33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2092 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2092  ABC cobalt transporter, periplasmic binding protein CbiN  100 
 
 
256 aa  530  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0064068  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6168  ABC cobalt transporter periplasmic binding protein CbiN  40.6 
 
 
256 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.651315  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3946  ABC cobalt transporter, periplasmic binding protein CbiN  40.52 
 
 
256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1364  putative lipoprotein  37.8 
 
 
252 aa  180  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1320  putative lipoprotein  37.8 
 
 
252 aa  180  2e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0558  ABC-type Co2+ transport system, periplasmic component  36.65 
 
 
248 aa  176  4e-43  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0545  ABC-type Co2+ transport system, periplasmic component  33.33 
 
 
252 aa  167  1e-40  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3501  putative lipoprotein  33.76 
 
 
265 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1952  ABC-type Co2+ transport system, periplasmic component  33.2 
 
 
274 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21038  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0170  ABC-type Co2+ transport system, periplasmic component  33.89 
 
 
251 aa  162  4.0000000000000004e-39  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1345  hypothetical protein  33.21 
 
 
283 aa  154  2e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000531806  unclonable  0.00000125757 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1134  hypothetical protein  31.18 
 
 
267 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.370568 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0755  Nickel transport complex, NikM subunit, transmembrane  34.8 
 
 
256 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.995415  normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3109  hypothetical protein  35.86 
 
 
256 aa  146  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000053036  normal  0.378457 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2023  hypothetical protein  31.47 
 
 
257 aa  146  3e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000011532  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3139  hypothetical protein  32.8 
 
 
256 aa  143  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0540  hypothetical protein  34 
 
 
260 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1189  hypothetical protein  34.35 
 
 
272 aa  137  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000903745  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1470  hypothetical protein  30.54 
 
 
256 aa  131  9e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.225358  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0648  hypothetical protein  32.74 
 
 
274 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.101939  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2859  hypothetical protein  32.68 
 
 
262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1551  Nickel transport complex, NikM subunit, transmembrane  29.75 
 
 
273 aa  125  9e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0798681  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3141  hypothetical protein  30.5 
 
 
266 aa  116  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000239033  normal  0.525035 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1958  hypothetical protein  31.25 
 
 
264 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3437  hypothetical protein  29.64 
 
 
248 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.626283  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1734  hypothetical protein  30.37 
 
 
379 aa  96.7  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00120517  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2061  hypothetical protein  27.92 
 
 
337 aa  69.7  0.00000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00336712  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2058  hypothetical protein  24.82 
 
 
272 aa  68.2  0.0000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00309016  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2815  hypothetical protein  29.52 
 
 
270 aa  49.3  0.00006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3635  hypothetical protein  23.66 
 
 
266 aa  47.8  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5638  hypothetical protein  25 
 
 
277 aa  45.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5213  hypothetical protein  26.42 
 
 
274 aa  44.7  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3728  hypothetical protein  26.92 
 
 
271 aa  43.5  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.200413 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>