More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1548 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1548  ABC transporter related  100 
 
 
261 aa  535  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.73885  hitchhiker  0.000980474 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3106  ABC transporter related  88.51 
 
 
262 aa  473  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.231583  hitchhiker  0.00000353059 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1801  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  83.52 
 
 
261 aa  448  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2488  ABC transporter related  84.29 
 
 
261 aa  449  1e-125  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0320682 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2556  ABC transporter related  84.67 
 
 
261 aa  450  1e-125  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.595528  normal  0.0638655 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2654  ABC transporter related  84.29 
 
 
261 aa  449  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.53593  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2502  ABC transporter-related protein  82.38 
 
 
261 aa  450  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.143761  normal  0.275923 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1496  ABC transporter related  82.76 
 
 
261 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1600  ABC transporter related  82.38 
 
 
261 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00484848  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1634  ABC transporter related  82.38 
 
 
261 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2743  ABC transporter related  82.38 
 
 
261 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.39241  normal  0.48715 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2486  ABC transporter related  80.46 
 
 
261 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1611  ABC transporter related  81.99 
 
 
261 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2584  ABC transporter related  81.23 
 
 
261 aa  436  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.512056  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2675  ABC transporter related  81.61 
 
 
261 aa  426  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.14935  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1231  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  77.95 
 
 
261 aa  421  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3779  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  55.38 
 
 
258 aa  288  7e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003820  peptide transport system ATP-binding protein SapF  53.6 
 
 
263 aa  287  1e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0778601  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1289  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  53.97 
 
 
262 aa  287  1e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01866  hypothetical protein  52.53 
 
 
260 aa  285  4e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0475  peptide transport system ATP-binding protein SapF  53.25 
 
 
255 aa  276  2e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1888  ABC transporter related  51.79 
 
 
271 aa  274  8e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.26331  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1780  peptide ABC transporter, ATP-binding protein SapF  51.79 
 
 
271 aa  274  8e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2544  peptide transport system ATP-binding protein  51.79 
 
 
271 aa  274  9e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2633  ABC transporter-related protein  52.61 
 
 
270 aa  273  3e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.211449 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01267  predicted antimicrobial peptide transporter subunit  49.8 
 
 
268 aa  269  4e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2356  ABC transporter related protein  49.8 
 
 
268 aa  269  4e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.61683  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1526  peptide ABC transporter, ATP-binding protein SapF  49.8 
 
 
268 aa  269  4e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.629898  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2335  ABC transporter related  49.8 
 
 
268 aa  269  4e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0223767 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1931  peptide ABC transporter, ATP-binding protein SapF  49.8 
 
 
268 aa  269  4e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00733076 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1497  peptide ABC transporter, ATP-binding protein SapF  49.8 
 
 
268 aa  269  4e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01278  hypothetical protein  49.8 
 
 
268 aa  269  4e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1404  peptide ABC transporter, ATP-binding protein SapF  49.8 
 
 
268 aa  269  4e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.120035  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1832  peptide transport system, ATP-binding protein SapF  49.8 
 
 
268 aa  269  4e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.865298  hitchhiker  0.0000646533 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1636  peptide ABC transporter ATP-binding protein SapF  49.8 
 
 
268 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.55489  hitchhiker  0.00000000158294 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1454  peptide ABC transporter, ATP-binding protein SapF  49.8 
 
 
268 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1820  peptide ABC transporter ATP-binding protein SapF  49.8 
 
 
268 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  6.90889e-16 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1825  peptide transport system ATP-binding protein SapF  49.8 
 
 
268 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.186073  hitchhiker  0.003112 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1882  peptide ABC transporter ATP-binding protein SapF  49.8 
 
 
268 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.36018  hitchhiker  0.000716142 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4060  dipeptide transporter ATP-binding subunit  49.04 
 
 
358 aa  263  2e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0092  dipeptide transporter ATP-binding subunit  49.04 
 
 
358 aa  263  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4908  dipeptide transporter ATP-binding subunit  48.46 
 
 
334 aa  263  3e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4071  dipeptide transporter ATP-binding subunit  49.04 
 
 
358 aa  263  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3991  dipeptide transporter ATP-binding subunit  47.53 
 
 
334 aa  262  4.999999999999999e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3859  dipeptide transporter ATP-binding subunit  48.08 
 
 
334 aa  261  6e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.712136  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03391  dipeptide transporter  47.15 
 
 
334 aa  259  2e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0172  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.15 
 
 
334 aa  259  2e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4006  dipeptide transporter ATP-binding subunit  47.53 
 
 
337 aa  259  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3838  dipeptide transporter ATP-binding subunit  47.53 
 
 
337 aa  259  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3902  dipeptide transporter ATP-binding subunit  47.53 
 
 
337 aa  259  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03342  hypothetical protein  47.15 
 
 
334 aa  259  2e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3824  dipeptide transporter ATP-binding subunit  47.53 
 
 
337 aa  259  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4032  dipeptide transporter ATP-binding subunit  47.69 
 
 
334 aa  259  2e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0175  dipeptide transporter ATP-binding subunit  47.15 
 
 
334 aa  259  2e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3739  dipeptide transporter ATP-binding subunit  47.15 
 
 
334 aa  259  2e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3946  dipeptide transporter ATP-binding subunit  47.53 
 
 
337 aa  259  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0840867  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0142  dipeptide transporter ATP-binding subunit  47.31 
 
 
329 aa  259  3e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2175  ABC transporter related  48.21 
 
 
268 aa  259  3e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0158301 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3010  ABC transporter related  50.59 
 
 
261 aa  256  3e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0188  dipeptide transporter ATP-binding subunit  49.15 
 
 
337 aa  254  1.0000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0215713  normal  0.434056 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2196  ABC transporter ATP-binding protein  45.85 
 
 
259 aa  253  2.0000000000000002e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.936196  normal  0.546259 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4094  dipeptide transporter ATP-binding subunit  49.58 
 
 
335 aa  252  4.0000000000000004e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0053  dipeptide transporter ATP-binding subunit  49.15 
 
 
336 aa  252  5.000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.146375  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0048  dipeptide transporter ATP-binding subunit  49.15 
 
 
336 aa  251  8.000000000000001e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3903  dipeptide transporter ATP-binding subunit  47.1 
 
 
339 aa  250  1e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.62068  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2346  ABC transporter related  47.01 
 
 
271 aa  248  9e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1748  ABC transporter related  47.83 
 
 
271 aa  247  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1714  ABC transporter related  47.43 
 
 
271 aa  246  2e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.308855  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2617  ABC transporter related protein  47.01 
 
 
271 aa  246  3e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0151151  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2360  dipeptide transporter ATP-binding subunit  44.62 
 
 
344 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0110  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  44.83 
 
 
342 aa  242  5e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1530  dipeptide transporter ATP-binding subunit  47.81 
 
 
343 aa  241  6e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0394  dipeptide transporter ATP-binding subunit  43.51 
 
 
317 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.193411 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4026  ABC transporter related  45.28 
 
 
546 aa  239  2.9999999999999997e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.393631  normal  0.697509 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0917  dipeptide transporter ATP-binding subunit  45.24 
 
 
322 aa  237  1e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.400518  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4300  dipeptide transporter ATP-binding subunit  45.24 
 
 
322 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0271  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  43.66 
 
 
337 aa  236  2e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0590  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  44.8 
 
 
264 aa  236  3e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0426  dipeptide transporter ATP-binding subunit  42.37 
 
 
317 aa  236  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.153009 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0921  dipeptide transporter ATP-binding subunit  44.84 
 
 
322 aa  235  4e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.918451  normal  0.93527 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0854  glutathione transporter ATP-binding protein  46.01 
 
 
623 aa  234  9e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0878  dipeptide transporter ATP-binding subunit  44.84 
 
 
322 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0727  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  46.36 
 
 
308 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0900  glutathione transporter ATP-binding protein  46.01 
 
 
623 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12480  Oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding component  43.8 
 
 
319 aa  233  2.0000000000000002e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0130592  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5120  dipeptide transporter ATP-binding subunit  44.05 
 
 
323 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58490  dipeptide transporter ATP-binding subunit  44.05 
 
 
323 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0980  glutathione transporter ATP-binding protein  46.01 
 
 
629 aa  233  3e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1586  ABC transporter related  44.96 
 
 
282 aa  233  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.159648  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00796  fused predicted peptide transport subunits of ABC superfamily: ATP-binding components  45.63 
 
 
612 aa  232  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.885832  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2519  glutathione transporter ATP-binding protein  45.63 
 
 
623 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503965  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0887  glutathione transporter ATP-binding protein  45.63 
 
 
623 aa  232  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00813  hypothetical protein  45.63 
 
 
612 aa  232  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.991571  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2815  glutathione transporter ATP-binding protein  45.63 
 
 
623 aa  232  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.990596  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2813  ABC transporter related protein  45.63 
 
 
623 aa  232  5e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.666718  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0626  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  46.36 
 
 
308 aa  232  5e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0569  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  46.36 
 
 
308 aa  232  5e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187494  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1914  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.54 
 
 
321 aa  232  5e-60  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.212102  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0659  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  46.36 
 
 
308 aa  232  5e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.575275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0716  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  46.36 
 
 
308 aa  232  5e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000233806 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>