49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2333 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2333  replication initiation regulator SeqA  100 
 
 		 180 aa  370  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0410571  hitchhiker  0.000239725 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2274  replication initiation regulator SeqA  78.69 
 
 		 179 aa  280  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00129565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2055  replication initiation regulator SeqA  67.93 
 
 		 202 aa  249  2e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.241153  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1921  replication initiation regulator SeqA  70.56 
 
 		 176 aa  247  6e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.585982  unclonable  0.00000206071 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2226  replication initiation regulator SeqA  67.26 
 
 		 180 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000294643  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4512  replication initiation regulator SeqA  67.26 
 
 		 180 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2239  replication initiation regulator SeqA  67.26 
 
 		 180 aa  229  2e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000611816  hitchhiker  0.000000000629682 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2145  replication initiation regulator SeqA  67.26 
 
 		 180 aa  229  2e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000724209  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2195  replication initiation regulator SeqA  67.26 
 
 		 180 aa  229  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000519176  unclonable  0.00000365361 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2135  replication initiation regulator SeqA  65.34 
 
 		 183 aa  228  3e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00104581  decreased coverage  0.00000741326 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2032  replication initiation regulator SeqA  65.34 
 
 		 183 aa  227  7e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000189513  hitchhiker  0.000121556 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1943  replication initiation regulator SeqA  65.34 
 
 		 183 aa  226  1e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000703292  hitchhiker  0.00169881 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1705  replication initiation regulator SeqA  64.84 
 
 		 191 aa  224  4e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0028436  normal  0.0239338 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2335  replication initiation regulator SeqA  64.33 
 
 		 183 aa  222  2e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1881  replication initiation regulator SeqA  63.58 
 
 		 185 aa  202  3e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000742914  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1914  replication initiation regulator SeqA  50 
 
 		 208 aa  189  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000265727  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1580  replication initiation regulator SeqA  46.19 
 
 		 200 aa  150  8.999999999999999e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01344  replication initiation regulator SeqA  38.92 
 
 		 180 aa  134  5e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004121  SeqA protein  37.78 
 
 		 180 aa  134  7.000000000000001e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000487396  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1986  replication initiation regulator SeqA  54.55 
 
 		 253 aa  122  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.117321  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1682  replication initiation regulator SeqA  38.04 
 
 		 177 aa  121  5e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000781212  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3120  replication initiation regulator SeqA  39.05 
 
 		 178 aa  121  5e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000215829  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2199  negative regulator of replication initiation  41.18 
 
 		 174 aa  118  4.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721906  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1211  replication initiation regulator SeqA  37.57 
 
 		 178 aa  118  6e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000726719  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1208  replication initiation regulator SeqA  38.58 
 
 		 204 aa  115  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1122  SeqA family protein  38.79 
 
 		 176 aa  112  3e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.43168  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0838  replication initiation regulator SeqA  36.72 
 
 		 180 aa  110  9e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1240  replication initiation regulator SeqA  37.5 
 
 		 179 aa  110  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000083221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1098  replication initiation regulator SeqA  37.2 
 
 		 175 aa  109  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.2385e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2934  SeqA family protein  36.53 
 
 		 179 aa  109  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1151  replication initiation regulator SeqA  37.2 
 
 		 175 aa  108  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000155499  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1202  replication initiation regulator SeqA  34.97 
 
 		 228 aa  108  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000402071  hitchhiker  0.000209881 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3573  replication initiation regulator SeqA  37.2 
 
 		 175 aa  107  1e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000151085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0805  replication initiation regulator SeqA  34.62 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000154437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0757  replication initiation regulator SeqA  34.62 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000179202  normal  0.272419 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0744  replication initiation regulator SeqA  34.62 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000288551  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0854  replication initiation regulator SeqA  34.62 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000027023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0818  replication initiation regulator SeqA  34.62 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000543337  normal  0.225006 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0563  replication initiation regulator SeqA  33.87 
 
 		 181 aa  105  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000098349  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0709  replication initiation regulator SeqA  33.87 
 
 		 181 aa  105  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101923  normal  0.345137 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2950  SeqA family protein  33.87 
 
 		 181 aa  105  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.58236e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2969  replication initiation regulator SeqA  33.87 
 
 		 181 aa  105  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000142813  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00635  hypothetical protein  33.87 
 
 		 181 aa  105  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000205585  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0715  replication initiation regulator SeqA  33.87 
 
 		 181 aa  105  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000619377  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0734  replication initiation regulator SeqA  33.87 
 
 		 181 aa  105  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.42631e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00644  regulatory protein for replication initiation  33.87 
 
 		 181 aa  105  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000370073  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0782  replication initiation regulator SeqA  33.33 
 
 		 181 aa  105  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000736728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02554  SeqA protein  44.44 
 
 		 272 aa  97.1  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0871258  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0878  regulatory protein for replication initiation in SeqA family protein  28.5 
 
 		 207 aa  77.4  0.00000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.553189  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>