53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1616 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1616  hypothetical protein  100 
 
 
238 aa  488  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200247  decreased coverage  0.000000163604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3039  hypothetical protein  81.93 
 
 
238 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0172868  normal  0.01799 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2438  hypothetical protein  74.79 
 
 
236 aa  375  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000355318  hitchhiker  0.00106606 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2472  hypothetical protein  69.75 
 
 
238 aa  361  7.0000000000000005e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000142  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3101  hypothetical protein  69.75 
 
 
238 aa  359  2e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2793  hypothetical protein  68.07 
 
 
238 aa  354  5e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000363399  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2773  hypothetical protein  68.07 
 
 
238 aa  355  5e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000968246  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1585  protein of unknown function DUF541  68.07 
 
 
238 aa  354  5.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000124406  hitchhiker  0.000000000106275 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1448  hypothetical protein  68.07 
 
 
250 aa  352  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000347149  unclonable  0.0000000000712925 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1395  hypothetical protein  67.65 
 
 
238 aa  352  4e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000811634  unclonable  0.0000000000143355 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1460  hypothetical protein  67.65 
 
 
238 aa  352  4e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000634241  unclonable  0.0000276255 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2868  hypothetical protein  67.23 
 
 
238 aa  351  5e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000991605  normal  0.689534 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2180  hypothetical protein  65.13 
 
 
238 aa  332  3e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000267555  normal  0.0119048 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2080  protein of unknown function DUF541  54.39 
 
 
239 aa  271  7e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0404396  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2154  hypothetical protein  52.3 
 
 
239 aa  262  3e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1910  protein of unknown function DUF541  51.05 
 
 
239 aa  248  6e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0087  hypothetical protein  50.63 
 
 
239 aa  246  2e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1140  hypothetical protein  50.42 
 
 
241 aa  245  4e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.114572 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2109  protein of unknown function DUF541  55.09 
 
 
228 aa  244  9.999999999999999e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.184422 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2412  hypothetical protein  48.71 
 
 
245 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.377805  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2104  hypothetical protein  47.7 
 
 
239 aa  230  1e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00837  hypothetical protein  46.44 
 
 
239 aa  228  9e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001628  putative periplasmic protein  46.86 
 
 
239 aa  226  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1109  hypothetical protein  49.35 
 
 
262 aa  225  5.0000000000000005e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2301  hypothetical protein  48.12 
 
 
238 aa  216  2e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03216  hypothetical protein  44.4 
 
 
247 aa  203  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000893493  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0033  hypothetical protein  45.85 
 
 
233 aa  199  3e-50  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0072  hypothetical protein  44.98 
 
 
233 aa  194  7e-49  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0108792  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0048  hypothetical protein  44.98 
 
 
253 aa  194  7e-49  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.411196  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0569  protein of unknown function DUF541  40.26 
 
 
241 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0339808  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1426  hypothetical protein  39.73 
 
 
237 aa  165  6.9999999999999995e-40  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.174066 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0525  hypothetical protein  39.17 
 
 
241 aa  154  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.426488  normal  0.0754297 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1748  hypothetical protein  39.66 
 
 
232 aa  152  2.9999999999999998e-36  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3473  hypothetical protein  32.49 
 
 
236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3038  hypothetical protein  34.39 
 
 
252 aa  110  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011778  BbuZS7_K09  hypothetical protein  30.1 
 
 
231 aa  105  7e-22  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.000018961  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2487  hypothetical protein  32.92 
 
 
236 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.375164 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1832  hypothetical protein  25.59 
 
 
249 aa  76.6  0.0000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1796  hypothetical protein  25.59 
 
 
249 aa  76.6  0.0000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.193183  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1567  hypothetical protein  23.35 
 
 
246 aa  73.9  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0356  hypothetical protein  26.64 
 
 
260 aa  72.4  0.000000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.187061 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10868  hypothetical protein  22.97 
 
 
242 aa  64.7  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1997  hypothetical protein  24.15 
 
 
261 aa  63.2  0.000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000736742  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2255  protein of unknown function DUF541  25.4 
 
 
238 aa  60.5  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0374125  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16340  hypothetical protein  25.56 
 
 
167 aa  60.1  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493836  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1996  protein of unknown function DUF541  23.08 
 
 
246 aa  57.4  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.278766 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17101  periplasmic protein  23.74 
 
 
259 aa  55.5  0.0000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.689704 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0957  hypothetical protein  24.64 
 
 
254 aa  48.9  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2326  hypothetical protein  26.17 
 
 
250 aa  47  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16350  hypothetical protein  22.94 
 
 
141 aa  45.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04251  periplasmic protein  20.77 
 
 
260 aa  43.9  0.002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04361  periplasmic protein  23.29 
 
 
260 aa  43.1  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0399272  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0370  putative periplasmic protein  20.77 
 
 
260 aa  43.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>