More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2148 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2148  putative ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 327 aa  659    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249033  normal  0.497773 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1067  putative ABC transporter, permease protein  43.84 
 
 		 341 aa  296  3e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0721  ABC-2 type transporter  30.19 
 
 		 360 aa  155  8e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00179914  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_701  ABC transporter, permease protein  28.81 
 
 		 360 aa  150  3e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.222918  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0795  ABC transporter, permease protein  27.81 
 
 		 339 aa  132  6.999999999999999e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0125503  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0285  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  29.62 
 
 		 356 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4230  ABC-2 type transporter  26.5 
 
 		 375 aa  117  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0703  ABC-2 type transporter  24.93 
 
 		 363 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.422501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1548  ABC-2 type transporter  24.04 
 
 		 366 aa  100  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.299648  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5132  ABC-2 type transporter  21.97 
 
 		 358 aa  98.2  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.033585  normal  0.150856 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3101  ABC-2 type transporter  26.53 
 
 		 344 aa  96.7  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000558169  hitchhiker  0.0000121126 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5840  ABC-2 type transporter  23.9 
 
 		 367 aa  90.1  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.564028 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2584  ABC-2 type transporter  25.47 
 
 		 251 aa  82.8  0.000000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.369437  normal  0.0868823 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1654  hypothetical protein  32.02 
 
 		 261 aa  82  0.00000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5656  ABC-2 type transporter  23.96 
 
 		 359 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.78729  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6021  ABC-2 type transporter  23.96 
 
 		 359 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.679719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6131  ABC-2 type transporter  24.16 
 
 		 358 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862302  normal  0.0100987 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6512  ABC-2 type transporter  23.96 
 
 		 359 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.102415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_460  ABC-type transport system, permease component  24.53 
 
 		 365 aa  80.9  0.00000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.185192  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7430  ABC efflux pump, inner membrane subunit  24.23 
 
 		 359 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.104702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0094  ABC-2 type transporter  24.69 
 
 		 388 aa  80.1  0.00000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00282283  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0093  ABC-2 type transporter  23.42 
 
 		 356 aa  79.3  0.00000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.154072  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4560  ABC-2 type transporter  27.6 
 
 		 257 aa  78.6  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2429  ABC-2 type transporter  24.53 
 
 		 251 aa  77.8  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0140653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9333  hypothetical protein  27.49 
 
 		 244 aa  77.4  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.312033 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0552  ABC-2 type transporter  25.24 
 
 		 336 aa  77.4  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2079  ABC-2 type transporter  31.5 
 
 		 269 aa  75.9  0.0000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.524343  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0585  ABC-2 type transporter  25 
 
 		 371 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000556211 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0425  ABC-2 type transporter  23.92 
 
 		 366 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0495  ABC-2 type transporter  22.87 
 
 		 365 aa  73.6  0.000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2298  daunorubicin resistance ABC transporter membrane protein  33.33 
 
 		 264 aa  73.2  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.207913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0276  ABC-2 type transporter  23.25 
 
 		 348 aa  73.2  0.000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4363  ABC-2 type transporter  24.87 
 
 		 367 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1746  ABC efflux pump, inner membrane subunit  22.47 
 
 		 384 aa  72  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0249268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4746  ABC-type multidrug transport system permease component-like protein  30.15 
 
 		 232 aa  72  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.495874 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0553  ABC-2 type transporter  24.13 
 
 		 361 aa  71.2  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2816  putative ABC transporter, permease protein  24.44 
 
 		 339 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000326896 
 
 
-
 
NC_002936  DET0519  ABC transporter, permease protein, putative  25.16 
 
 		 365 aa  70.9  0.00000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.180275  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0057  ABC-2 type transporter  21.58 
 
 		 387 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06359  hypothetical protein  24.21 
 
 		 366 aa  70.5  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3695  ABC-2 type transporter  28.14 
 
 		 250 aa  70.9  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.869493  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0259  ABC transporter  21.3 
 
 		 365 aa  70.1  0.00000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.474488  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1721  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  21.58 
 
 		 380 aa  70.5  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.759741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2358  ABC-2 type transporter  25.24 
 
 		 376 aa  70.5  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1667  ABC-2 type transporter  27.27 
 
 		 238 aa  70.5  0.00000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0141124  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0539  ABC-2 type transporter  23.81 
 
 		 361 aa  70.1  0.00000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4162  ABC-2 type transporter  22.03 
 
 		 384 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80712  normal  0.28462 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0054  ABC-2 type transporter  21.58 
 
 		 388 aa  69.7  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0825  ABC-type multidrug transport system permease component-like protein  27.31 
 
 		 261 aa  69.3  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2920  ABC-2 type transporter  24.87 
 
 		 371 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.827824  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2544  ABC transporter, permease protein, putative  23.36 
 
 		 339 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0951215  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4327  ABC-2 type transporter  22.11 
 
 		 378 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0112  ABC-2 type transporter  25 
 
 		 372 aa  68.6  0.0000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0225544  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3689  ABC-2 type transporter  21.59 
 
 		 384 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.093618  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4310  ABC-2 type transporter  23.16 
 
 		 390 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0196  ABC-2 type transporter  31.11 
 
 		 247 aa  67.4  0.0000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.168445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2507  putative ABC transporter, permease protein  23.68 
 
 		 339 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001402  ABC-type multidrug transport system permease component  23.16 
 
 		 366 aa  67.8  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00590  ABC-2 type transport system hypothetical protein  22.67 
 
 		 380 aa  67  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0115211  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0165  hypothetical protein  20.53 
 
 		 381 aa  66.6  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147217  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1551  ABC-2 type transporter  21.32 
 
 		 373 aa  67  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2556  putative ABC transporter, permease protein  23.99 
 
 		 339 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.0674400000000004e-23 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2831  ABC-2 type transporter  21.32 
 
 		 373 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.335891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1515  ABC-2 type transporter  21.32 
 
 		 373 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2323  ABC transporter, permease  23.61 
 
 		 339 aa  66.6  0.0000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00174786  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1524  ABC-2 type transporter  21.32 
 
 		 373 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2365  ABC transporter permease  23.61 
 
 		 339 aa  66.2  0.0000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2542  ABC transporter permease  23.61 
 
 		 339 aa  66.2  0.0000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4201  ABC-2 type transporter  23.96 
 
 		 381 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1669  ABC-2 type transporter  22.29 
 
 		 347 aa  65.9  0.0000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3574  ABC transporter, permease protein  28.4 
 
 		 254 aa  65.5  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.426841  normal  0.115682 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1899  hypothetical protein  23.98 
 
 		 379 aa  65.5  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1422  ABC-2 type transporter  20.81 
 
 		 373 aa  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1758  ABC-2 type transporter  23.27 
 
 		 341 aa  65.5  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3539  ABC-2 type transporter  23.28 
 
 		 369 aa  65.1  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2056  export ABC transporter permease protein  23.95 
 
 		 379 aa  65.1  0.000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00520961  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6564  ABC-2 type transporter  26.4 
 
 		 375 aa  64.7  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0348  multidrug ABC transporter permease component  21.05 
 
 		 384 aa  64.3  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1707  ABC transporter, permease protein, putative  21.32 
 
 		 373 aa  63.9  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  22.65 
 
 		 376 aa  63.5  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1790  ABC-2 transporter component  21.21 
 
 		 371 aa  63.2  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.10213  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3245  multidrug ABC transporter, permease protein  24.46 
 
 		 250 aa  63.2  0.000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.234725  normal  0.0779856 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1265  ABC-type multidrug transport system, permease component  22.3 
 
 		 365 aa  63.2  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000431089  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0407  hypothetical protein  21.05 
 
 		 382 aa  62.8  0.000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10374  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0656  hypothetical protein  25.39 
 
 		 377 aa  62.8  0.000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00117213 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0458  ABC-2 type transporter  25.79 
 
 		 378 aa  63.2  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.108602 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2599  putative ABC transporter, permease protein  23.68 
 
 		 339 aa  62.8  0.000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2352  ABC-2 type transporter  22.48 
 
 		 339 aa  62.8  0.000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.229577  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1990  putative integral membrane transport protein  28.78 
 
 		 261 aa  62.4  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0786  ABC-2 type transporter  24.88 
 
 		 254 aa  62  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.585621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0062  ABC-2 type transporter  24.41 
 
 		 260 aa  62.4  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000566487  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0719  hypothetical protein  22.75 
 
 		 385 aa  62.4  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.348943  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  23.04 
 
 		 369 aa  62  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2850  ABC-2 type transporter  23.56 
 
 		 368 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146675  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0559  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  28.73 
 
 		 264 aa  61.2  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0150  ABC-2 type transporter  22.98 
 
 		 338 aa  61.2  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00776  hypothetical protein  23.56 
 
 		 368 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0814  ABC-2 type transporter, permease protein  23.56 
 
 		 368 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547864  normal  0.91145 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4202  ABC-2 type transporter  25.79 
 
 		 258 aa  61.2  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0856  ABC-2 type transporter, permease protein  23.56 
 
 		 368 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>