71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2105 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2105  hypothetical protein  100 
 
 		 408 aa  836    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0694  FMN-binding domain protein  28.14 
 
 		 391 aa  144  4e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0738  FMN-binding domain protein  26.88 
 
 		 392 aa  127  3e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000701173  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4220  FMN-binding domain protein  26.71 
 
 		 480 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000416896  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0717  FMN-binding domain protein  26.57 
 
 		 393 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0237  transcriptional regulator, putative  28.71 
 
 		 406 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.130282  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1638  FMN-binding domain protein  27.67 
 
 		 373 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000487572  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2342  FMN-binding domain protein  25.91 
 
 		 453 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.607847  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2869  FMN-binding domain protein  27.51 
 
 		 382 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00242086  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3767  sulfite reductase alpha subunit (flavoprotein)-like protein  28.16 
 
 		 969 aa  109  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0310  transcriptional regulator, putative  23.68 
 
 		 572 aa  101  2e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1480  membrane bound regulatory protein, VcrC-like protein  26.83 
 
 		 399 aa  100  4e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1289  membrane-bound regulatory protein  24.32 
 
 		 389 aa  99.8  8e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1344  hypothetical protein  26.7 
 
 		 383 aa  99.8  8e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.024992  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1598  transcriptional regulator, putative  26.1 
 
 		 396 aa  99.4  1e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00672193  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0698  FMN-binding domain protein  24.2 
 
 		 360 aa  99.4  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.911747  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1343  FMN-binding domain-containing protein  23.88 
 
 		 397 aa  97.1  5e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.000000579258  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1596  transcriptional regulator, putative  25.26 
 
 		 397 aa  95.5  2e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000252282  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2622  FMN-binding domain protein  26.98 
 
 		 321 aa  92.8  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1479  membrane bound regulatory protein, VcrC-like protein  24.42 
 
 		 397 aa  91.3  3e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00732489  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1623  membrane bound regulatory protein, putative  25.97 
 
 		 396 aa  90.5  5e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2339  FMN-binding domain protein  24.09 
 
 		 638 aa  65.5  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2032  hypothetical protein  31.45 
 
 		 466 aa  49.3  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5534  polyferredoxin-like  31.45 
 
 		 465 aa  49.3  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2123  polyferredoxin-like protein  31.45 
 
 		 465 aa  49.3  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.334313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2230  polyferredoxin-like protein  31.45 
 
 		 465 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1924  nitrogen fixation protein VnfA  31.45 
 
 		 466 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1071  polyferredoxin-like protein  29.84 
 
 		 465 aa  49.3  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2244  polyferredoxin-like protein  31.45 
 
 		 465 aa  49.3  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0911  hypothetical protein  31.45 
 
 		 466 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0511  hypothetical protein  31.45 
 
 		 466 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0609  hypothetical protein  31.45 
 
 		 466 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.398547  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0884  hypothetical protein  31.45 
 
 		 466 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1743  hypothetical protein  31.45 
 
 		 466 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0676107  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0011  hypothetical protein  31.45 
 
 		 466 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.789618  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3079  FMN-binding domain-containing protein  25.27 
 
 		 714 aa  47.8  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1482  FMN-binding domain-containing protein  21.29 
 
 		 886 aa  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5871  polyferredoxin-like  30.65 
 
 		 465 aa  47.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2206  polyferredoxin-like protein  30.65 
 
 		 465 aa  47.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3181  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  26.13 
 
 		 687 aa  47.4  0.0005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.333663  normal  0.835049 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4220  FMN-binding domain-containing protein  25.81 
 
 		 726 aa  46.6  0.0008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0652  electron transport complex, RnfABCDGE type, G subunit  29.21 
 
 		 580 aa  46.6  0.0009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.200112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1083  electron transport complex, RnfABCDGE type, G subunit  29.21 
 
 		 368 aa  46.6  0.0009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0590058 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1400  putative nitrogen fixation protein VnfA  29.03 
 
 		 464 aa  45.8  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.11103  normal  0.0950642 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2414  FMN-binding domain-containing protein  19.85 
 
 		 699 aa  45.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1954  putative nitrogen fixation protein VnfA  30.65 
 
 		 469 aa  45.1  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.285515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1535  FMN-binding domain protein  23.48 
 
 		 704 aa  45.4  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3149  putative nitrogen fixation protein VnfA  29.84 
 
 		 468 aa  45.1  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.604637  normal  0.573755 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4916  putative transmembrane regulatory protein nosR  23.59 
 
 		 872 aa  44.7  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00666033 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1334  FMN-binding domain-containing protein  23.5 
 
 		 705 aa  44.7  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.461369 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2263  transcription regulator NosR  22.38 
 
 		 710 aa  44.7  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2486  FMN-binding domain-containing protein  23.86 
 
 		 681 aa  44.7  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2123  regulatory protein NosR  22.38 
 
 		 710 aa  44.7  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.156749  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20230  regulatory protein NosR  26.28 
 
 		 715 aa  44.3  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.578726 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2317  regulatory protein nosR, putative  24.76 
 
 		 713 aa  44.3  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.980481  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0601  aminoglycoside phosphotransferase-like protein  24.81 
 
 		 431 aa  43.9  0.005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0545044 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1073  FMN-binding domain-containing protein  22.53 
 
 		 712 aa  43.5  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.537433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2563  FMN-binding domain protein  23.77 
 
 		 714 aa  43.5  0.007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.132297  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0987  regulatory protein nosR, putative  21.74 
 
 		 710 aa  43.5  0.007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.375953  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2637  FMN-binding domain-containing protein  23.89 
 
 		 758 aa  43.5  0.007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1108  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.24 
 
 		 357 aa  43.1  0.008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000240222  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01002  hypothetical protein  28.24 
 
 		 357 aa  43.1  0.008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.682335  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1102  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.24 
 
 		 357 aa  43.1  0.008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00995  predicted 4Fe-4S membrane protein  28.24 
 
 		 357 aa  43.1  0.008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1228  4Fe-4S binding domain protein  28.24 
 
 		 357 aa  43.1  0.009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00146315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4868  FMN-binding domain protein  22.14 
 
 		 701 aa  43.1  0.009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.0739563 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1059  FMN-binding domain protein  22.07 
 
 		 873 aa  43.1  0.009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.602709  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2068  regulatory protein NosR  21.74 
 
 		 710 aa  43.1  0.009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.927633  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2322  4Fe-4S binding domain protein  28.24 
 
 		 357 aa  42.7  0.01  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2603  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.24 
 
 		 357 aa  42.7  0.01  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.31548 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3961  regulatory protein, putative  23.03 
 
 		 743 aa  43.1  0.01  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0857472 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>