More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2108 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2108  fructose-2 6-bisphosphatase-like protein  100 
 
 
189 aa  389  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.317681  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2437  Phosphoglycerate mutase  39.16 
 
 
218 aa  97.1  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0172272 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0605  phosphoglycerate mutase  33.33 
 
 
220 aa  89.7  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.338062  normal  0.808152 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3358  Phosphoglycerate mutase  38.56 
 
 
207 aa  89  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0621  phosphoglycerate mutase family protein  32.8 
 
 
222 aa  88.6  5e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0771  Phosphoglycerate mutase  32.8 
 
 
222 aa  88.6  5e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12560  fructose-2,6-bisphosphatase  36.91 
 
 
203 aa  86.7  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.834883  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0579  phosphoglycerate mutase  32.8 
 
 
220 aa  85.9  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.763016  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2989  Phosphoglycerate mutase  37.04 
 
 
217 aa  86.3  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.30555e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2169  putative phosphoglycerate mutase  38.04 
 
 
208 aa  85.1  6e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.376393  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0202  phosphoglycerate mutase  32.8 
 
 
221 aa  84.7  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326215  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0685  phosphoglycerate mutase  32.8 
 
 
221 aa  84.7  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4091  phosphoglycerate mutase  37.58 
 
 
227 aa  84  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0420  phosphoglycerate mutase  44.57 
 
 
224 aa  84  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.104537 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1797  Phosphoglycerate mutase  37.66 
 
 
192 aa  84.3  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0652  phosphoglycerate mutase  32.28 
 
 
221 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.288396  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0074  Phosphoglycerate mutase  36.13 
 
 
210 aa  83.2  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.107325  normal  0.82394 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1503  Phosphoglycerate mutase  33.12 
 
 
211 aa  83.2  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4233  phosphoglycerate mutase  33.33 
 
 
213 aa  82.8  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555446  normal  0.270297 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0389  Phosphoglycerate mutase  34.67 
 
 
226 aa  82.8  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0252032  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0374  Phosphoglycerate mutase  34.67 
 
 
226 aa  82.8  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1144  phosphoglycerate mutase family protein  36.67 
 
 
193 aa  82  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.445332  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0752  phosphoglycerate mutase family protein  35.71 
 
 
213 aa  82  0.000000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1461  phosphoglycerate mutase  36.49 
 
 
212 aa  81.3  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0502  Phosphoglycerate mutase  34.62 
 
 
214 aa  81.3  0.000000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.309871  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0491  phosphoglycerate mutase  34.62 
 
 
214 aa  81.3  0.000000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.407616  normal  0.0732779 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3410  phosphoglycerate mutase 2  33.94 
 
 
229 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3771  phosphoglycerate mutase  32.8 
 
 
220 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3369  phosphoglycerate mutase family protein  33.94 
 
 
220 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3404  phosphoglycerate mutase family protein  33.94 
 
 
220 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1199  Phosphoglycerate mutase  35.86 
 
 
204 aa  79.7  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0613  phosphoglycerate mutase  33.33 
 
 
223 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.496101 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0972  Phosphoglycerate mutase  32.77 
 
 
215 aa  80.1  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1243  phosphoglycerate mutase, putative  31.63 
 
 
229 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.348551  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0816  phosphoglycerate mutase  32.2 
 
 
212 aa  79.3  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3348  Phosphoglycerate mutase  31.94 
 
 
223 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.27148  hitchhiker  0.000518506 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1908  phosphoglycerate mutase  34.19 
 
 
208 aa  78.6  0.00000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.393562  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0587  Phosphoglycerate mutase  31.82 
 
 
183 aa  78.6  0.00000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1608  Phosphoglycerate mutase  33.55 
 
 
243 aa  78.6  0.00000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.488896  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2350  phosphoglycerate mutase, putative  33.33 
 
 
229 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2529  putative phosphoglycerate mutase  33.33 
 
 
220 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0263  putative phosphoglycerate mutase  33.33 
 
 
220 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.947461  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1125  putative phosphoglycerate mutase  33.33 
 
 
220 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1699  phosphoglycerate mutase  34.39 
 
 
213 aa  77.4  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.812426  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2253  Phosphoglycerate mutase  32.63 
 
 
203 aa  77  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00114118  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0602  phosphoglycerate mutase  33.52 
 
 
218 aa  76.6  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.690788  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0239  phosphoglycerate mutase  31.69 
 
 
218 aa  77  0.0000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0556  phosphoglycerate mutase  30.27 
 
 
215 aa  76.6  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3088  alpha-ribazole phosphatase  33.7 
 
 
213 aa  76.3  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000263977  hitchhiker  0.00177034 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0580  Phosphoglycerate mutase  31.09 
 
 
221 aa  75.5  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4995  phosphoglycerate mutase  29.73 
 
 
215 aa  75.1  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.715455 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4909  phosphoglycerate mutase  29.73 
 
 
215 aa  75.1  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4836  phosphoglycerate mutase  29.73 
 
 
215 aa  75.1  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2324  phosphoglycerate mutase  37.88 
 
 
213 aa  75.1  0.0000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0703569 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4943  phosphoglycerate mutase  29.73 
 
 
215 aa  75.1  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4997  phosphoglycerate mutase  29.73 
 
 
215 aa  75.1  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2906  Phosphoglycerate mutase  32.89 
 
 
191 aa  75.1  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0508336  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5245  phosphoglycerate mutase  30.15 
 
 
249 aa  75.1  0.0000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.611969  normal  0.579785 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0114  Phosphoglycerate mutase  31.79 
 
 
210 aa  74.3  0.0000000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000110333  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0499  putative phosphoglycerate mutase 2 protein  42.39 
 
 
227 aa  73.9  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.725562  normal  0.192207 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0479  phosphoglycerate mutase  46.74 
 
 
229 aa  73.9  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.364165  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0707  phosphoglycerate mutase  32.28 
 
 
209 aa  73.2  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1238  phosphoglycerate mutase  30.9 
 
 
213 aa  73.2  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.754918  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1322  Phosphoglycerate mutase  31.54 
 
 
209 aa  72.4  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0398  Phosphoglycerate mutase  29.38 
 
 
209 aa  72.8  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.95004  normal  0.481126 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4362  Phosphoglycerate mutase  44.33 
 
 
230 aa  72  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.965352  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0234  Phosphoglycerate mutase  36.18 
 
 
181 aa  72.4  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.953882 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2558  phosphoglycerate mutase  31.58 
 
 
223 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.56106  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18180  fructose-2,6-bisphosphatase  31.08 
 
 
210 aa  72  0.000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.13343  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1779  phosphoglyceromutase  29.57 
 
 
246 aa  72  0.000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0241  phosphoglycerate mutase  30.72 
 
 
194 aa  72  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0911  Phosphoglycerate mutase  31.45 
 
 
214 aa  71.6  0.000000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1555  Phosphoglycerate mutase  30.77 
 
 
224 aa  71.6  0.000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1026  Phosphoglycerate mutase  33.93 
 
 
212 aa  71.2  0.000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.411321  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0578  phosphoglycerate mutase 1 family  31.52 
 
 
204 aa  71.2  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0100  phosphoglycerate mutase family protein  28.5 
 
 
207 aa  71.2  0.000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.124325  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1664  phosphoglycerate mutase  30.99 
 
 
225 aa  71.2  0.000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10497  phosphoglyceromutase  30.81 
 
 
249 aa  71.2  0.000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  9.07521e-44  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2651  phosphoglycerate mutase 1 family protein  35.59 
 
 
249 aa  71.2  0.000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0514  phosphoglycerate mutase  32.2 
 
 
224 aa  71.2  0.000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.575889  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04271  phosphoglycerate mutase  28.26 
 
 
215 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3602  Phosphoglycerate mutase  28.26 
 
 
215 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4631  phosphoglycerate mutase  28.26 
 
 
215 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2698  phosphoglycerate mutase  33.16 
 
 
220 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.32804  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2451  phosphoglycerate mutase  32.98 
 
 
207 aa  70.9  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.590939  normal  0.0803681 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2787  Phosphoglycerate mutase  32.9 
 
 
220 aa  70.9  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4995  phosphoglycerate mutase  28.26 
 
 
215 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0628  phosphoglycerate mutase  31.48 
 
 
200 aa  70.5  0.00000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000021297  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0078  phosphoglycerate mutase family protein  28.5 
 
 
207 aa  70.9  0.00000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.570626  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5911  phosphoglycerate mutase  28.26 
 
 
215 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4947  phosphoglycerate mutase  28.26 
 
 
215 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04236  hypothetical protein  28.26 
 
 
215 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2249  Phosphoglycerate mutase  32.45 
 
 
234 aa  70.5  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3661  phosphoglycerate mutase  28.26 
 
 
215 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0330  phosphoglycerate mutase  30.87 
 
 
233 aa  70.5  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.843644 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0528  phosphoglycerate mutase  28.8 
 
 
216 aa  70.5  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0659  phosphoglycerate mutase  27.37 
 
 
248 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4944  phosphoglycerate mutase  28.26 
 
 
215 aa  70.1  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0672  phosphoglycerate mutase  27.37 
 
 
248 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.628952 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2039  phosphoglycerate mutase  28.5 
 
 
214 aa  70.1  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>