
 
 
310 aa  145  9e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0012  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  31.14 
 
 
308 aa  144  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0053  ABC-type multidrug transport system, ATPase component  34.02 
 
 
301 aa  144  2e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3169  ABC transporter, ATPase subunit  38.39 
 
 
250 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.386052  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0364  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  30.8 
 
 
334 aa  143  4e-33  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3286  ABC transporter-related protein  38.39 
 
 
250 aa  142  5e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.874938  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0791  ABC transporter related protein  36.7 
 
 
311 aa  142  5e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0013  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  31.14 
 
 
308 aa  142  6e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.516397  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3196  copper transport ATP-binding protein NosF  36.4 
 
 
298 aa  141  9.999999999999999e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.361058  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1800  ABC transporter related protein  29.22 
 
 
312 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2277  ABC transporter related  33.84 
 
 
293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3360  ABC transporter related  37.44 
 
 
250 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0003  ABC transporter related  34.98 
 
 
311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.445352  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0068  ATPase  28.52 
 
 
329 aa  141  1.9999999999999998e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1467  ABC transporter ATP-binding protein  30.13 
 
 
307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.282523  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0295  ABC transporter related  30.72 
 
 
315 aa  140  3e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1634  nodulation ABC transporter NodI  35.34 
 
 
304 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.770331  normal  0.764361 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4512  ABC transporter, ATPase subunit  33.66 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.16714  normal  0.549745 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2644  ABC transporter, ATPase subunit  30 
 
 
317 aa  139  6e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1172  ABC transporter related  38.1 
 
 
243 aa  139  6e-32  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0011  ABC transporter, ATP-binding protein  34.7 
 
 
308 aa  139  7e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0812  ABC transporter related protein  33.6 
 
 
301 aa  139  7.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3078  ABC transporter, ATP-binding protein  29.87 
 
 
314 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.437201  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0520  daunorubicin resistance ABC transporter, ATP-binding protein, putative  33.48 
 
 
316 aa  138  1e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0170038  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2623  ABC transporter related  31.52 
 
 
321 aa  138  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0222  hypothetical protein  29.24 
 
 
308 aa  138  1e-31  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.238657 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2058  ABC transporter, ATPase subunit  31.94 
 
 
291 aa  138  1e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0485  ABC transporter, ATP-binding protein  33.33 
 
 
301 aa  138  1e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1937  ABC transporter related  37.79 
 
 
322 aa  138  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2741  ABC transporter related protein  33.6 
 
 
297 aa  137  2e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.585521  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2366  ABC transporter related  34.6 
 
 
317 aa  137  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000796281  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0076  ABC transporter related  34.29 
 
 
257 aa  137  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3800  ABC transporter related  31.85 
 
 
310 aa  137  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0317923 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1117  ABC transporter related  30.67 
 
 
326 aa  137  2e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.222979  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0744  ABC transporter related  35.51 
 
 
332 aa  137  2e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0297534  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0215  ABC transporter-related protein  32.9 
 
 
310 aa  137  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.314538  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0013  daunorubicin resistance ABC transporter ATP-binding subunit  34.25 
 
 
308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.805584  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1019  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  37.02 
 
 
328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.35766  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1365  ABC transporter related  35.45 
 
 
313 aa  136  4e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2081  ABC transporter related protein  30.51 
 
 
310 aa  136  4e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0012  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  28.89 
 
 
308 aa  136  4e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2070  ABC transporter-related protein  30.47 
 
 
316 aa  136  5e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.894734  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2842  ATP-binding protein of ABC transporter  33.81 
 
 
317 aa  135  6.0000000000000005e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000492349  normal  0.269335 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1837  ABC transporter, ATPase subunit  34.4 
 
 
327 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000368839  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2859  ABC transporter related  36.41 
 
 
301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1484  nodulation ABC transporter NodI  27.24 
 
 
309 aa  135  8e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.374303  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29680  ABC-type multidrug transport system, ATPase component  36.49 
 
 
312 aa  135  8e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.619183  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1768  nodulation ABC transporter NodI  34.62 
 
 
304 aa  135  8e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.733108  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2057  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  32.88 
 
 
308 aa  135  8e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.690355  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1431  ABC transporter related  34.76 
 
 
316 aa  135  9e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0851  sodium extrusion protein NatA, putative  33.01 
 
 
298 aa  135  9e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0484534  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1501  ABC transporter  36.36 
 
 
313 aa  135  9e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18810  ABC-type multidrug transport system, ATPase component  34.25 
 
 
291 aa  135  9e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.222917 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3248  ABC transporter related  34.31 
 
 
235 aa  134  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.013922 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1780  multidrug ABC transporter  29.9 
 
 
337 aa  135  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1458  ABC transporter related  38.5 
 
 
290 aa  135  9.999999999999999e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.237048  normal  0.276078 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3423  ABC transporter related  31.45 
 
 
310 aa  134  9.999999999999999e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.00331391  normal  0.124939 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0361  ABC transporter related  37.84 
 
 
310 aa  135  9.999999999999999e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.764721 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_461  ABC-type transport system, ATPase component  33.79 
 
 
316 aa  135  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00512826  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2294  ABC transporter related  35.48 
 
 
306 aa  134  9.999999999999999e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05031  putative multidrug efflux ABC transporter  29.9 
 
 
337 aa  135  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.123969 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_755  ABC transproter, ATP-binding protein  32.06 
 
 
298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0604586  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5380  ABC transporter related protein  30 
 
 
322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0478769  normal  0.847068 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0222  daunorubicin resistance ABC transporter ATP-binding subunit  34.88 
 
 
330 aa  133  3e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.834743  normal  0.816705 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2457  nodulation ABC transporter NodI  32.86 
 
 
303 aa  133  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0229805  normal  0.246765 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04730  ABC transporter related  33.18 
 
 
306 aa  133  3e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000816769  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0496  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  33.33 
 
 
316 aa  134  3e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.516721  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2107  ABC transporter related protein  36.02 
 
 
287 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4207  ABC transporter related  34.39 
 
 
236 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>