28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2260 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2260  iron-regulated membrane protein-like protein  100 
 
 		 352 aa  723    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2360  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  79.26 
 
 		 353 aa  600  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.917069 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3238  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.12 
 
 		 359 aa  276  3e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2820  hypothetical protein  23.54 
 
 		 417 aa  69.3  0.00000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.172186  hitchhiker  0.0000164239 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3919  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  30.59 
 
 		 330 aa  59.7  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.666066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0028  PepSY-associated TM helix  23.16 
 
 		 362 aa  57.4  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.522005  normal  0.11263 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2775  PepSY-associated TM helix  23.68 
 
 		 393 aa  57  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.910277 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1115  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  25.33 
 
 		 718 aa  53.5  0.000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.95767  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2094  putative bifunctional protein: sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component; iron-uptake factor  23.66 
 
 		 372 aa  52.8  0.000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1911  hypothetical protein  27.78 
 
 		 426 aa  52.4  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.134613 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  25.87 
 
 		 405 aa  49.7  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  22.11 
 
 		 410 aa  49.3  0.00009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3213  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.75 
 
 		 739 aa  48.9  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1291  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.75 
 
 		 739 aa  48.9  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  24.55 
 
 		 388 aa  48.1  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3761  peptidase  24.88 
 
 		 484 aa  47.4  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3353  Propeptide PepSY amd peptidase M4  27.5 
 
 		 493 aa  47.8  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.765099  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4082  PepSY-associated TM helix domain protein  25.22 
 
 		 489 aa  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.16128  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0298  PepSY-associated TM helix family protein  21.66 
 
 		 374 aa  47.4  0.0004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0757143  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2830  PepSY-associated TM helix domain protein  26.07 
 
 		 507 aa  47.4  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.942277  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5389  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  24.23 
 
 		 732 aa  47.4  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1665  flavodoxin/nitric oxide synthase  21.63 
 
 		 732 aa  47  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.664708 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1511  hypothetical protein  24.19 
 
 		 432 aa  45.8  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0272  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  23.64 
 
 		 740 aa  45.4  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  21.83 
 
 		 371 aa  44.7  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  25.26 
 
 		 405 aa  43.9  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0233  oxidoreductase, FAD-binding, putative  22.3 
 
 		 734 aa  42.7  0.009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166526  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4424  peptidase  29.49 
 
 		 457 aa  42.7  0.01  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.523017 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>