94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1715 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_2454  hypothetical protein  65.79 
 
 		 513 aa  649    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000219916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1563  hypothetical protein  81.58 
 
 		 522 aa  780    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.150626 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1557  hypothetical protein  79.73 
 
 		 522 aa  786    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.750418  normal  0.28282 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1502  hypothetical protein  72.94 
 
 		 520 aa  753    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.342277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2386  hypothetical protein  78.35 
 
 		 509 aa  741    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.416992  normal  0.0308106 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2374  hypothetical protein  81.3 
 
 		 492 aa  779    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2448  hypothetical protein  65.59 
 
 		 513 aa  649    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000669935  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2592  hypothetical protein  65.79 
 
 		 513 aa  649    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000045044  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1715  hypothetical protein  100 
 
 		 513 aa  1019    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000685021 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1678  hypothetical protein  81.15 
 
 		 514 aa  802    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.113687  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1354  hypothetical protein  65.59 
 
 		 492 aa  642    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000651661  normal  0.856488 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1358  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  65.79 
 
 		 492 aa  643    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000126812  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2876  hypothetical protein  85.38 
 
 		 513 aa  868    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586434 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2674  hypothetical protein  64.99 
 
 		 513 aa  643    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000012139  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2525  hypothetical protein  63.13 
 
 		 506 aa  635    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.449872 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2580  hypothetical protein  63.13 
 
 		 506 aa  635    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.138083  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2568  hypothetical protein  63.13 
 
 		 506 aa  635    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.801671 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2480  hypothetical protein  63.13 
 
 		 506 aa  635    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.434803  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3438  hypothetical protein  65.79 
 
 		 513 aa  650    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000568736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02183  hypothetical protein  65.59 
 
 		 506 aa  648    Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000257833  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000044  membrane protein  71.54 
 
 		 491 aa  704    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1496  hypothetical protein  79.53 
 
 		 522 aa  783    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0734371 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02223  predicted inner membrane protein  65.59 
 
 		 506 aa  648    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000247482  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2688  hypothetical protein  62.93 
 
 		 506 aa  632  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.831014 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0199  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  54.91 
 
 		 505 aa  571  1e-161  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1005  hypothetical protein  55.86 
 
 		 502 aa  554  1e-156  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2048  hypothetical protein  49.39 
 
 		 481 aa  475  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0776324  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2000  hypothetical protein  48.98 
 
 		 481 aa  473  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0420164  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2339  hypothetical protein  49.19 
 
 		 481 aa  474  1e-132  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00278972  normal  0.0466746 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1985  hypothetical protein  48.37 
 
 		 481 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2392  hypothetical protein  47.51 
 
 		 484 aa  427  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.294283 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1853  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  35.76 
 
 		 461 aa  278  1e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.00000000000744962  normal  0.0199441 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0766  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  34.77 
 
 		 477 aa  261  2e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.607983  normal  0.276485 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1145  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  32.73 
 
 		 464 aa  253  5.000000000000001e-66  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.400945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2668  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  35.77 
 
 		 460 aa  249  1e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0553  C4-dicarboxylate anaerobic carrier dcuC  28.87 
 
 		 512 aa  231  3e-59  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  7.693670000000001e-19 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1836  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  31.24 
 
 		 517 aa  219  1e-55  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4261  C4-dicarboxylate anaerobic carrier-like protein  30.6 
 
 		 460 aa  218  2e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4645  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  32.29 
 
 		 477 aa  215  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2242  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  31.1 
 
 		 478 aa  209  1e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.354885  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0431  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  33.73 
 
 		 482 aa  208  2e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.73068  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2124  hypothetical protein  29.61 
 
 		 517 aa  208  2e-52  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2353  hypothetical protein  30.16 
 
 		 521 aa  207  4e-52  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0449  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  30.22 
 
 		 467 aa  207  5e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.935589  normal  0.0170379 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1143  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  29.47 
 
 		 484 aa  206  8e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.171784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01760  hypothetical protein  31.08 
 
 		 500 aa  205  1e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4846  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  30.46 
 
 		 467 aa  203  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4716  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  30.25 
 
 		 467 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.226613  normal  0.397486 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4866  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  30.25 
 
 		 467 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4810  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  30.25 
 
 		 467 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4747  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  30.25 
 
 		 467 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1974  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  31.45 
 
 		 468 aa  201  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1254  hypothetical protein  29.72 
 
 		 518 aa  200  3.9999999999999996e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.111433  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1229  hypothetical protein  29.72 
 
 		 518 aa  200  3.9999999999999996e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.941876  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00830  predicted membrane protein  30.31 
 
 		 520 aa  199  1.0000000000000001e-49  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1568  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  29.18 
 
 		 528 aa  196  1e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.313123  normal  0.0213036 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1054  C4-dicarboxylate anaerobic carrier family protein  30.04 
 
 		 502 aa  193  5e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.544295  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1242  putatve dicarboxylate transporter  29.56 
 
 		 502 aa  189  9e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0072618  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04550  predicted membrane protein  30.72 
 
 		 528 aa  187  3e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3322  putative transporter  26.72 
 
 		 476 aa  181  4e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.871023  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1908  putative transporter  26.52 
 
 		 476 aa  179  7e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1000  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  31.17 
 
 		 497 aa  178  2e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0219424  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1927  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  29.44 
 
 		 508 aa  178  2e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.148371  normal  0.0894208 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3048  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  27.13 
 
 		 476 aa  177  3e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0103079  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3342  putative transporter  26.57 
 
 		 476 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00045821  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3342  putative transporter  26.67 
 
 		 476 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3123  transporter  26.67 
 
 		 476 aa  174  5e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000866663  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3369  transporter  26.67 
 
 		 476 aa  174  5e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3013  transporter  27.27 
 
 		 476 aa  173  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000189205  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3328  transporter, putative  26.52 
 
 		 476 aa  173  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.162731  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1891  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  27.52 
 
 		 464 aa  169  1e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1835  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  27.63 
 
 		 492 aa  162  2e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0184  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  27.8 
 
 		 484 aa  160  6e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0282  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  27.93 
 
 		 496 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2707  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  25.48 
 
 		 504 aa  146  8.000000000000001e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1545  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  25.69 
 
 		 505 aa  146  1e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0990  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  25.71 
 
 		 512 aa  137  7.000000000000001e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1825  C4-dicarboxylate anaerobic carrier family protein  27.22 
 
 		 520 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0398  C4-dicarboxylate anaerobic carrier family protein  27.22 
 
 		 510 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0496  C4-dicarboxylate anaerobic carrier family protein  29.55 
 
 		 504 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.774369  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5568  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  25.64 
 
 		 477 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.262721  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0815  hypothetical protein  27.73 
 
 		 462 aa  132  1.0000000000000001e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000488544  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0812  C4-dicarboxylate anaerobic carrier family protein  26.56 
 
 		 492 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.371887  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1478  C4-dicarboxylate anaerobic carrier family protein  26.54 
 
 		 470 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2129  C4-dicarboxylate anaerobic carrier family protein  26.56 
 
 		 495 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2491  hypothetical protein  33.45 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0056  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  33.45 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl015  arginine-ornithine APC transporter  25.51 
 
 		 521 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1946  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  30.32 
 
 		 536 aa  99  2e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.185929  normal  0.387022 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0803  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  24.17 
 
 		 588 aa  88.2  3e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0091  transporter, putative  25.71 
 
 		 489 aa  77.4  0.0000000000006  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1137  short chain fatty acid transporter  37.23 
 
 		 462 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.534367 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1352  AbgT putative transporter  32.05 
 
 		 519 aa  44.7  0.004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000127247  normal  0.0238452 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0537  AbgT putative transporter  33.93 
 
 		 529 aa  44.7  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.121882  normal  0.78057 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>