41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1571 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1571  hypothetical protein  100 
 
 
260 aa  527  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00119442  hitchhiker  0.0000757422 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2652  hypothetical protein  90.77 
 
 
260 aa  478  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00434013  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1254  hypothetical protein  83.08 
 
 
260 aa  449  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0973125  unclonable  0.0000112566 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2425  hypothetical protein  82.31 
 
 
260 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000158594  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2718  hypothetical protein  82.31 
 
 
260 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000482041  hitchhiker  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2626  hypothetical protein  82.31 
 
 
260 aa  441  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000454029  hitchhiker  0.00000170112 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2534  hypothetical protein  81.92 
 
 
260 aa  441  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000115095  unclonable  0.0000244011 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2464  hypothetical protein  81.92 
 
 
260 aa  441  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.00000305564 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1625  hypothetical protein  82.31 
 
 
260 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00789823  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1517  hypothetical protein  81.54 
 
 
260 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00311608  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1640  hypothetical protein  81.92 
 
 
260 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00662139  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1662  hypothetical protein  81.92 
 
 
260 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000135099  normal  0.141207 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3079  hypothetical protein  80.38 
 
 
260 aa  428  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000072399  hitchhiker  0.0000148357 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2478  hypothetical protein  79.62 
 
 
260 aa  427  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0204339  hitchhiker  0.0000621665 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2626  hypothetical protein  80.38 
 
 
260 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000952152  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1824  hypothetical protein  80 
 
 
221 aa  367  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3756  hypothetical protein  47.29 
 
 
259 aa  261  6.999999999999999e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2990  hypothetical protein  46.06 
 
 
254 aa  251  6e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0606  hypothetical protein  36.4 
 
 
257 aa  176  3e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00011128  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00637  hypothetical protein  37.8 
 
 
254 aa  176  5e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1060  hypothetical protein  37.27 
 
 
256 aa  170  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.14975  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03435  TonB system biopolymer transport component  35.63 
 
 
252 aa  168  7e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001856  TonB system biopolymer transport component  36.18 
 
 
254 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3872  hypothetical protein  40.62 
 
 
257 aa  161  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3976  hypothetical protein  34.39 
 
 
273 aa  155  5.0000000000000005e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0352  TonB system biopolymer transport component  34.13 
 
 
260 aa  154  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168903  normal  0.315981 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06760  hypothetical protein  35.81 
 
 
255 aa  145  6e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0111  hypothetical protein  33.87 
 
 
255 aa  139  3.9999999999999997e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0905  hypothetical protein  33.19 
 
 
255 aa  137  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1154  hypothetical protein  34.19 
 
 
252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02814  TonB system biopolymer transport component  50.42 
 
 
118 aa  129  5.0000000000000004e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000400014  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0868  hypothetical protein  32.03 
 
 
260 aa  128  7.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000848  TonB system biopolymer transport component  34.3 
 
 
252 aa  127  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1615  hypothetical protein  30.43 
 
 
278 aa  105  9e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.860948  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2152  hypothetical protein  31.28 
 
 
252 aa  101  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.48065  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0435  hypothetical protein  38.52 
 
 
223 aa  95.1  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1738  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.41 
 
 
576 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000125272  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0849  hypothetical protein  29.37 
 
 
272 aa  75.9  0.0000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.218786  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1653  hypothetical protein  28.31 
 
 
277 aa  73.9  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.86808  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0452  hypothetical protein  33.09 
 
 
262 aa  73.6  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0923932  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3525  hypothetical protein  27.37 
 
 
260 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>