More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1872 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01656  predicted FAD-linked oxidoreductase  56.9 
 
 
1018 aa  1220    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1955  FAD linked oxidase domain protein  56.9 
 
 
1018 aa  1219    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.181771  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1903  oxidoreductase, FAD-binding  56.9 
 
 
1018 aa  1220    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.610317  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2480  FAD linked oxidase domain-containing protein  76.78 
 
 
1013 aa  1667    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4493  FAD linked oxidase domain protein  47.16 
 
 
1006 aa  910    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0818  hypothetical protein  57.94 
 
 
1021 aa  1237    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.103467  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2596  hypothetical protein  56.85 
 
 
1018 aa  1219    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1944  FAD linked oxidase domain-containing protein  57 
 
 
1018 aa  1219    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000150005 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2998  FAD binding protein  56.34 
 
 
1069 aa  1235    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.786672  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2176  FAD linked oxidase domain-containing protein  56.92 
 
 
1018 aa  1221    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0114816 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1550  FAD linked oxidase domain-containing protein  80.82 
 
 
1026 aa  1744    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.273909  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2242  FAD linked oxidase domain-containing protein  77.59 
 
 
1013 aa  1676    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2643  oxidoreductase, FAD-binding, putative  77.49 
 
 
1013 aa  1679    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2805  oxidoreductase, FAD-binding, putative  45.51 
 
 
1015 aa  889    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2755  FAD linked oxidase domain protein  57.67 
 
 
1017 aa  1230    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.190253  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3782  FAD linked oxidase domain-containing protein  46.87 
 
 
1005 aa  909    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000105727 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2714  FAD linked oxidase domain-containing protein  84.11 
 
 
1023 aa  1814    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.488036  normal  0.0122015 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1768  oxidoreductase, FAD-binding  56.9 
 
 
1018 aa  1220    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1604  hypothetical protein  42.51 
 
 
966 aa  796    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2533  FAD linked oxidase, C-terminal:FAD linked oxidase, N-terminal  46.2 
 
 
1015 aa  894    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.799372 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4607  FAD linked oxidase domain-containing protein  47.22 
 
 
1017 aa  918    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.173184  normal  0.281232 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3570  FAD linked oxidase domain-containing protein  46.43 
 
 
1027 aa  907    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.824304  normal  0.375577 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2062  FAD linked oxidase  57.17 
 
 
1010 aa  1224    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1691  FAD linked oxidase domain protein  57.28 
 
 
1019 aa  1234    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.572774  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001538  Fe-S oxidoreductase  55.33 
 
 
1015 aa  1180    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1496  FAD linked oxidase  56.61 
 
 
1018 aa  1205    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.237885  hitchhiker  0.00132557 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2600  FAD linked oxidase domain-containing protein  77.17 
 
 
1013 aa  1676    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.575227  normal  0.0164973 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0362  FAD linked oxidase domain protein  44.15 
 
 
1006 aa  900    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3281  FAD linked oxidase-like  46.74 
 
 
1009 aa  915    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.539054  normal  0.121942 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2402  oxidoreductase, FAD-binding  56.81 
 
 
1018 aa  1217    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0186702 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7704  FAD linked oxidase  46.87 
 
 
1017 aa  892    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.986449 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5622  FAD linked oxidase domain-containing protein  44.71 
 
 
1020 aa  823    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45368  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2453  FAD linked oxidase domain protein  57.77 
 
 
1017 aa  1243    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.999389  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0369  FAD linked oxidase domain protein  44.28 
 
 
1002 aa  902    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5809  FAD linked oxidase domain-containing protein  46.98 
 
 
1017 aa  920    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1888  oxidoreductase, FAD-binding  56.81 
 
 
1018 aa  1216    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1739  oxidase, FAD binding  56.95 
 
 
1018 aa  1221    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2060  FAD linked oxidase  38.72 
 
 
978 aa  657    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.717631  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8623  FAD linked oxidase domain protein  44.16 
 
 
1067 aa  841    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1807  FAD linked oxidase  56.7 
 
 
1018 aa  1208    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.354547  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003726  Fe-S oxidoreductase  57.56 
 
 
1011 aa  1228    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000740961  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2371  electron transport complex, RnfABCDGE type, G subunit  46.49 
 
 
1024 aa  941    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.475276  normal  0.254542 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2718  FAD linked oxidase-like  45.78 
 
 
1010 aa  914    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.400601 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1659  FAD linked oxidase domain protein  57.1 
 
 
1021 aa  1229    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.370272  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1747  FAD linked oxidase domain-containing protein  56.89 
 
 
1018 aa  1224    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00186842 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2008  FAD linked oxidase-like protein  74.16 
 
 
1016 aa  1607    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.180059  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6081  FAD linked oxidase domain-containing protein  45.34 
 
 
1023 aa  880    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8323  FAD linked oxidase domain protein  45.73 
 
 
1022 aa  872    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4140  FAD linked oxidase domain-containing protein  45.84 
 
 
1017 aa  866    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5785  FAD linked oxidase-like  46.18 
 
 
1018 aa  903    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1746  FAD linked oxidase-like  56.29 
 
 
1013 aa  1221    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02063  hypothetical protein  57.73 
 
 
1011 aa  1233    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1044  hypothetical protein  52.52 
 
 
1031 aa  1135    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1593  FAD linked oxidase domain-containing protein  77.87 
 
 
1013 aa  1679    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.125155  normal  0.43288 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1668  FAD linked oxidase domain-containing protein  77.37 
 
 
1013 aa  1671    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.157229  hitchhiker  0.00241785 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1872  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  100 
 
 
1019 aa  2116    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000561674 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2296  FAD linked oxidase domain-containing protein  75.17 
 
 
1023 aa  1634    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1509  oxidoreductase, FAD-binding  56.71 
 
 
1018 aa  1215    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.784999  hitchhiker  0.0000155929 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1419  FAD linked oxidase domain-containing protein  47.06 
 
 
1006 aa  909    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.184545  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1845  FAD linked oxidase domain-containing protein  56.95 
 
 
1018 aa  1220    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6039  FAD linked oxidase domain-containing protein  47.02 
 
 
1017 aa  919    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.549592 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1978  FAD linked oxidase  56.51 
 
 
1018 aa  1207    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000994047 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3999  FAD linked oxidase domain-containing protein  47.62 
 
 
1006 aa  912    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00316797 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6630  FAD linked oxidase domain-containing protein  46.58 
 
 
1018 aa  905    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6150  FAD linked oxidase domain-containing protein  46.18 
 
 
1018 aa  903    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.577395 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1477  FAD linked oxidase domain protein  56.71 
 
 
1018 aa  1206    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000065688 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1864  FAD linked oxidase domain protein  77.17 
 
 
1013 aa  1677    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.23854  hitchhiker  0.000000575821 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1737  FAD linked oxidase domain-containing protein  77.3 
 
 
1013 aa  1675    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.187765  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1461  FAD linked oxidase domain protein  56.81 
 
 
1018 aa  1209    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.236754 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2161  FAD linked oxidase domain-containing protein  47.21 
 
 
1024 aa  994    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.126356 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5319  FAD linked oxidase domain protein  43.63 
 
 
1012 aa  849    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2071  oxidoreductase, FAD-binding, putative  73.84 
 
 
1007 aa  1578    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.999206 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2487  FAD linked oxidase domain-containing protein  76.98 
 
 
1013 aa  1673    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1450  FAD linked oxidase domain-containing protein  55.74 
 
 
1014 aa  1175    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01645  hypothetical protein  56.9 
 
 
1018 aa  1220    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2548  FAD linked oxidase domain-containing protein  78.68 
 
 
1016 aa  1726    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2316  FAD linked oxidase-like protein  51.1 
 
 
1091 aa  526  1e-148  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0331253  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3858  FAD linked oxidase domain-containing protein  30.49 
 
 
978 aa  444  1e-123  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.738511  hitchhiker  0.000383652 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0560  FAD linked oxidase domain-containing protein  30.35 
 
 
976 aa  438  1e-121  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.389138  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3077  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  28.93 
 
 
991 aa  431  1e-119  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4725  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  28.8 
 
 
976 aa  418  9.999999999999999e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.881602  hitchhiker  0.000909988 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0457  FAD linked oxidase domain protein  28.6 
 
 
1014 aa  418  9.999999999999999e-116  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.873167  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3429  oxidoreductase  29.67 
 
 
975 aa  413  1e-114  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2417  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  29.6 
 
 
977 aa  409  1.0000000000000001e-112  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5063  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  28.86 
 
 
1009 aa  400  1e-109  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.424632  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4692  FAD linked oxidase domain protein  28.3 
 
 
996 aa  388  1e-106  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0507445  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2991  FAD linked oxidase-like  29.55 
 
 
1013 aa  384  1e-105  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.207062 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2375  FAD linked oxidase-like protein  28.49 
 
 
952 aa  381  1e-104  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4811  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  28.73 
 
 
971 aa  379  1e-103  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3155  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  28.81 
 
 
983 aa  379  1e-103  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3126  FAD linked oxidase domain-containing protein  28.56 
 
 
962 aa  374  1e-102  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6956  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  28.96 
 
 
1007 aa  375  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0843  FAD linked oxidase domain-containing protein  28.11 
 
 
1011 aa  375  1e-102  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.505983 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0464  hypothetical protein  27.88 
 
 
984 aa  371  1e-101  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3764  FAD linked oxidase domain protein  27.47 
 
 
1070 aa  373  1e-101  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0200676  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2547  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  27.45 
 
 
1023 aa  370  1e-101  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.846231  normal  0.179542 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2129  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  29.72 
 
 
968 aa  372  1e-101  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702869  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1924  FAD linked oxidase-like  28.15 
 
 
967 aa  367  1e-100  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0600  FAD linked oxidase domain-containing protein  28.15 
 
 
1025 aa  367  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2768  FAD linked oxidase domain protein  29.29 
 
 
974 aa  369  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834372  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>